长链非编码RNA与肝癌的研究现状

1长链非编码RNA与肝癌的研究进展ThenewtrendsofresearchesonLongnoncodingRNAsandhepatocellularcarcinoma熊淑晨1王玉兰2摘要：肝细胞癌(HepatocellularCarcinoma,HCC)的治疗在世界范围内都是一个巨大的难题。HCC的发病率居全球第五位，致死率居第三位。我国是全球肝细胞肝癌发病率最高地区之一，每年新增的肝细胞癌病例占全世界的55%左右。据国际癌症总局（IARC）2011年全球肿瘤统计分析表明全球每年约有69万余人死于肝癌，其中一半以上发生在我国。长链非编码RNA（longnon-codingRNA，lncRNA）是一类转录本长度大于200nt（核苷酸）而且不编码蛋白的RNA，近年来的一些研究发现lncRNA可在各个环节调控基因的表达，存在于各种生理和病理过程，在肿瘤的发生发展及预后过程中起重要作用。基于以上，本文综合了现有的肝细胞癌与lncRNA相关的研究进展，希望对肝细胞癌的致病机制和靶向治疗提供线索。Abstract:Thecureofhepatocellularcarcinoma(HCC)isstillawordwidedifficulty.TheincidenceofHCCiscurrentlythefifthhighestinsolidtumorandisthethirdleadingcauseofcancerdeathworldwide.ChinahasthehighestrateofHCCinthisdays,andthereareabout55%newcasesofHCCeachyearcomefromChina.TheinternationalAgencyofResearchonCancer(IARC)saidthatalmost690thousandpeopledeathofHCC,andmorethanhalfofthemareChinese.LongnoncodingRNAs(LncRNAs)-definedasnon-codingRNAmoleculesgreaterthan200nucleotidesinlength-lacktheabilityofencodingprotein.LncRNAsalsoregulategeneexpressionprocessesinmultipleapproaches,existsinvariousphysiologicalandpathologicalprocess,andplayvitalrolesintheoccurrenceanddevelopmentoftumors.ThisreviewfocusesontheregulationandfunctionalroleofLncRNAsinHCC.关键词：肝细胞癌长链非编码RNA（lncRNA）肝细胞癌是最常见的恶性肿瘤之一，属于高侵袭、高致死性肿瘤，易复发和转移，预后很差。肝细胞癌的产生过程复杂，涉及多基因、多通路。以往对肝细胞癌的研究主要有以下几个方面：①引起肝细胞癌的高危因素：病毒、酒精、生物毒素（如黄曲霉菌）[1]；②流行病学：乙型肝炎病毒、丙型肝炎病毒感染[2]；③表观遗传学：miR-221、miR-222等microRNA的异常表达[3]；④分子遗传学：1号染色体结构异常等[4]；⑤基因分子生物学：p53、DPC4、N-ras异常等[5-7]；⑥信号通路异常[8]。随着人们对基因的不断了解，长链非编码RNA在疾病发生发展的作用越来越受到重视，越来越多的lncRNA被发现与HCC的产生机制有关。肝癌的一般采用外科手术切除来治疗，但是对于那些失去手术机会的患者来说，治愈疾病是个难题。肝癌中特异性表达的lncRNA就为这些患者提供了新的治疗希望。2一、lncRNA概述随着基因测序的完成，人们发现仅有1%-2%的基因具有编码蛋白质的功能。