MEGA-5.05使用教程

MEGA常用工具及使用方法超通俗版本将拼好后的序列和下载的序列填在一个txt文档中保存后，将文件后缀由.txt改成.fas打开MEGA5.05软件，点击菜单栏File，选择openafile，打开刚才的.fas文件。弹出窗口后选择Align。弹出副窗口。在主窗口中，点击上方工具栏W标志，将序列比对对齐。序列对齐，修饰后，点击工具栏保存图标，将文件进行保存。格式为mas格式保存后关闭上一个副窗口，回到主窗口，重新在File中打开刚保存的.mas格式的文件。弹出新的副窗口（序列已对齐）在工具栏Data中打开刚才保存的.mas文件，Analysis分析，可在主窗口中出现TA图标（如图）。点击TA图标，可弹出小窗口，由次窗口可知简约信息位点，不变位点等信息。点击工具栏statistics，选择第一项进行核酸比较，可在excel表中导出碱基组成信息。点击主窗口中Distance中的第一项，可对物种之间遗传距离进行计算。注意Bootstrap参数设置（一般为1000）。模型选用Kimura双参数模型进行计算。点击Computr进行计算关于遗传距离关于系统发育树点击主窗口中Phylogeny下选择想用的算法（最大似然法ML或者是邻接法NJ），一般选用ML。各参数设置如图，点击Computr进行计算，构建出一个系统发育树。左侧工具栏可对树的拓扑结构进行调整。点击保存，将文件保存成mts格式（仅可以用MEGA打开）。也可以点击上方工具栏中的Image，saveas为其他格式。若想更改字体，可将文件保存成PDF格式后，用AdobeIllustratorCS5对其进行修改。