Diamond晶体结构绘制软件教程

晶体与分子结构可视化软件用户手册DIAMOND用户手册中文版V1.01byBenzolEmail:[e-mail]晶体与分子结构可视化软件用户手册Intel、Pentium以及PentiumII是IntelCorp.,SantaClara,CA,USA的商标或注册商标。AMD以及Athlon是AMDCorp.,Sunnyvale,CA,USA的注册商标。Windows、WindowsNT以及PowerPoint是MicrosoftCorp.,Redmond,WA,USA的注册商标。“POV-RayTM”、“PersistenceofVision”、“POV-TeamTM”以及“POV-Help”是POV-TeamTM,Williamstown,Australia的商标。DiamondCD-ROM附带的POV-RayTM软件包是免费赠品；用户无需以任何方式支付购买POV-Ray。您还可以在官方软件包。DiamondCD-ROM中发行的POV-Ray为官方版本；经POVLEGAL.DOC文件中的通用许可条款允许。POV-Team并不认可发行者及其产品。POV-Team未从此次发行中获取任何经济补偿。希望了解更多关于POV-Ray许可，请阅读“GENERALLICENSEAGREEMENT（通用许可协议）”（亦即“POVLEGAL.DOC”）。如有任何关于DIAMOND用户手册中文版的建议或问题，请致信[e-mail]©1997-2009byCRYSTALIMPACTDr.K.Brandenburg&Dr.H.PutzGbRRathausgasse30D-53111BonnGermanyE-mail:[e-mail]:修订与更新：10/17/09更新为V1.01。根据小木虫(emuch.net)网友iangie勘误修正若干文字错误，包括：P9-------第6行“知道”→“直到”；P27------第10行“另”→“两”；P29-----倒数第3行“定点”→“顶点”；P35-----最后一行“说及”→“双击”；P37-----第二行“OK(确定)”→“Close(关闭)”；P58----倒数第四行“DIAMOND2”→“DIAMOND”；P59-----第19行“当个”→“单个”；P63以及P64脚注。特此感谢iangie的勘误表！目录前言1DIAMOND教程A：入门示例2起步阶段................................................................2绘制图像................................................................7调整图像设计...........................................................12进阶指南：DIAMOND的理念17任务...................................................................17循序渐进...............................................................17连接性与过滤功能.......................................................18探究未知晶体结构.......................................................18晶体结构图的使用.......................................................19DIAMOND教程B：高级示例20分子结构...............................................................20探究未知晶体结构.......................................................25沸石（Zeolite）骨架结构...................................................34使用POV-RayTM绘制高质量图片...........................................43使用DIAMOND录制视频.................................................49寻求帮助55技术支持56附录57软件安装...............................................................57在线更新...............................................................57安装POV-RayTM......................................................57恢复工厂设置...........................................................58Diamond2用户必读......................................................59Windows软件基本操作指南...............................................63参考文献66索引67谨以此献给我亲爱的Edda前言1前言如果您有晶体结构数据（空间群参数、单胞参数、原子参数或者晶体数据文件，如CIF文件），而且希望，y绘制用于演示文稿或者出版物的高质量图片？