大部分为非编码调控序列，转录成为非编码RNA(non-codingRNA，ncRNA)。其中80%-90%具有转录活性的非蛋白编码基因为lncRNA。根据lncRNA与蛋白编码基因的相对位置可以将其分为四类：①外显子lncRNA（exoniclncRNA）：在外显子区至少有一个碱基与蛋白编码的外显子是相同的；②内含子lncRNA(introniclncRNA)：从蛋白编码基因的内含子转录出来（正义或反义），③重叠lncRNA（overlappinglncRNA）:部分序列与包含内含子的蛋白编码基因重叠(正义或反义)；④基因间lncRNA（intergeniclncRNA）:不与任何编码蛋白的编码位点相交。相对于编码RNA,lncRNA序列的总的保守性差，但其内部含有高度保守的区域，这些区域对lncRNA的功能起到重要作用。最近研究发现lncRNA可在表观遗传学水平(包括DNA甲基化、组蛋白修饰、染色质重构)、转录及转录后水平调节基因的表达，从而参与各种基本生命活动和疾病的发生发展过程[9-10]。某些具有生物学功能的lncRNA可通过染色质剂量补偿效应、基因组印迹、染色体沉默、染色质修饰、转录调控、核浆运输等重要生物过程[11-15]，参与细胞增殖、细胞周期、凋亡和分化等过程，进而影响肿瘤的发生和发展。其调控作用机制可能有［16］：①在编码蛋白基因的上游启动子区转录，干扰邻近蛋白编码基因的表达；②抑制RNA聚合酶Ⅱ，或介导染色质重构和组蛋白修饰影响基因表达；③与编码蛋白基因的转录本形成互补双链，干扰RNA的剪接，或在Dicer酶作用下产生内源性siRNA，调控基因的表达；④结合在特定蛋白质上改变该蛋白的胞质定位，或调节相应蛋白的活性；⑤作为结构组分与蛋白质形成核酸蛋白质复合体；⑥可作为小分子RNA（如miRNA、PiwiRNA）的前体分子。越来越多的证据表明lncRNA与肿瘤的发生密切相关。LncRNA在正常组织和肿瘤组织中的差异性表达，可以作为预防和治疗以及观测肿瘤预后的指标。例如:前列腺癌特异的lncRNADD3(也称PCA3)已被发展为高度特异性的核酸分子标志物，且特异性高于血清前列腺癌特异性抗原(PSA)[17-18]。同样，在肝细胞癌中也发现了许多与肿瘤有关的lncRNA，对这些lncRNA的研究对肝细胞癌的治疗开辟了一条新道路。二、lncRNA在肝细胞癌中的研究进展2.1.H19H19是由H19基因编码的长度为2.3kb的lncRNA，对生长发育中的基因组印迹发挥重要作用。H19高表达于胚胎组织中，出生后在大部分器官组织中表达迅速下降。近期的研究表明H19在肝癌组织中的表达异常，对肝癌的发展起重要作用。ZhangL等人[19]认为H19在肝癌组织中表达比癌旁正常组织降低，在肿瘤结交处表达最高，H19的肿瘤/癌旁比值越低，预后越差。19抑制了肝癌的转移和上皮-间质转化（EMT）的发生；H19还能协同蛋白复合物hnRNPU/PCAF/RNApolⅡ，通过增加组蛋白乙酰化来活化miR-200家族。因此，对于个体化肝细胞癌的治疗，可以联合miRNA和lncRNA，也许会取得更好的疗效。此外，还有研究表明H19促进细胞增殖，抑制肝癌发展和转移[20-22]。2.2.HOTAIRHOTAIR(HOXantisenseintergenicRNA)转录自HOXC基因，定位于12q13.13上的HOXC位点。在肝癌组织和肝癌细胞系中显著过表达[23-24]。HOTAIR连接组蛋白甲基化酶复合体2（PolycombRepressiveComplex2,PRC2)和组蛋白去甲基化酶复合体(LSD1/CoREST/REST),导致H3K27和H3K4甲基化，增强癌细胞侵袭和3代谢[24-25]。下调HOTAIR可以抑制基质金属蛋白酶-9（MMP-9）和血管内皮生长因子表达，从而影响细胞的侵袭和转移[23]。因此，HOTAIR的上调可能作为肝癌的转移潜在标志物。