常用的生物信息学软件的介绍和文献依据

名称简介参考文献备注ALINE一个产生出版质量比对的“所见即所得”蛋白质-序列比对编辑器19390156AMDA用于自动微阵列数据分析的一个R包16824223AmiGO访问本体论和注释数据19033274AnnotationSketch基因组注释绘图库，基因组特征可视化19106120Arcadia代谢通路的一个可视化工具，翻译文本的生物学网络描述为图示20453003ArchTEx下一代测序数据片段的最佳延长及准确提取和可视化22302569ArrayExpress将ArrayExpress数据集导入到R/Bioconductor中19505942ArrayExpressHTS用于RNA-seq数据处理和质量评估的一个流程21233166arrayMagic双色cDNA微阵列质控和预处理15454413arrayQCplot用图形分析和统计分析检查微阵列数据质量的软件16864592BALL生物化学算法库20973958BALLView用于分子建模研究和教育的一个工具16332707BamTools分析和管理BAM文件的一个C++应用程序接口和工具包21493652BatchBlastExtractor批量Blast提取器：一个自动的blastx剖析器应用程序18831775BayesPeak分析ChIP-seq数据的一个R包，峰识别21245054BEDTools比较基因组特征的一套灵活的实用程序，支持BED，BAM，GFF格式文件20110278BEST结合位点评估工具套件，整合了4种普遍使用的motif发现程序15814553BIGpre一个下一代测序数据质量评估程序包22289480BiNGO一个评估基因本体论类别在生物网络中过代表的Cytoscape插件15972284Bio++用于序列分析、系统发生学、分子进化和群体遗传学的一套C++库16594991BioCoder一种标准化及自动化生物学实验方案的编程语言21059251BioJavaJava语言编写的一个生物信息学开源框架18689808biomaRt生物学数据库（Ensembl）和微阵列数据分析（bioconductor）间的强力连接16082012Biopython适用于计算分子生物学和生物信息学的可免费获得的python工具19304878BioRuby适用于Ruby编程语言的生物信息学软件20739307BioWarehouse一个生物信息学数据仓库整合工具包16556315birgHPC为生物信息学和分子动力学创建即时计算集群，自启动linux发行版21398666Biskitpython编写的一个结构生物信息学软件平台（库）17237072BisoGenet一个新的基因网络构建、可视化和分析工具，cytoscape插件20163717BlastR非编码RNAs的快速且准确地数据库搜索21624887Bowtie比对短DNA序列片段到大型基因组上的一个超快、内存高效的程序19261174Bpipe一个运行和管理生物信息学流程的工具22500002BRAT重亚硫酸盐处理的片段分析工具20031974BRAT-BW重亚硫酸盐处理的片段的高效且准确地比对22563065Brian一个Python编写的脉冲神经网络模拟器19115011BSMAP全基因组重亚硫酸盐测序比对程序19635165BugView用于比较基因组的一个浏览器，Java编写14693822Caryoscope在基因组环境中查看比较基因组杂交微阵列数据的一个开源Java应用程序15488149CEAS顺式调控元件注释系统，对ChIP-chip，ChIP-seq的峰进行注释19689956CentiLib网络中心性的综合分析和探索22390940Cerebral一个使用亚细胞定位注释进行生物网络布局和交互的Cytoscape插件17309895ChemmineR一个化合物挖掘（结构相似性搜索和18596077小分子聚类）R框架ChIPDiff从ChIP-seq数据中进行差异组蛋白修饰位点的全基因组识别的一种HMM方法18667444ChIPMunkChIP-Seq数据中结合motif的深度和广度挖掘20736340ChIPpeakAnno一个注释ChIP-seq和ChIP-chip数据（峰）的Bioconductor包20459804ChIPseqR核小体定位和组蛋白修饰ChIP-seq实验分析21281468Chipster用于微阵列和其他高通量数据的用户友好的分析软件21999641CisGenome一个分析ChIP-chip和ChIP-Seq的整合软件系统18978777ClutrFree聚类树可视化与解释15145813COBrA一个生物本体论编辑器15513995Cobweb一个网络浏览和可视化Java小程序21486937ComBat使用经验贝叶斯方法调整微阵列表达数据中的批次影响16632515coMOTIF一个识别ChIP-seq数据中转录因子和共调控motif的混合框架21775309ContEst评估下一代测序数据中人类样品的交叉污染21803805ConscriptRasMol到PyMOL的脚本转换器21567873CoXpress基因表达数据中的差异共表达分析（R包）17116249CytoscapeESP使用逻辑操作符和通配符在多属性领域搜索复杂生物网络的Cytoscape插件18445605CytoscapeWeb一个交互式基于网络的网络浏览器20656902DAnTE一个定量分析组学数据（蛋白质组、微阵列）的统计工具18453552DBChIP用ChIP-seq检测转录因子的差异结合22057161Dendroscope一个交互式大型系统发生树查看器18034891DIME基于一套混合模型的差异ChIP-seq结合位点识别R包21471015DendroPy一个系统发生计算Python库20421198DrugViz一