SNP数据统计详细方法

SNP操作步骤与结果记录按照陈丽学位论文第二部——替比夫定致肌酸激酶升高与TK2基因多态性的关系——2.2.4.3（单核苷酸多态性位点的选择）及2.2.6（数据处理及分析）条目进行理解和统计操作。步骤一、使用在线软件SHEsis检验各个危险的hw遗传平衡（因rs2607659未发生突变，故不纳入分析。）根据2.3.2（TK2单核苷酸多态性位点的测定结果）整理等位基因频率和HW平衡检测结果。结论：9个位点P值均大于0.05，均符合HW遗传平衡。（有附件）步骤二、分析前将协变量进行分类，并用KS法检验连续变量正态性，结果如下：正态性连续变量非正态连续变量分类变量ALTCReGFR-AASTBMIHBeAg年龄eGFR年龄-A药物浓度ADV合用性别步骤三、用KM生存曲线画出某一位点的CK升高时间与累积危险函数之间的曲线，（KM曲线中状态选项选择服药四年CK数据组）并联合Log-rank检验，比较该位点突变与否对CK结局的差异。结果：9个位点P值均大于0.05即：这些位点的变异对CK升高作用无差异。为验证统计操作的正确性，将TK2基因rs3826160位点进行统计，得到的KM曲线与Log-rankP值与陈丽师姐论文相同。故统计操作正确。（SPSS输出结果见附件）步骤四、对协变量进行单因素分析，排除rs位点突变与其他临床因素对CK产生相反作用，掩盖rs位点对CK结局影响的情况。选择二元Logistic回归（除根据P值定性外，可提供OR值观察因素的影响程度）方法。影响CK的临床因素(P0.05)如下：协变量P性别0.000药物浓度0.007年龄0.032BMI0.016HBVDNA-A0.021CR0.01eGFR0.03（SPSS输出结果见附件）因HBVDNA数据只有91个，数据不足，使统计结果不佳。同时有多篇文献得出HBVDNA与CK（CHB,LDT）升高无相关性。故不纳入多因素分析。步骤五、将有意义的单因素用COX回归模型纳入多因素分析，结果9个位点的P值均无意义。为验证统计方法的正确性，将TK2基因rs3826160位点进行统计，得到性别和rs3826160多态性是CK升高的独立影响因素，其中分层分析中，男性患者出现CK升高的风险高于女性。该结果与师姐论文结论一致。（SPSS输出结果见附件）步骤六、进行性别，年龄进行分层分析，重复COX回归步骤。结果9个rs位点仍无意义。（SPSS输出结果见附件）结论：KM曲线合并Log-rank检验结果为阴性，多因素分析结果为阴性，同时分层分析结果为阴性，所以初步判断9个rs位点与CK升高无相关性。