天河二号简明使用手册V1.3

国家超级计算广州中心/广州超级计算中心天河二号简明使用手册V1.3钟英2015年6月16日目录1登陆.............................................................11.1VPN验证....................................................11.2终端登录...................................................11.2.1Xshell（Xmanager-XShell）登陆...........................21.2.2PUTTY登陆............................................31.2.3Linux或苹果系统登陆...................................52文件传输.........................................................62.1文件系统...................................................62.1.1/HOME分区............................................62.1.2/WORK分区...........................................62.2数据传输...................................................72.2.1FileZilla登录...........................................72.2.2WinSCP登录...........................................93环境变量管理工具module.........................................113.1简介......................................................113.2基本命令..................................................114编译器..........................................................124.1Intel编译器...............................................124.2GCC编译器.................................................124.3MPI编译环境...............................................134.4MIC编译环境...............................................145作业提交........................................................155.1结点状态查看yhinfo或yhi..................................155.2作业状态信息查看yhqueue或yhq.............................155.3交互式作业提交yhrun.......................................155.3.1简介..................................................155.3.2yhrun常用选项........................................155.3.3使用示例..............................................165.4批处理作业yhbatch.........................................175.4.1简介..................................................175.4.2使用示例..............................................175.5结点资源抢占命令yhalloc...................................185.5.1简介..................................................185.5.2使用示例..............................................185.6任务取消yhcancel..........................................186常见上机问题（FAQ）.............................................20天河二号简明使用手册11登陆1.1VPN验证在已获得VPN账号和系统账号后，WindowsSSL-VPN验证按照如下步骤进行安全链接：Step1：使用IE打开VPN登录地址，点击网页右上角有个“SSLVPN文件下载“，下载并安装运行；Step2：使用IE打开VPN登录地址，输入VPN账号和密码，保持网页打开状态。注意：1.电信网sslVPN登陆：；教育网sslVPN登陆：。2.关闭windows自带防火墙以及安全软件。3.确认自己的网络，教育网用户请使用教育网登陆地址，其他网络用户请使用电信登陆地址。4.如您的网络环境中有防火墙设备，请联系网管确认放开源端口和目的端口。5.