第七章-电泳胶片分析

第七章电泳胶片分析43第七章　电泳胶片分析　VectorNTI可以将使用者的基因序列放在一个模拟的胶片中，并且模拟电泳图分析的结果。点选选项后会出现下列窗口(图7.1)：图7.1模拟电泳图分析设定　此窗口中用户可以设定电泳的条件，例如电泳片的大小、种类、电压、缓冲液等；在左下角的ViewParameters选项可以设定电泳运作的时间。设定好之后按OK就可以进入以下画面：VectorNTI教育训练手册44图7.2设定完电泳条件，会得到左边窗口的样子　右边的窗口是用户的电泳胶片，左边的窗口会有详细的文字叙述。使用者点选选项就可以选择Marker(图7.3)：图7.3选择所要制作的胶片第七章电泳胶片分析45按下OK后marker就可以加入右边的胶片中(图7.4)：图7.4加入胶片之后的结果，呈现在右边窗口　接着加入使用者的样品，只要点选选项即可：图7.5加入使用者样品　此设定窗口(图7.5)和上一章所提到的RFLP设定完全相同，用户只要选取数据库中的基因序列及限制酶后，再按下AddtoGel就可以加入胶片中了：VectorNTI教育训练手册46图7.6加入斑马鱼海大基因胶片　此窗口(图7.6)样品和限制酶一样可以复选，使用者可以针对不同的需求进行调整，要放入胶中的分析物只要按下AddtoGel，选取完所有的样品后关闭此窗口就可以进行电泳分析，把光标移至电泳片上方：图7.7加入样品后的结果，电泳分析的结果　使用者可以见到上方有一个时间轴的按钮，只要点最第七章电泳胶片分析47右边的按钮就可以进行分析，时间旁边的两个按钮可以手动控制电泳分析的时间：图7.8控制电泳分析时间，分析不同的时间点　若要停止电泳分析只要在胶片上面在点一下鼠标左键就可以了。电泳分析的结果的储存方式和主程序的储存方式相同。使用者打开左边的文件夹后，会见到电泳分析的结果；右手边胶片数字编号的部分，按下鼠标右键后也可以见到电泳分析的结果(图7.9)：图7.9打开左窗口的档案，于右窗口得到电泳分析结果VectorNTI教育训练手册48　使用者还可以计算被限制酶剪切的片段在胶片上分离的时间，只要用鼠标选取欲分析之片段，再按下就可以了(图7.10)：图7.10剪切限制酶的片段，进行片段的电泳分析　电泳图的颜色和线条可以进行编辑，用户只要在左边窗口(图7.11、7.12)中的文件夹按下鼠标右键或是点选选项进行编辑：图7.11在文件夹按鼠标右键，以编辑电泳图的颜色或线条图7.12设定电泳图的线条第七章电泳胶片分析49若内建数据库中没有用户欲分析的Marker，使用者可以在LocalDatabase里面设定使用者自己的Marker(图7.13)：图7.13选取自己数据库的Marker　用户在LocalDatabase的窗口(图7.14)中点选GelMarkers选项，就可以自行加入新的Marker档案，用户将Marker的数据设定好之后按下确定即可。图7.14加入新的Marker档案　如此一来就可以在电泳分析的功能中加入用户自己的Marker。除此之外，使用者还可以利用内建的序列和限制酶建立属于自己的Marker。点选选项之VectorNTI教育训练手册50后如图7.15所示：图7.15使用内建的序列和限制酶，建立属于自己的Marker　选择序列数据和限制酶之后点选SaveasGelMarker即可储存在LocalDatabase中。　AddtoGelSampleList：这一项功能可以将用户欲分析的电泳片段存取在一个程序内建的数据窗口，用户可以利用此窗口进行快速存取，接口十分友善。用户可以利用鼠标选取欲分析之序列后，点选选项，接着在电泳的操作窗口按下，结果如图7.16：图7.16使用AddtoGelSampleList，来进行快速存取第七章电泳胶片分析51　选取使用者欲加入电泳片的sample，再点选选项就可以加入胶片中（画面(图7.17)上胶片为选取第7个样品）：图7.17选择观看电泳片中的某些样品　用户可以善用AddtoGelSampleList指令收集欲分析的sample后，再将数据汇入电泳片进行分析，如果不要此笔数据，按下就可以删除；如果想要把此数据当作Marker的话只要按下就会把该笔数据设定成为Marker(图7.18)。（和自己建立Marker的作法相同）：图7.18将选取的数据当作MarkerVectorNTI教育训练手册52RFLP：上一章提到RFLP时，有个CreateGel的指令(图7.19)，点选后就会变成胶片电泳分析的操作画面：图7.19使用CreateGel，进行胶片电泳分析　藉由此操作模式，可以直接观看电泳分析的结果，对于要经常分析RFLP的使用者来说，是非常实用的功能。