PubMed数据库检索系统.ppt

PubMed数据库检索系统PubMed重点PubMed数据库的建立维护机构：NCBINLM和NCBI的全称和中文含义PubMed的文献收录范围其对应的光盘数据库（MEDLINE）和印刷型检索工具的名称（医学索引、牙科文献索引、国际护理索引）PubMed检索方式：主题词检索、自由词检索、索引浏览检索、字段限定检索、逻辑组配检索、截词检索、强制检索（短语）PubMed检索功能界面：基本检索、主题词检索、期刊浏览、引文匹配（单篇引文和多篇引文）、临床咨询。PubMed不同检索界面的使用，强调不同检索内容在哪个界面使用。检索式的组配检索，检索式表达的内容。PubMed主题词标引所用词表：MeSHPubMed主题词加权检索的含义（主要主题词）和扩展检索的含义（主题词及下位词同时检索）检索结果中题录的著录格式一.历史与背景INDEXMEDCUSMEDLINE(MADLARSonline)美国国立医学图书馆（NationalLibraryofMedicine,NLM）建立并维护的一个大型的医学文献数据库。属于MADLARS检索系统中使用频率最高的数据库。Medline数据库收录了自1966年以来70多个国家40多个语种的约4，300多种生物医学期刊的题录及文摘，其中80%以上为英文文献，75%--85%含有文摘。MEDLINE包括三种索引：《医学索引》（IndexMedicus）、《牙科文献索引》(IndextoDentalLiterature)、《国际护理索引》(InternationalNursingIndex)。MEDLIN数据库涉及内容包括：基础医学、临床医学、护理学、口腔科学、兽医学、卫生保健、营养卫生、职业卫生、卫生管理等。MEDLARSMEDLARS（MedicalLiteratureAnalysisandRetrievalSystem），是美国国立医学图书馆建立的大型生物医学信息检索系统。于20世纪60年代开始提供脱机检索服务，70年代形成了第一个联机检索数据库MEDLARSON-LINE，首先将MEDLINE数据库进行了联机检索，并很快建立了国际联机检索系统。MEDLINECDMEDLINEWEB——PubMed://一、PubMed简介（一）数据库建立和维护美国国立医学图书馆下属的生物技术信息中心（NationalCenterforBiotechnologyInformation,NCBI)建立并维护。文献类型：期刊论文、综述、以及与其他数据资源链接。特点：提供原文获取服务（二）PubMed数据库来源1．MEDLINE主要收录1966年至今的文献。文献标记中除了有PMID号和MEDLINEUI号外，还注有[PubMed-indexedforMEDLINE]的说明。2．PreMEDLINE主要保存处于加工阶段的文献（PubMed－Inprocess）3．直接提供的其它文献记录这部分文献记录中只有PubMed识别码〔PMID〕,另外还有〔PubMed–inprocess〕的说明。这部分文献记录中只有PubMed识别码〔PMID〕,另外还有〔PubMed-assuppliedbypublisher〕的说明。PubMed检索方式PubMed主要提供以下几种检索方式：1．主题词检索。2．自由词检索。3．索引词表检索。4．字段限定检索。二、PubMed检索功能Authoraddress[AD]Author[AU]Language[LA]JournalTitle[TA]EC/RNNumber[RN]MeSHMajorTopic[MAJR]MeSHSubheadings[SH]MeSHTerms[MH]PublicationType[PT]TextWords[TW]Title[TI]Title/Abstract[TIAB]5．组配检索。注意：布尔组配符号AND、OR、NOT需大写，顺序自左到右。6.截词检索transplant*7.强制检索短语检索“livercancer”PubMed引文和期刊全文查询功能由于PubMed与生物医学文献出版商联合，使其作为检索引用文献以及链接这些出版商站点，获取全文数据的一种工具。1.引文链接2.全文链接有收费全文、免费全文两种形式。免费全文：出版商直接提供；PMC（PubMedCenter）中心提供三、PubMed主要功能1、基本检索功能——包括简单检索界面和高级检索界面2、PubMedToolsSingleCitationMatcher——单篇引文匹配BatchCitationMatcher——批引文匹配ClinicalQueries——临床咨询Topic-SpecificQueries——特殊主题咨询3、MoreResourcesMeSHDatabase——主题词数据库JournalsDatabase——期刊数据库ClinicalTrials——临床实验数据库（一）PubMed主要检索功能——简单检索、高级检索、限定检索四、PubMed检索PubMed的自动转换PubMed提供词语的自动转换（AutomaticTermMapping）功能。在基本检索状态下，如果输入的检索词是不加限制的，PubMed利用该功能，实现MeSH、刊名、短语的转换和著者的自动转换。通过“SearchDetails”可查看转换结果。转换词表：MeSH转换表刊名转换表短语列表著者索引表1.简单检索（Go）简单检索界面允许实现检索词的逻辑组配、截词(*)和短语等检索,但逻辑组配需用大写（AND；OR；NOT）。词汇联想功能举例1、badbreath2、badbreathcauses3、“badbreath”4、lungcancerANDsmok*查找作者输入作者的姓（lastname)和名(firstinitial)，中间不用标点符号。