cytoscape中文简单操作流程说明

Cytoscape简单操作步骤1.构建网络可以新建一个空白网络,也可以使用自己的数据导入构建网络,以下是导入数据构建网络:点击File—Import—networkfromtable(text/msexcel)Inputfile列选择自己要导入的文件然后选择你要建立链接的两列,当前我是要聚簇图,所以我选的source列为自身的id,target列为当前id所在簇,其它列目前都是打的叉,这意味着画图时不考虑他们,如果你想把他们作为边的属性添加到画图中,只需要点一下该列,变成对勾即可Interactiontype一般默认就可以(这个选项不是很清楚,默认是pp类型)设置好之后点击import这样简单的网络已经建成2.设置网络默认的网络部署为gridlayout,你可以自己选择自己需要的layout,点击工具栏中layout,选择其它布局,我们用的是force-directlayout这样比gridlayout好看多了,接下来我们对簇做一些设置首先我们导入节点属性File—import—attributefromtable选择你要导入的属性文件,我们当前的属性文件即每个节点与它对应的簇点击import然后点击datapanel下第一个按钮,你会发现节点多了两个属性,一个是column1,一个是column2,点击之后打上对勾,datapanel下就会出现这两个属性列节点自带的属性其实还有很多,如果还想填其它自带属性,在界面中随机选一个点右键,选择visualmappingbypass那里还有很多接下来设置簇的颜色点击vizMapper下面会有很多节点的属性,以及边的属性找到nodecolor双击点击nodecolor旁边的pleaseselectav….,我们选择刚才导入的属性column2点击MappingType旁边的pleaseselectam….选择continuousMapping然后双击Graphicalview我们需要简单设置一些参数,点击min/max因为我们当前只有0-4簇,所以最小为0,最大为4,点击ok,然后可以点击add多加一些分割符(如图蓝色为add之后新加的)默认颜色为黑和白,想要换别的颜色,双击两个分隔符之间的颜色去,选择自己想要的颜色选好之后,界面中所有点颜色发生改变这是对于整体颜色的设置,在图中,我们相对簇中心点设置另外的颜色以及形状,选择簇中心点右键visualmappingbypass选择nodeshape,我们选正方形,然后点击apply点击visualmappingbypass选择nodecolor,设置颜色,如下:这时我们点击datapanel中第一个按钮,发现多了两个属性,一个是node.fillcolor,一个是node.shape,这样我们设置别的点时就不需要刚才那么麻烦,换另外一个点,单击Datapanel中如下,我们只需要在这里添加就可以改变节点我们可能想知道每个点的id是多少,在工具栏中选择view—showgraphicsdetails,如图设置节点的id大小颜色都是右键……接下来设置一下边(node属性也可以这么操作,只不过接下来的操作是对整个网络中所有的点或边来操作的):双击defaults下的图片最下方选择edge我们可以设置一系列的操作图中点太小,我们可能想放大看一些部分点,点击放大缩小按钮,或者直接使用鼠标滑轮但是我们发现放大后很多点都看不到了,也没法移动,这时候就需要另一个面板的操作了再次选择回Network界面我们发现下面这个界面也显示着我们的图片,拖动一下它看看拖动它我们可以选择我们想看的部分此外,我们可能需要选择一些点,对这些点进行集体操作点击filters在第二个下拉列表中选择属性,即你根据该属性来选择点,我们还是选择column2然后点击add双击颜色较深部分,会弹出窗口我们在这里设置,比如说我们现在就想处理簇0的所有点,那么我们设计最高和最低都为0点击ok我们看datapanel中已经帮我们选出了所有簇0的数据这样我们设置簇0所有的点,比如我们设置所有点的颜色为(0,250,0)先手动设置一个,然后右键点击它有复制到整个属性列的选项最后保存点击类似照相机的形状,有很多中格式,自己选择这是在这次画图中学到的一些东西,cytoscape还是很强大的,我学的这些都是些皮毛,有机会继续深入研究一下.