NIS-emelments软件操作指南

NIS-ElementsAR快速上手指南尼康仪器（上海）有限公司2009年4月NIS-Elements软件操作指南（一）认识NIS-Elements的操作界面（1）主菜单栏；（2）上图标工具栏；（3）左图标工具栏；（4）窗口排布选择；（5）控制窗口边栏；（6）图片显示区域；（7）状态栏上图标工具栏和左图标工具栏图标介绍：Open：打开文件Save：保存当前文件Savenext：将当前文件保存为新文件Print：打印Undo：撤销前一步操作Redo：还原一步撤销的操作LiveFast：快速预览ZStackLive：Z轴序列预览Integrate：叠加，多次拍摄图像累积Average：平均，多次拍摄图像平均RAMBufferON：打开内存拍摄CapturetoRAMBuffer：拍摄存至缓存·BackgroudCorrectionON：打开背景校正OpticalConfigurations：打开光路配置设定NewOpticalConfiguration：创建光路配置PointingTool：指针按钮MagnifierGlass：图像放大工具Annotations&Measurement：注释和测量BinaryToolbar：二元蒙板编辑工具Define/RunExperiment：打开多维拍摄窗口CaptureTimeLapse：拍摄时间序列CaptureZSeries：拍摄Z轴序列CaptureMultichannel：拍摄多通道CaptureMultipoint：拍摄多点Copy：复制PasteAsNewImage：粘贴复制图像Crop：剪切RunMacro：执行宏命令CloseAll：关闭全部窗口GeneralOption：打开设置窗口CustomizeToolbar：自定义工具栏控制窗口介绍：NIS-Elements软件所有控制窗口均可以在主菜单栏View菜单下找到，或者在图片显示区域点击鼠标右键弹出。Acquisition：AVIAcquisition：AVI拍摄AutoCaptureFolder：自动拍摄存储文件夹CameraSettings*：相机设定CaptureFRETImage*：拍摄FRET图像FiltersandShutters*：滤色块和光闸控制Lamp*：光源控制NDAcquisition*：多维图片拍摄Nosepiece*：物镜转盘控制MicroscopeControlPad*：显微镜控制面板XYZNavigation*：XYZ导航ZSeries*：Z轴序列Visualization:BinaryLayers：二元蒙板层编辑Histogram：柱状图LUTs:LUTsOpenedImages：已打开图像Preview：预览窗口Synchronizer：窗口同步器XYOverview*：XY预览Analysis:AnnotationsandMeasurements：注释和测量AutomatedMeasurement：自动测量AutomatedMeasurementResults：自动测量结果BinaryToolbar：二元蒙板编辑工具Colocalization：共定位分析EDFZ-Profile*：Z序列景深扩展IntensityProfile：光强分析ObjectCount*：目标计数ObjectClassifier*：目标分类PixelClassifier：像素分类ROIStatistics：ROI统计RTDeconvolution*：实时反卷积Thresholding：阈值分析TimeMeasurement：时间测量Tacking*：轨迹分析VolumeMeasurement：体积测量*对应的窗口是可选的，在选择了相应软件模块，插件或者相关电动部件正确连接下可使用。（二）NIS-Elements软件的开启和图片拍摄Ⅰ.打开NIS-Elements软件：1.在开启软件前，请确认已打开所有需要用到的硬件。双击桌面图标打开软件（Vista系统需要点击Allow确认运行该软件）；2.选择对应的相机，点击继续。如果只是做图像分析，请选择NoGrabber。单击OK；注意：相机的选择在NIS-Elements打开后也可以进行，选择Acquire菜单下SelectCamera选项，确认要选择的相机并激活使用。多相机切换也可以通过此选项完成。3.右键打开CameraSetting，在设置界面设置相机曝光时间，分辨率以及其他可调的设置；Ⅱ.单张图片拍摄：1.配置光路，显微镜拍摄图像时，必须根据需要成像的模式设置好光路（参考显微镜操作指南），出光口切换到相机所安装的端口（例如L100，R100等）。2.从相机预览图像，点击上工具栏图标，进行图像快速预览，该预览模式图像属性对应camerasetting窗口的fastCapture设定。点击图标，进行图像预览，该预览模式图像属性对应camerasetting窗口的Capture设定。单击图标，预览停止。3.图像拍摄，设定曝光时间或点击自动曝光后，点击按钮拍摄一张图片。注意：彩色相机需要在拍照前将探测框放在空白位置做白平衡，以避免拍摄画面色彩失真。Ⅲ.时间序列图像拍摄（TimeLapseAcquisition）：1.点击Acquire菜单下，CaptureTimeLapse选项，打开如上窗口，在TimeSchedule里（图片2位置）设定需要拍摄时间序列图像的时间间隔，总图片数，或者总时间（总图片数和总时间只需要根据实验需求设定其中一个，软件自动计算另一个数值）；也可以定义多个不同的时间序列，软件将依次执行。2.选择图片1位置SavetoFile选项，图像序列可以一边拍摄一边保存，以避免断电或内存不足等意外造成前面拍摄数据的丢失。拍摄数据量很大的情况下，请选择此项并设定保存文件夹。3.图片3位置对应可以在拍摄时进行的操作，例如关闭透射光等待1秒，自动对焦的设定等，还可以在运行拍摄程序前后加入相应宏命令来达到想要的功能。