个在生物网络中可视化和分析小分子药物的Cytoscape插件18658180dsrcFASTQ格式中DNA序列片段的压缩21252073EagleView一个适用于下一代测序技术的基因组装配查看器18550804EASE在基因列表中识别生物学主题，用于基因列表的快速生物学解释14519205Easyfig基因组比较可视化，创建多个基因组位点的线性比较图形21278367EMBOSS欧洲分子生物学序列分析开放软件套件12002227EnzymeTracker一个开源的样品跟踪实验室信息管理系统22280360Eoulsan一个促进高通量测序分析的基于云计算的框架22492314ESBTL用于生物大分子结构和几何分析的高效PDB剖析器和数据结构20185407Expander一个整合的基因表达数据分析软件平台，支持微阵列数据分析的所有阶段20134430ExpressionPlot一个分析RNA-Seq和微阵列基因表达数据的基于网络的框架21797991EZ-Viz用标签和按钮简化PyMOL中分子查看21638731FIMO扫描一个给定motif的出现21330290Flapjack图示的基因型可视化20956241flowViz一个可视化流式细胞仪数据的Bioconductor包18245128FPV使用Java3D进行快速蛋白质可视化12761052FunNet一个探索转录相互作用的整合工具18799481FX一个云端RNA-Seq分析工具22257667GaggleBridge协作的数据分析21775306Gap5编辑数十亿的片段序列装配20513662GBParsy一个高速的GenBank平面文件解析器库18652706GenericHTMLFormProcessor一个保存网络收集的数据到一个MySQL数据库中的多功能PHP脚本16629305GeneNotes第一个允许用户收集和管理有关基因/ESTs的多媒体生物信息的应用程序15686593GeneTrack一个基因组数据处理和可视化框架18388141GeneTUKit一个文档水平基因标准化软件21303863GeneXplorer微阵列数据的可视化和分析15458579GenomeView使用动态导航和语义缩放动态地浏览高容量的比对短片段数据22102585GenomeViz可视化微生物基因组15601465Genomorama基因组可视化和分析17570856GenoViewer一个高度用户友好、易于操作的SAM/BAM查看器和比对器工具22359445GenPlay一个多用途基因组分析器和浏览器，识别各种微阵列和测序数据格式21596789GEOquery基因表达综合数据库（GEO）和BioConductor间的一个桥梁17496320GIMP一个跨平台的处理数字图像的免费、开源软件19457798GLITR基于对照数据的随机采样计算一个倍数变化以从ChIP-Seq数据中提取转录因子靶点19553195GO::TermFinder访问基因本体论信息并找到与一列基因相关的显著富集的基因本体论术语15297299GoBean一个GO术语富集可视化探索JavaGUI应用程序22360891GOGrapher一个GO图形展示和分析Python库19583843GOlorize一个带有基于本体论的布局和着色的Cytoscape网络可视化插件17127678gputools使得能够在R中进行GPU计算的一个包19850754graph2tab一个转换实验流程图为表格格式的程序库22556367GReEn一个基因组重测序数据高效压缩工具22139935GRiP一个模拟原核生物中转录因子结合的计算工具22426343GSEA基因集合富集分析：一种解释全基因表达谱的基于知识的方法16199517HilbertVis用希尔伯特曲线来可视化基因组数据19297348i-cite一个浏览器扩展，增强了生命科学文献的导航，及链接术语到相应的非文本数据19767300IGB整合基因组浏览器：用于基因组规模数据集的发布、探索、可视化19654113Interpol一个蛋白质序列预处理R程序包21682849interPopula一个访问HapMap计划数据集的Python21210977APIIntervalStatsChIP-seq数据集相似性的一个有效统计评估22262674IVEE用基因型谱方法分析基因片段的组合模式，检测甲型流感病毒的传播和重组事件21824442J-Express使用Java来探索基因表达数据11301307JalviewJava多重序列比对编辑器14960472JavaTreeview微阵列数据可视化，树状图查看15180930JBrowse下一代基因组浏览器，通过平滑地动态移动，缩放，导航基因组注释19570905jClust一个聚类和可视化工具箱19454618JColorGrid生物学测量值可视化，绘制热图，颜色网格等16640789Jetset挑选最佳的微阵列探针集来代表一个基因22172014JSBML一个处理SBML的灵活Java库21697129jSquid一个图形化在线网络浏览Java小程序18445606JViz.Rna一个RNA二级结构可视化Java工具16220684KEGGgraph一种用R和bioconductor绘制KEGGPATHWAY的图形方法19307239KEGGtranslator可视化并转变KEGGPATHWAY数据库为各种格式21700675KGML-EDKEGG通路图的动态浏览和编辑17142815LeARN检测、聚类和注释非编码RNAs的一个平台18194551limmaGUI一个微阵列数据（双色）线性建模图形用户界面15297296LogoBar带有空位的蛋白质logos柱状图可视化16269415MACS基于模型的ChIP-Seq峰识别软件18798982MAGICTool整合的微阵列数据分析工具，开源，多平台1