另外，下调HOTAIR的表达水平可明显提高顺铂和多柔比星是敏感性，为临床解决肿瘤的耐药提供新线索[24]。2.3.MEG3MEG3定位于人类染色体14q32.3，属于DLK1-MEG3印迹基因[26]。肝癌组织中，MEG3表达显著减少[27]。在大部分人类癌细胞系中，超标达MEG3导致生长抑制，P53蛋白累积,增强P53介导的转录激活作用；无P53蛋白时，过表达MEG3也导致细胞生长抑制，说明MEG3能以依赖或不依赖P53的方式发挥抑制作用[28-29]。肝细胞癌中启动子区域的甲基化会导致MEG3基因表达抑制[30]。2.4.MALAT1MALAT1（metastasis-associatedlungadenocarcinomatranscript1）首先在非小细胞肺癌中发现[31]，其高表达与肝癌的高度转移风险和不良预后密切相关。通过RNA干扰技术抑制MALAT1的高表达可以在转录及转录后水平抑制肿瘤细胞的增殖和侵袭力，增强肝癌组织对细胞凋亡诱导剂的敏感性[32-33]。并且有研究发现，MALAT1高表达的患者，接受移植后更易复发[32]。综上所述，MALAT1可作为监测肝移植后肿瘤复发的生物标记。2.5.HULCHULC（highlyup-regulatedinlivercancer）基因定位于6p24.3，含有一个内含子和两个外显子，其中内含子长度为1152bp，外显子分别为182bp和303bp。HULC没有明确的长的开放阅读框，体外翻译结果没有任何可检测的蛋白，只有在缺乏N端仅翻译C端的情况下翻译的蛋白才能被检测到[34]。HULC是肝癌中升高最显著的基因并且特异的在肝癌组织和肝癌病人的血液中高表达[35]。HULC可与miR-372直接结合抑制其活性，下调miR-372导致其下游的mRNAPrkacb(cAMP-dependentproteinkinasecatalyticsubunitbeta)上调，促进CREB磷酸化，活化的CREB入核与HULC启动子区域结合促进HULC表达[36]。另外有研究发现，乙肝病毒X蛋白（HBx）也可以通过结合CREB蛋白上调HULC，上调的HULC通过抑制抑癌基因p18表达促进肝癌细胞增殖[37]。在肝癌病人的血清中也可以检测出HULC，这为肝癌的诊断提供了新途径[38]。2.6.HEIHHEIH(HighExpressioninHCC)在肝癌组织中表达水平较高，并且在合并肝硬化的肝癌中表达更高，与HBV相关的肝癌的复发密切相关，是HBV相关的肝癌的总生存期的一个独立预后因素。实验表明，在体内和体外通过抑制中间丝蛋白和波形蛋白的表达导致HBx表达下调可以抑制肝癌的生长和转移[39]。HEIH在细胞G0/G1阻滞中起重要作用，并与EZH2的靶基因（p15、p16、p21、p57）的抑制有关[40]。2.7.MVIHMVIH(lncRNAsassociatedwithmicrovascularinvasioninHCC)在肝癌中过表达，其通过抑制磷酸甘油酸激酶-1（phosphoglyceratekinasel,PGK1）促进肿瘤生长和激活肿瘤诱导的血管生成；此外，MVIH还有可能作为肝癌切除术后患者的无复发生存率的监测指标[41]。2.8.其他相关lncRNADanX等人通过小鼠模型发现，上调肝生长因子HGF增加了lncRNA-LALR1（lncRNAassociatedwithliverregeneration）的表达，而lncRNA-LALR14通过招募转录因子CTCF到AXIN1的启动子区域抑制Axin1的表达，激活Wnt/β-Catenin信号通路，上调cyclinD1的表达，促进肝细胞增殖和肝脏再生，可能有益于肝衰竭和肝脏移植患者[42]。LncRNA-LET（lncRNAlowexpressionintumor）在肝癌中表达下降，试验证实过表达lncRNA-LET抑制肿瘤的转移，而缺氧诱导的组蛋白脱乙酰化酶3（HDAC3）通过减少lncRNA-LET启动子区域的组蛋白乙