三种分析蛋白结构域(Domains)的方法

三种分析蛋白结构域(Domains)的方法三种分析蛋白结构域(Domains)的方法1，SMART入门，蛋白结构和功能分析SMART介绍SMART(aSimpleModularArchitectureResearchTool)allowstheidentificationandannotationofgeneticallymobiledomainsandtheanalysisofdomainarchitectures.Morethan500domainfamiliesfoundinsignalling,extracellularandchromatin-associatedproteinsaredetectable.Thesedomainsareextensivelyannotatedwithrespecttophyleticdistributions,functionalclass,tertiarystructuresandfunctionallyimportantresidues.Eachdomainfoundinanon-redundantproteindatabaseaswellassearchparametersandtaxonomicinformationarestoredinarelationaldatabasesystem.Userinterfacestothisdatabaseallowsearchesforproteinscontainingspecificcombinationsofdomainsindefinedtaxa.Forallthedetails,pleaserefertothepublicationsonSMART.SMART()，可以说是蛋白结构预测和功能分析的工具集合。简单点说，就是集合了一些工具，可以预测蛋白的一些二级结构。如跨膜区（Transmembranesegments），复合螺旋区（coiledcoilregions），信号肽（Signalpeptides），蛋白结构域（PFAMdomains）等。SMART前该知道的1，SMART有两种不同的模式：normal或genomic主要是用的数据库不一样。NormalSMART,用的数据库Swiss-Prot,SP-TrEMBL和stableEnsemblproteomes。GenomicSMART,用全基因组序列。详细列表：，一些名词解释进行时可以直接用各个数据库蛋白的ID。如Uniprot/EnsemblID/Accessionnumber(ACC)。或是直接蛋白序列。运行SMART也可选择signalpeptides、PFAMdomains等的预测，勾上就是。看下图SMART结果运行后的结果用图表表示。其实运行后的结果都有明确的解释。详细请看下面。不同结构的预测由不同的工具完成。如果你想了解更多，可访问去该工具的网站。跨膜区（Transmembranesegments）,TMHMM2program。(用表示)复合螺旋区（coiledcoilregions），Coils2program。(用表示)信号肽（Signalpeptides），SignalPprogram。()蛋白结构域（PFAM），PFAM。等等。。不止这几个的。其它不一一列举。因为都是详细的说明。点击图标链接，就能看到该区域的序列，或是一些详细的描述。如上图的跨膜区，点击进去就是该跨膜区从开始到结束的序列。另外，不一定所有预测的区域都会用在图示里看到。一般SMART的显示顺序是SMARTPFAMPROSPEROrepeatsSignalpeptideTransmembraneCoiledcoilUnstructuredregionsLowcomplexity。另外其它不用图解显示的区域，在底下的表格也有详细说明。2，Sanger的Pfam数据库网址：目前的版本：Pfam23.0(July2008,10340families)ThePfamdatabaseisalargecollectionofproteinfamilies,eachrepresentedbymultiplesequencealignmentsandhiddenMarkovmodels(HMMs).3，NCBI的CDD（ConservedDomainDatabase）数据库网址：’sConservedDomainDatabaseisacollectionofmultiplesequencealignmentsforancientdomainsandfull-lengthproteins.最后，自己试验一下。上面两个图的结果的数据是用了NP_776850的蛋白序列。你也可以拿这个序列来运行一下看看。