Materials-Studio-建模问题集锦(全)

一如何构建水体系，有机溶剂体系..........................................................................2问题1：MS的Amorphouscell使用出问题.........................................................2问题2：怎么在MS中建立一个64水的盒子......................................................4问题3：MS中如何选择体系中的水分子.............................................................5问题4：MS中的castep模块金属表面水分子模型的建立....................................5问题5：模拟水溶液中有机物或有机离子在金属表面的吸附问题........................6二：结构优化............................................................................................................6问题1：MS中forcite模块与discover模块中的结构优化有什么区别？...............6问题2：在MS中用哪个模块进行优化结构........................................................6问题3：用分子模拟吸附剂的吸附过程...............................................................7问题4：MS中切面几何优化和原子之间的配位..................................................8问题5：如何在Dmol3模块中实现定向优化.......................................................9问题6：MS能量最小化出错.............................................................................9二：力场选择..........................................................................................................10三：吸附模拟..........................................................................................................10问题1：MS中sorption模块的MC计算...........................................................10问题2：主族金属氧化物切面做吸附小分子要不要考虑自旋极化?.....................12问题3：晶体表面吸附的选择性方向弛豫.........................................................13四：模块使用..........................................................................................................13问题1：CASTEP输出有几点看不懂................................................................13问题2：那位高手能够介绍一下MS中CASTEP的势能模型的适用范围？（分子模拟论坛）..........................................................................................................14问题3：CASTEP能算pdos的自旋情况吗........................................................15问题4：在用CASTEP计算材料空位缺陷时，如何才能实现只取一个空位........15问题5：在CASTEP计算中，kpoint设置不同，对计算结果有什么影响？.......15问题6：CASTEP中几何优化问题....................................................................16问题7：MScastep的几个emptyband问题.......................................................16问题8：如何在CASTEP中实现电荷密度图示..................................................20问题9：能带计算（系列）..............................................................................20问题10：Dmol3计算动力学无法收敛...............................................................22问题11：如何在Discover计算中分别对相同环境原子分配不同力场类型..........23问题12：如何在CASTEP计算中限制某个原子的移动方向..............................23问题13：如何使用DMol3进行动力学计算？...................................................28问题14：如何在Dmol3中考虑溶剂化效应.......................................................30五：软件安装..........................................................................................................31问题1：安装步骤（windows版）....................................................................31问题2：license问题........................................................................................32问题3：gataway问题......................................................................................32六：综合.................................................................................................................34问题1：建模...................................................................................................34问题2：价态...................................................................................................38问题3：停电处理............................................................................................39问题4：求电导................................................................................................40问题5：切平面时如何切出矩形平面................................................................40问题6：如何使用XRD数据快速建立相关的晶体结构......................................40一如何构建水体系，有机溶剂体系问题1：MS的Amorphouscell使用出问题Q:用MS的Amorphouscell建个含水和有机分子的体系，再用build-layer加到金属表面。建不起来，我分子是用高斯优化的，然后用GV另存为MOL引入MS的，水是直接在MS中画的再minimize得，只建含200水分子可以建。出如下错误。点Yes，出现继续点Yes，则出现A：选择的力场没有你要建立的盒子的力场参数，可以把缺少力场参数的原子换成有力场参数的原子，建好盒子后，再换回来。Q：怎么看哪些原子缺力场？用label-forcetype吗，我看了全分配的有力场啊，我那分子就CNHO原子会有缺力场的？A:MS画有机分子，水。分配compass力场，AC建盒子就行了，没有必要用高斯，这有点像用一电锯去吃牛排:)Q:因为我文章前面用高斯算了参数，也就是找有机分子的吸附位点，模拟时用MS剑的话，优化分子会和高斯优化的分子有结构差异，没什么说服力，所以模拟时也想用相同的结构就只能导入高斯优化好的结构了。A:如果下一步要使用量子力学研究，值得这么做。另外，如果你下一步要buildlayer的话，建议建cell而不是confinedlayerQ:对我下一步是要用buildlayer，把金属表面、有机分子和水溶液、水结合起来。再动力学研究有机分子在金属表面的吸附。用COnfinedlayer文献上这么用的。但是用periodic还是键不起来。另外用用量化我只算有机分子的参数，不是建好后算。用MS建的periodic结构导入GV中键输入文件，无法识别的。我用没有优化的结构可以建AMORphouscell用优化结果建就出错，但以前的分子用优化结果是可以建的，包含的原子类型也相同啊。错误说不清楚力场类型。那为什么没优化之前又可以建呢？包含的原子又没变，只是结构变了。牛，我居然把N与五元杂环的partialdoublebond人为的拉长点（原始结构是单键，优化结果变为了partialdoublebond可能是共轭原因），皆可以建呢，用periodiccell和confinedlayer均可。这是为什么呢？跟力场分配有什么关联吗？不拉长键，只将partialdoublebond改为singlebond也可以建。但单改其他地方就不行，出同样的错。说明建不起来跟这个键有关，但是在高斯里优化的4个YES，频率全为正，结构为平面结构，应该没什么问题啊A:证明ms不能自动分配相应的原子力场参数，手动查看一下，如果有手动指定可以用MS中Dmol3做量化问题2：怎么在MS中建立一个64水的盒子Q：怎么在MS中建立一个64水的盒子A:先画好一个水分子，点sketchatom，下拉菜单中选择O原子，再点adjusthydrigen，再点clean，可用Forcite模块中的geometryoptimization优化。再在amorphouscell中construct中，先激活你所优化好的水分子图，点add加入64个水