例如在拍摄前执行Live（）；命令，可以应用自动曝光来拍摄每一帧，使拍摄图片达到最佳曝光时间。4.选择PerformTimeMeasurement选项，选定ROI区域，可以在时间拍摄过程中实时监视荧光强度的变化。拍摄进度可以在本窗口最上面进度条上显示。5.点击RunNow按钮开始拍摄。注意：配置电动光闸或电动长寿命汞灯情况下，做长时间拍摄，请选择CloseactiveShutterwhenIdle选项，以避免荧光淬灭，长时间强光照射造成细胞的光毒性。注意：Live（）；宏命令在大部分情况下可以正常使用，但是在某些循环设定的情况下可能工作不正确，当遇到此情况时，请使用LiveNoMsgLoop();宏命令代替。Ⅳ.多点图像的拍摄（MultipointAcquisition）1.在配置了XY电动载物台并正确连接时该功能可以使用，点击Acquire菜单下，CaptureMultipoint选项，打开如上窗口，在Points栏里（图片1处）设定需要拍摄多点图像的各个位置，可以根据需要点击列表前空白的可选框，增加当前预览位置为拍摄的一个位置；2.如果需要回览前面选定的点，只用鼠标左键单击相应的列表项目，载物台将自动移动到对应的位置。如果需要微调并更新这个位置，请单击XYZ数值旁边的箭头按钮（如1处列表#3的显示）更新位置列表；3.列表里的所有点的相关信息可以在图片3处的选项里被保存和重新调用；4.点击RunNow按钮开始拍摄。注意：如果对例如使用96孔板等规则排列的位置进行拍照，可以使用WP下拉菜单下Custom选项，定义行数和列数，以及起始和终止位置，一次获得多点的定义。注意：当配置PFS时或者选择自动对焦拍摄，Z轴位置可以不包含在多点设置内（图片2位置选择），可以去掉此项选择。如果是单个样本的同一层面的多点观察可以选择PFS一直开着。Ⅴ.Z轴序列拍摄（ZSeriesAcquisition）1.点击Acquire菜单下CaptureZSeries里CaptureAutomatically选项，打开如上窗口，在范围设定里（图片1位置）选定需要拍摄Z轴图像的范围，有从左到右对应3个图标对应的3种不同的设定方式：选取顶面和底面、对称范围选择、不对称范围选择，后两种方式只需要找到焦平面根据经验设定上下偏移的范围即可。2.当拍摄区域选择完毕后，在图示2的位置，会出现扫描范围显示，设定需要拍摄的步进距离或者拍摄Z轴层数，选择仪器所配置的电动z轴设备；3.点击RunNow按钮开始拍摄。注意：PFS功能在Z轴拍摄时会自动关闭，拍摄完毕后重新开启，并回到之前定义焦平面。Ⅵ.多色荧光多通道拍摄（FluorescenceAcquisitionMulti-channel）1.点击Acquire菜单下，CaptureMulti-channelImage里CaptureAutomatically/manually选项，打开如上窗口；2.通道设定，如图1位置，在OpticalConf.下拉菜单里选择需要拍摄通道的光路配置，如果没有对应的选择，可以新建一个新的opticalconfiguration，并选择最后得到画面的伪彩色。可以根据需要设置各个荧光通道和DIC通道；3.点击RunNow按钮开始拍摄，如果配置了手动的设备，需要选择图片2位置的选项，在拍摄前手动切换光路。注意：卤素灯开启到光亮度稳定大约需要2秒，在拍摄DIC图像时，如果直接拍摄会导致曝光不一至问题。解决此问题可以配置透射光光闸或者在拍摄DIC图像之前利用宏命令等待2秒。同样，关闭卤素灯也需要约2秒时间，请将荧光通道拍摄放在DIC通道之前，或者等待2秒拍摄。Ⅶ.拼图功能（LargeImageAcquisition）1.在电动载物台配置并正确连接时，点击Acquire菜单下，GrabLargeImage里CaptureAutomatically选项，打开如上窗口，选择设定需要拍摄的视场数目或者面积大小；2.点击runnow按钮开始拍摄。注意：在未配置电动载物台时可以在Acquire菜单下，GrabLargeImageManually选择手动拼接图片。Ⅷ.6D拍摄（6DAcquisition）1.在已购买6D插件时，点击Applications菜单下，Define/RunExperiments选项，打开如上窗口，选择需要进行多维拍摄的项并参照前面所述设置各个拍摄条件；2.拍摄顺序在进度栏里从上到下排列，可以选择右边箭头来更改拍摄顺序（请注意不是所有顺序都可以更改）。3.点击runnow按钮开始拍摄。（三）图片的保存和查看Ⅰ.NIS-Elements软件图片图层：NIS-Elements软件显示图片分为3个基本层次：1).注释层：保存注释，测量信息；2).Binary层：二元阈值分析；3).图像层：根据相机不同获得不同位深的图片。Ⅱ.NIS-Elements文档类型1).RGB图像：彩色相机拍摄图片格式；2).多通道图像（Multi-channel）：多通道拍摄单幅图片；3).Nd2多维图像：包括时间，Z轴，多点，多通道等的多维图像。Ⅲ.NIS-Elements拍摄图片保存的格式：NIS-Elements软件默认的图片格式有2种，jp2000格式用于单一图像的保存，nd2格式用于多维图像的保存。图像也可以保存成tif，jpg，bmp，gif，png等，多维图像可以保存成avi等常见格式。注意：请在保存所需要图片格式前保存拍摄默认原始格式，原始格式包含图片拍摄所有条件信息。查看拍摄信息，请在图像上单击鼠标右键选择imageproperty。调用原图片拍摄条件，请在图像上右击鼠标选择reusecamerasettings工具。注意：如果要在Windows或者Office软件里查看拍摄得到的图片，需要在image菜单下convert栏里将图片转换成8位RGB图像，并另存为常见图片格式，例如tif，jpg等。如果需要批量转换图片，请参考本章后附件一。Ⅳ