例：alvingc结果包括AlvingCRAlvingCJ等高级检索——Advancedsearch在该界面，可以进行字段检索、索引检索；并提供察看检索历史等功能。Preview：显示所输入检索式的检索记录数（检索历史）；限定字段检索历史索引检索直接显示检索结果数量字段限定检索举例：检索近5年婴幼儿“巨细胞病毒感染与听力损伤”方面文献。（cytomegalovirus、Hearingloss）字段限定为“题目摘要”索引词表检索（Index）。Index：即利用数据库中索引词表进行检索。该界面可以对不同的字段进行索引和检索，并提供逻辑组配检索功能。举例1、AddtoHistory功能演示：endometriosis2、Index：downssyndrom(e)down’ssyndrom(e)downsyndrom(e)3、p16和p53在肝癌中的表达对检索结果的限定条件可以进行出版时间、语种、文献类型、年龄、性别等方面的限定，以进一步缩小检索范围。进行限制后只能检索medline中的内容，“inprocess”and“suppliedbypublisher”因还没有进行字段制作，不能检索到。一旦勾选了某种限定条件，对后面的检索词语一直限定，除非取消。举例查找近两年有关子宫内膜异位症的综述文献。（endometriosisendometriosis限定在题目摘要字段）查找近10年发表在“Obstetricsandgynecology”杂志上的有关子宫内膜异位症的临床试验文献。History检索史回顾检索历史察看检索过的所有检索式重新编辑组合检索式进行新的检索练习1、在基本检索界面分别输入下列词语并点击“Details”察看结果：badbreath，badbreathcauses，“badbreath”，lungcancerANDsmok*2、检索“p16在肝癌中的表达”方面的文献限定人类，五年，免费全文，英文中文练习限定和索引综合应用：婴幼儿巨细胞病毒感染与听力损伤。（cytomegalovirus、Hearingloss）检索PubMed收录青岛大学医学院2000年以来所发表的文献。（二）主题词检索进入方式：1、在高级检索的最下方“MoreResources”有链接：2、在主页面中“MoreResources”有链接：利用MEDLINE主题词/副主题词检索,并可提供多个主题词之间的逻辑组配检索。注意：PubMed中的MeSH检索将查不到referencesinprocess或thepublishersuppliedreferences中的记录，因为这些记录还未标引MeSH词。主题词检索有时会漏检最新出版、发表的文献。为查找到有关某一主题的相关文献，需要同时需采用自由词和主题词结合检索.使用该功能可选择规范化主题词、副主题词、查看词义注释、浏览树状结构表等，可执行主题词检索，可以提高检索效率。在MeSHDatabase的检索框中，输入检索词，如果不是MeSH词，系统将提供同义或近义MeSH给于选择，同时显示MeSH树。例：主题词检索界面的输入框内输入livercancer，点击GO按扭，系统提示livercancer不是MeSH词，规范主题词应该是liverneoplasms。点击主题词liverneoplasms，显示副主题词，可供选择。系统同时还显示检索的限定。如主要主题词限定；限制下位词扩检。系统同时还显示其树状结构表。用liverneoplasms选择副主题词radiotherapy、therapy，点击Addtosearchbuilder添加到检索框中，点击SearchPubMed进行检索。（见后页）举例P16和P53在肝癌中的表达练习检索近两年重点研究“前列腺癌诊断”的文献。Prostatecancer要求：主要主题词检索;将检索时间限定在近两年。（三）临床咨询。是一个关于临床治疗、诊断、病因和预后四个方面的临床文献查询界面。举例：检索癫痫(epilepsy)的治疗方面的文献。（四）期刊浏览检索。查询特定期刊及特定期刊论文的检索界面。点击主页面的Journalsdatabase按扭。系统转到期刊数据库首页界面。期刊数据库，可通过刊名全称、刊名简称[Medline缩写格式]、ISSN号、刊名中的单个或若干个词来查找特定的期刊。点击界面中部的linkstofull-textwebsites将列出与PubMed有全文链接的期刊刊名，按字顺排列。可查找期刊中的文献。举例：在检索框中输入“science”如何查找在“science”杂志上发表的文献1.在高级检索界面——science限定字段[Journal]2.在期刊检索界面——science——选中——sendtosearchbox——search3.在期刊名字的右边的Links按钮——点击——PubMed——检索该刊中的文献（五）引文匹配提供通过已知的文献线索，查询特定文献的摘要、作者、文献题目等信息。包括单篇引文匹配和成匹引文匹配两个界面。检索TangBK在《BiochemicalPharmacology》杂志第29卷第14期上发表的文章。要求：用单篇引文匹配检索。练习1、期刊检索查找在“AdvCancerRes”杂志上发表的文章。2、引文匹配检索：要求写出其他合著者和找到全文。BrownBK,etal.Monoclonalantibodiestohosphatidylinositolphosphateneutralizehumanimmunodeficiencyvirustype1:roleofphosphate-bindingsubsites.JVirol.2007Feb;81(4):2087-91.Epub2006Dec6.SpecialQueries检索结果显示和下载文献显示格式：summary；xml；abstracts；citation；medline文献排序方式：sortby（时间、作者、期刊