y了解晶体结构的构造原理？y通过各种方式向学生展现晶体构造原理？好极了！这就是DIAMOND，一款在原子水平实现晶体结构可视化的软件能为您做到的。最新的第三版软件极大地简化了起步阶段，非常容易上手1。这样一来，即使您之前没有读过这本使用手册，也可以轻易地绘制出漂亮的晶体结构图。但是，事实上DIAMOND是一款功能非常强大的软件包，除了简单的向导功能之外，还提供各种各样的高级功能。为了确保您能充分利用DIAMOND的强大能力，我们强烈建议您按照以下几条指南阅读这本使用手册：1.首先，您一定已经迫不及待地想在计算机上运行DIAMOND并试着绘制一些晶体图。因此如果您还没有安装DIAMOND，那么请按照第57页的说明安装软件，并按照DIAMOND教程A（第2页）的指示进行操作。2.当您初步尝试了绘制图像之后，我们建议您留出一些时间阅读一下“进阶指南”（Reflection），期间最好能够保证没有电话、会议或者同事的打扰。3.准备一杯上好的茶或咖啡，坐在沙发上翻开这本使用手册，打开第17页的“进阶指南”（Reflection）一章。回想一下在教程A中练习的操作，并考虑一下在您的研究中能利用DIAMOND做些什么。4.或许您还想接着浏览一下“DIAMOND教程B：高级示例”这一章，以便对接下来的内容有个印象。5.随后，请您坐到计算机前并练习DIAMOND教程B，在这一阶段，您将深入了解DIAMOND最精彩的特色功能。6.最后，您可以随意地尝试一下本软件的各项功能，就从您自己研究中的实例开始下手。7.如果您需要帮助，请参考本手册第55页的“寻求帮助”来了解DIAMOND可以为您提供帮助的各种途径。1如果您之前使用过DIAMOND第二版，那么请您阅读第59页附录中的“DIAMOND2用户必读”。新用户也能从这一章了解到DAIMOND第三版最突出的新功能。2DIAMOND教程A：入门示例DIAMOND教程A：入门示例起步阶段在这部分最基本的教程中，您将学习到：y如何导入晶体结构数据文件，如CIF文件y如何通过DIAMOND自动绘制晶体结构图yDIAMOND用户界面的组成结构y如何显示晶体结构数据、距离和角度表格以及粉末衍射图样我们将以一个非常典型的例子开始这部分教程：某种化合物的晶体结构数据以CIF文件2格式存储，我们将基于该文件绘制其晶体结构图。在本示例中我们将使用从PaulingFileBinariesEdition数据库3导出的富勒烯（C60）的CIF文件。图1：“StartScreen（开始）”界面提供了一系列常用文件操作，例如导入或者打开最近使用的文档。如果您还没有启动DIAMOND软件4，那么现在请立即打开。启动之后，屏幕上将显示“StartScreen（开始）”画面（图1），在这里您仅需要单击一下鼠标即可完成一些最常用的操作（例2CIF（=CrystallographicInformationFile，晶体学信息文件）文件是晶体结构数据储存和交流的最常见文件格式之一。例如，像ActaCrystallographica等IUCr（国际晶体学联盟）旗下期刊提供已发表晶体结构的CIF文件下载。希望了解更多关于CIF的信息，请访问数据库，由ASMInternational,MaterialsPark,Ohio,U.S.A.出版。4如果您的同事以前在您的计算机上使用过DIAMOND，我们强烈建议您在学习该教程前按照附录（第58页）中的操作方法将软件恢复到默认设置（即工厂设置）。DIAMOND教程A：入门示例3如导入晶体结构文件或者是打开最近使用的文档）。请点击“Openafile（打开文件）”来导入结构数据，点击后将显示“Open（打开）”对话框。请将对话框底部的文件类型设定为“CIF(*.cif)”，然后选择DIAMOND程序文件夹下的“Tutorial”子文件夹（例如“C:\ProgramFiles\Diamond3\Tutorial”）中的“c60.cif”。最后请点击“Open（打开）”。通过工具栏上的相应按钮或者键盘上的组合键也可以执行很多常用命令。当您能够熟记这些按钮和组合键的时候，您的工作将变得更加快捷、流畅。如果某项菜单命令可以通过工具栏按钮或者组合键实现，那么该命令的左侧将标出缩略指示图，或者右侧标出组合键。在前面的示例中，您还可以选择“File（文件）”菜单下的“Open（打开）”命令，或者直接使用工具栏按钮，也可以使用组合键“Ctrl+O”（“Ctrl+O”表示当您按住键盘上Ctrl键的同时按下“O”键）。如果您刚刚安装好DIAMOND（即选项设置与工厂设置完全相同），屏幕上将显示“FileImportAssistant（文件导入助手）”（图2），在此您可以控制导入文件过程中的每个步骤（如识别文件类型等）。图2：“FileImportAssistant（文件导入助手）”将引导您进行导入晶体结构数据文件的选项操作。图3：在“FileImportAssistant（文件导入助手）”对话框的第二页，您应该检查自动确定的文件格式是否正确。如果不正确，请在对话框中央的下拉菜单中选择正确的文件格式。4DIAMOND教程A：入门示例请点击对话框底部的“Next（下一步）”，并检查由选中文件内容自动确定的文件格式是否正确。下面显示的是可以从该文件导出的数据集的数目（在该示例中为1，如图3）。点击“Next（下一步）”进入该对话框的第三页。在这里您可以选择是否让DIAMOND自动绘制晶体结构图，使用“StructurePictureCreationAssistant（结构图绘制助手）”或者从空白图像开始。在我们入门教程的示例中将尽可能简化操作，因此请选择“Ifthedatasetisacrystalstru