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PubMed检索2012年9月PubMed()是由美国国立医学图书馆(NationalLibraryofMedicine,NLM)的国家生物技术信息中心(NationalCenterforBiotechnologyInformation,NCBI)开发的一个以网络为基础的医学文献检索系统,是NCBI庞大的检索体系Entrez的一部分。概况概况收录从1948年至今80多个国家和地区37种文字的5400多种生物医学期刊上的文献2000多万条。每日更新(周二到周六),每天增加2000-4000条完整记录。PUBMED引文90%为英文文献,79%有英文摘要。PUBMED收录的文献包括4个数据库:1.Medline2.InProcessCitations3.Publisher-SuppliedCitations4.OldMedline概况概况Medline是NLM最主要的文献数据库,覆盖了医学、护理、口腔、兽医、卫生等各个学科。收录1948年以来生物医学期刊上的文献。该数据库文献的标识为:[PubMed-indexedforMEDLINE]。这部分文献的一个明显标志就是其数据都标引有主题词、文献类型、GeneBank获取号以及其他的一些标引数据。概况InProcessCitations中的记录提供基本的题录信息和文摘,没有标引主题词。其标识为:[PubMed-inprocess],PubMed每天(周二至周六)添加新文献到InProcessCitations中。InProcessCitations中的数据经标引部门标引主题词、文献类型、GenBank获取号等标引数据后加入到Medline数据库之中。标识改为:[PubMed-indexedforMEDLINE]。概况Publisher-SuppliedCitations中记录由出版商以电子版形式直接传送到PubMed,标识为:[PubMed-assuppliedbypublisher],大部分出版商提供的文献处于正在加工状态,经标引后加入到MEDLINE中。此外,还有少部分出版商提供的文献不进行标引,保持[PubMed-assuppliedbypublisher]标识或[PubMed]标识。出版商在印刷版期刊出版之前向PUBMED传送的电子版内容将显示[Epubaheadofprint]标识。概况OldMedline:收录部分1966年以前出版且未被Medline收录的文献记录,标识为[PubMed-OldMedline]概况PubMed在不断增加新数据的同时,还会向数据库中追加更早的数据,目前(2012.9.15)通过PubMed可查到的最早文献为1809年出版的Medico-chirurgicaltransactions上的文献,且为免费全文。需要注意的是:InProcessCitations和Publisher-suppliedCitations数据未标引主题词,因此使用主题词检索只能查到Medline中的数据。检索字段及标识符AD(Address):第一作者所属单位和地址ALL(AllFields):全部字段AU(Author):作者姓名DP(PublicationDate):出版时间EDAT(EntrezDate):录入时间1AU(FirstAuthorName):第一作者姓名FAU(FullAuthorName):作者姓名全称(02年以后)LASTAU(LastAuthor)最后一个作者(通讯作者)IP(Issue):期号、部分号、增刊号IS(ISSN):国际标准刊号LA(Language):原文语种检索字段及标识符MH(MeshTerms):主题词MAJR(MeshMajorTopic):主要主题词PG(Pagination):页码(起页)PT(PublicationType):出版类型SB(Subset):文献子集SH(MeshSubheadings):副主题词TA(JournalTitleAbbreviation):刊名缩写TI(Title):文章题名TIAB(Title/Abstract):题名摘要TW(TextWords):文本词VI(Volume):卷号限定字段检索两种方式:1.通过“AdvancedSearch”页面的“Builder”选择字段并构建检索式,详见“AdvancedSearch”。2.检索式:检索词[字段标识]例:SmithJ[au]Chi[la]hypertension[mh]2000:2011[dp]2011/01/01:2011/01/31[edat]注:时间格式:YYYY/MM/DD开始检索在检索框中输入一个或多个检索词,单击“Search”执行检索。在多个检索词间可使用布尔逻辑运算符“AND”、“OR”、“NOT”,需注意的是,逻辑运算符须用大写字母,逻辑运算符的优先顺序为从左向右的顺序,可通过加括号提高运算的优先级。检索词可以是主题、作者名或期刊名等。自动匹配检索对于输入检索框中未加标识的检索词,PubMed依次在下列词表中查找匹配的内容:1.MeSHtranslationtable2.Journalstranslationtable3.FullAuthortranslationtable4.Authorindex5.FullInvestigator(Collaborator)translationtable6.Investigator(Collaborator)index自动匹配检索如果在6个词表的任何一个中找到匹配的内容,则匹配结束。例如:如果输入的检索词在主题词转换表中找到与其相匹配的主题词,则使用该主题词进行检索并结束匹配,不会在其他词表中进行匹配。如果输入的单个词在6个词表中都未找到匹配的内容,其将被在allfields中进行检索;如果输入的词组未找到匹配的内容,该词组将被拆成单词并分别对其进行匹配后将匹配结果以AND连接。