Abinit583软件使用指南

Abinit5.8.3软件使用指南2009年7月中国科学院计算机网络信息中心超级计算中心12目录Abinit5.8.3软件使用指南...........................................................................................................1目录.................................................................................................................................................21.软件介绍....................................................................................................................................32.软件的安装与测试....................................................................................................................32.1安装目录及安装信息..........................................................................................................32.2测试结果..............................................................................................................................33.软件的运行使用方法................................................................................................................43.1串行......................................................................................................................................43.2mpirun....................................................................................................................................43.3bsub.......................................................................................................................................54.运行相关....................................................................................................................................51.软件介绍ABINIT是由XavierGonze所领导、世界上众多电子结构计算研究人员集体开发的平面赝势法电子结构计算程序包。可以进行如下的计算：1、通常的电子结构计算（晶格参数、结合能、体弹性模量、能带结构、电子态密度和电荷密度分布）2、分子动力学模拟3、晶体磁性和磁结构的计算4、基于线性响应或密度泛含微扰理论计算声子色散曲线、声子态密度和热力学量，介电性质、Bohr有效电荷、压电系数和弹性常数、电-声耦合常数5、计算线性和非线性的光学性质6、采用GW近似对半导体的LDA带隙进行修正。7、基于含时密度泛含理论计算体系的激发态的性质ABINIT程序包是基于密度泛含理论（DensityFunctionalTheory,DFT），采用赝势和平面波基矢的方法来处理由电子和核所组成的体系（分子和具有周期性结构的固体），它可以计算体系的总能、电荷密度以及电子结构。ABINIT也可以按H-F力和压力来优化体系的几何结构，或进行根据这些力进行分子动力学模拟或计算得到动力学矩阵、Born有效电荷及介电张量。在含时密度泛含理论的框架下可以计算分子体系的激发态，也可以基于多体微扰论（GW近似）来处理激发态。另外，除了ABINIT的主要计算模块外，程序包也提供了一些不同的工具模块用来处理计算结果和数据。2.软件的安装与测试2.1安装目录及安装信息源代码位置：/home_soft/soft/x86_64/apps/OpenSoft/abinit/SRC安装后可运行程序的目录为：/home_soft/soft/x86_64/apps/OpenSoft/abinit/5.8.3/bin2.2测试结果由于binit行的特殊性，最好先阅读相关说明（a并http://www.abinit.org/documentation/helpfiles/for-v5.8/tutorial/lesson_parallelism.html）测试1：tests/tutorial/Input/tgw1_9.in：用于验证k点并行的效果CPU数WallTimeCPUTimeCPU并行效率CPU加速比1(abinis)542s542s1511s511s2264s264s2(1,1)278s278s4133s133s4(2,2)154s154s871s71s8(4,4)107s107s8(4,4):lustre-fullstripe77s77s16(8,8)81s81s18(6,6,6)98s98s18(6,6,6):lustre-fullstripe49s49s24(8,8,8)108s108s24(8,8,8):lustre-fullstripe44s44s测试2：tests/tutorial/Input/tparal_2.in：用于验证spin并行的效果WallTimeCPUTimeCPU并行效率CPU数CPU加速比111s11s25.7s5.7s2(1,1)5.9s5.9s测试3：tests/tutorial/Input/tparal_3.in：用于验证band并行的效果CPU数WallTimeCPUTimeCPU并行效率CPU加速比116.2s16.2s210.5s10.5s2(1,1)10.1s10.1s3.软件的运行使用方法进入数据所在目录（目录下有*.file和*.in文件，其中*.file中包含了对计算数据文件和输出文件等的指定，用绝对路径或相对路径皆可）3.1串行/home_soft/soft/x86_64/apps/OpenSoft/abinit/5.8.3/bin/abinis