首次sslVPN账号登陆成功后，需要安装自动加载的客户端软件。6.用户所使用的网络环境如果有其他防火墙设备，需联系自己网络的管理员开放TCP64435443UDP1701442端口。7.若您的系统是除Windows外的其他系统，请联系中心客服邮箱（[e-mail]），描述您的系统以获取对应系统的VPN安全链接方式。1.2终端登录以上成功与天河二号建立了VPN安全链接后，为了进一步保证用户的数据安全，中心不允许telnet等方式登陆服务器，必须通过ssh登陆方式来使用中心资源。用户可以使用ssh客户端软件（如Xmanager、Putty、SecureCRT、SSHSecureShellClient）来登录系统。登录步骤如下：天河二号简明使用手册2Step1：从管理员处获取认证文件，切忌传播。Step2：使用终端工具连接，通过使用系统管理员提供的PrivateKey文件（随账号通知邮件附件给出）进行认证，具体操作可参考下例。注意：下文提到的系统IP可在VPN网页的“IP资源”处获得，如下图所示：1.2.1Xshell（Xmanager-XShell）登陆打开XShell，点击工具栏的“新建”选项。在“连接”的“常规”里，“协议”选择SSH，然后在“主机”处填写系统IP。在“用户身份验证”这里，“方法”选择PublicKey，然后点击“浏览”选择得到的PrivateKey文件，然后点击“确定”即可登录。天河二号简明使用手册31.2.2PUTTY登陆用PUTTY登录首先需要转换PrivateKey文件。打开PUTTY的安装路径，运行PUTTYGEN.EXE程序进行PrivateKey文件转换。点击“Load”载入PrivateKey文件，点击“Saveprivatekey”保存转换后的Key文件。天河二号简明使用手册4运行PUTTY.EXE，选择“Session”。在“HostName”处填写系统IP，“Port”处填写“22”。选择“Connection”-“SSH”-“Auth”，然后点击“Privatekeyfileforauthentication”处的“Browse”选择转换后的PrivateKey文件，然后点击“Open”打开登录界面。在登录界面里输入系统账号，回车即可登录。天河二号简明使用手册51.2.3Linux或苹果系统登陆如果是Linux或者苹果系统，首先需要给PrivateKey文件设置权限，命令如下：chmod400PrivateKey然后对系统文件做如下修改：1）用root权限修改ssh_config文件（linux系统路径为/etc/ssh/ssh_config，苹果系统路径为/etc/ssh_config）：Linux系统：sudovi/etc/ssh/ssh_config苹果系统：sudovi/etc/ssh_config2）在ssh_config文件中增加如下两行并保存：StrictHostKeyCheckingnoUserKnownHostsFile/dev/null重新打开一个终端界面进行登录，使用“ssh命令的-i选项”来指定PrivateKey文件，命令如下所示：ssh-iPrivateKey系统账号@系统IP注意：建议用户在第一次登陆后重新生成PrivateKey，具体操作见下文FAQ中的“重新生成PrivateKey”，以避免PrivateKey泄露导致的数据泄露问题。天河二号简明使用手册62文件传输2.1文件系统天河二号高性能计算平台文件系统被分为/HOME和/WORK两个区。2.1.1/HOME分区该分区下的用户主目录为用户默认家目录，仅用于存储代码和程序编译。在脚本中使用“/HOME/系统账号”引用该分区下的用户主目录。该分区的磁盘容量较小，对于试用用户，其磁盘限额为每用户50GB；对于签约用户，其磁盘限额为每用户100GB。所有登录服务结点和计算结点皆可以访问该分区下的文件。2.1.2/WORK分区/WORK分区为数据存放区域，主要用于数据存放和运行作业。在脚本中使用“/WORK/系统账号”引用该分区下的用户主目录。同时用户也可通过“/HOME/系统账号/WORKSPACE”访问该分区。该分区磁盘容量大，数据读写快。对于天河二号简明使用手册7试用用户，其磁盘限额为每用户200GB到300GB；对于签约用户，其磁盘限额将根据用户的具体需求进行配置。所有登录服务结点和计算结点都可以访问该分区下的文件。2.2数据传输从外部机器向天河二号上传或下载文件，可以使用sftp客户端，例如Xmanager、SSHSecureShellClient等本身自带的文件传输功能，或者使用FileZilla、WinScp、FlashFTP等的sftp数据传输软件（免费软件，网络容易下载，且该软件支持断点续传，推荐使用）。2.2.1FileZilla登录FileZilla的登陆步骤见下图：天河二号简明使用手册8注意：密钥所在路径不能含有中文。天河二号简明使用手册92.2.2WinSCP登录WinSCP的登陆步骤见下图：注意：1.文件传输时，数据应上传至“/HOME/系统账号/WORKSPACE/”下。另，程序编译应在“/HOME/系统账号/”下进行，提交作业以及运行程序应在“/HOME/系统账号/WORKSPACE”下进行。2.SFTP服务是全天24小时可以连接的，需提前使用VPN验证方可登录。天河二号中的存储空间只作为数据的临时存储，鉴于存储空间容量限制和数据安全的考虑，请用户及时把重要数据或敏感数据保存到自己的计算机中，并及时清理自己的存储空间。天河二号简明使用手册103.在有大量文件需要下载时，建议使用tar命令进行打包，以加快下载速度，减少出错几率。该命令为：tar–cvffile.tarfile，其中file为需要打包压缩的文件或目录，file.tar为打包后的文件。4.磁盘限额查询命令如下：lfsquota-uh`whoami`/HOME/系统账号lfsq