输入的检索词被自动匹配后的具体检索式可通过Advancedsearch页面中的details选项查看或在检索结果页面右侧的Searchdetails栏中查看。自动匹配检索自动匹配检索自动匹配检索作者检索两种方式:1.以作者姓全称加名首字缩写的格式输入姓名,PubMed通过自动匹配自动在作者字段进行检索。2.通过AdvancedSearch页面中的“SearchBuilder”下拉列表选择“Author”字段,在字段后的检索框中输入作者姓名,姓名的输入具有自动完成属性。作者检索有自动截词功能,可通过在姓名前后加双引号并加作者字段标识[au]关闭该功能,如:“SmithJ”[au]作者检索作者检索如果只输入作者的姓,则PubMed会在所有字段中对其进行检索,如只想将其作为作者检索,需加作者字段标识[au]。2002年以后的论文,如果提供作者全名,可使用作者全名进行检索。作者姓名可正序或倒序,如:juilaswong或wongjulias。为了区分姓名全称与首字缩写,需加标全名字段标识[fau],如:petersondo[fau]期刊检索三种方式:1.使用PubMed资源的“JournalsDatabase”查询特定期刊上的文章。2.通过AdvancedSearch页面中的“Builder”下拉列表选择“Journal”字段,在字段后的检索框中输入刊名全称、Medline缩写及ISSN3.直接在检索框中输入刊名全称、Medline缩写及ISSN,PubMed通过自动匹配自动在刊名字段进行检索。期刊检索如果刊名是Mesh词(如:GeneTherapy、Science、Cell),或刊名是单个单词(Scanning),如只想将其作为刊名检索,需加刊名字段标识[ta]。推荐使用刊名全称或缩写查找,因为有些过早的文献没有ISSN。词组检索对于输入PubMed的多词词组,PubMed会查询词组索引,如果查到相应词组则将其作为一个检索词来检索。如果未查到相应词组,则将其拆分成单个词,分别进行检索并以逻辑和(AND)进行组配,如:singlecell相当于检索singleANDcell。可通过如下方式强制将其作为一个词组进行检索:1.加双引号,如:“singlecell”2.加标段标识[tw]:singlecell[tw]3.使用短横线“-”将两词连接起来:single-cell4.使用截词符*:singlecell*词组检索截词检索和禁用词截词检索:可通过在词干后加“*”检索以该词干开头的所有词的文献。需要注意的是:截词检索将关闭PubMed的自动单词匹配功能以及Mesh主题词的扩展检索功能。如:输入heartattack*,不会启动自动匹配功能检索与之匹配的Mesh主题词“MyocardialInfarction”及其下位更专指的主题词的相关文献。截词功能最多可使用600个词形变化。超过600个会显示如下图的提示信息。截词检索和禁用词截词检索和禁用词PubMed在检索时忽略一些常用的英语词汇,下表为禁用词列表AdvancedSearchPUBMED的AdvancedSearch页面整合了多种对检索有用的辅助功能,可实现如下操作:•Searchingbyaspecificfield•Browsingtheindexofterms•Combiningsearchesusinghistory•Previewingthenumberofsearchresults•DisplayingthesearchdetailsSearchingbyaspecificfield通过高级检索页面的“PubMedAdvancedSearchBuilder”可以进行特定字段的限定检索。首先在下拉列表中选择要检索的字段,然后在检索框中输入检索词,再选择“AND”、“OR”、“NOT”三种逻辑关系之一,即可将输入的检索词在所选字段中检索的策略以相应的逻辑关系加入到检索框中。SearchingbyaspecificfieldSearchingbyaspecificfieldIndex-Browsingtheindexofterms通过“Builder”检索框后面的“Showindexlist”选项可查询在所有字段或某一特定字段中的索引,可以从索引中选择一个或几个词来完善检索策略。Index-BrowsingtheindexoftermsHistory-Combiningsearchesusinghistory检索史按检索式运行的顺序列出各检索式,包括检索式序号、检索策略、检索时间、检索到的文献条数。检索史最多保存100条检索式,检索史将在离开PubMed或其他Entrez数据库8小时后消失。单击检索式后的文献数链接可显示该检索式的检索结果。可通过检索策式的序号对检索策略进行组配,如:#2AND#6,#3AND(drugtherapyORdiettherapy)单击检索史窗口下方的ClearHistory按钮可将所有检索式删除。History-Combiningsearchesusinghistory点击检索式序号将弹出一选项菜单,提供的选项包括布尔逻辑操作符AND,OR,NOT,点击相应的操作符菜单,将把该条检索策略加入到检索框中,并与检索框中现有的检索式进行选中的逻辑组配。除逻辑操作符外,弹出的选项菜单还提供如下选项:Deletefromhistory:从检索史中删除该条检索式Showsearchresults:查看该条检索策略的检索结果Showsearchdetails:显示该条检索策略的具体执行情况SaveinMyNCBI:在MyNCBI中保存该条检索策略。History-CombiningsearchesusinghistoryDetails-Displayingthesearchdetails“Details”(细节)可实现如下功能:1.查看检索策略被PubMed的自动单词匹配功能、检索规则和句法转换后的形式。2.存储和编辑检索策略并重新发送出该项策略。Deta
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