实验蛋白质序列分析与结构预测

蛋白质序列分析与结构预测一：实验目的1.能够熟练使用ProtParam、PSORT、TMHMM进行蛋白质理化性质分析。2.学会使用JPred服务器进行蛋白质二级结构预测。3.学会使用SWISS-MODEL服务器进行蛋白质三级结构预测，并会使用rasmol浏览结果4.学会使用PROSITE数据库进行结构域识别与功能位点分析二实验内容及操作步骤一、蛋白质基本性质分析1蛋白质理化性质分析：1.1进入选择protein_characterisation_and_function→ProtParam程序1.3进入的UniProtKB1.4下载蛋白序列(如amine),并存为FASTA格式1.5在对话框中输入蛋白质序列（注意：不是FASTA格式，而是原始序列）1.6点击Computerparameters进行分析1.7记录并分析结果2蛋白质亚细胞定位：2.1进入PSORT预测主页:下载蛋白序列(如5-hydroxytryptamine1Areceptor),并存为FASTA格式2.3将蛋白序列粘入对话框(注意,序列为原始序列)2.4点击submitJob分析2.5记录并分析结果(看查询的蛋白主要表达在细胞的什么位置)3.跨膜区预测:3.1进入提交蛋白序列(FASTA格式,可以一次提交多个蛋白)3.3点击submit分析3.4查看结果看查询的蛋白是几次跨膜，分别在序列的什么位置二、蛋白质二级结构预测1.使用JPred服务器进行预测1.1进入JPred~点击Prediction(Submitaproteinsequenceforsecondarystructureprediction)1.3选择Email结果提交方式(建议)或留空为网页结果显示1.4输入蛋白质序列(原始序列)1.5选择Fileformat的三个参数，这三个参数分别为：原始序列格式，多重序列比对格式，BLC格式，本实验只选Rawproteinsequence，其余参数同学们自行练习。1.6注意如下第4选项(Finally,ifyouhavesubmittedasinglesequence,aBLASTsearchofthePDBdatabasewillautomaticallybecarriedouttofindanyhomologues.Ifyoudon'twantthistohappenselectthisbox)如果选中的话，程序会直接搜索PDB数据库，从而找到同源性较高的结构数据，直接获取可能的三级结构，如果不选中的话，则预测二级结构，并将结果地址发到你的邮箱中。1.6点击Run提交1.7在邮箱中找到结果地址，并在弹出的结果显示界面选择第3项(YourresultsinHTMLcanbefoundhere.)、第4项(Asimpledisplayofyourquerysequenceandthepredictioncanbefoundhere.)进行简单结果浏览、第5项(Postscriptoutputcanbefoundhere.)进行图形化输出(结果保存为PS文件，可直接打印成PDF文件)1.8记录并分析结果，其中E表示折叠，H表示螺旋。三、蛋白质三级结构预测1.进入SWISS-MODEL()三级结构预测服务器2．选择AutomaticModellingMode→填写Email地址（AlignmentInterface和Project(optimise)mode学生自行练习）3．查看邮件，其中SwissModel_TraceLog这封信的内容是从蛋白质序列提交到预测出蛋白质结构的详细过程；带有附件的信件(扩展名为PDB的文件是通过网站预测蛋白质三级结构得到的结果)，下载附件。4.打开结果。五、作业1.找一条蛋白序列，分析其蛋白质基本性质。2.找一条蛋白序列，预测其蛋白质二、三级结构.