Local BLAST简明教程

LOCALBLAST简明教程简介LocalBlast是Blast的本地化版本，与在线Blast原理相同，主要进行序列间相似性的检索优点：与在线Blast相比，其优点在于速度快，不受网络连接影响，且可进行批处理，数据易于处理。软件准备Blast+下载地址：基于不同操作系统选择不同的安装包，解压安装，通常默认安装到C:\Programfiles，此处可以把C:\Programfiles\NCBI的子文件夹（通常是blast+2.2.23）重命名为blast，方便之后在dos中索引文件夹（可选）PerlforWindows主要用于下载NCBI上已有的构建好的数据库，但主要是人类、小鼠等，对于我们来说不常用下载地址：下载后直接安装即可构建数据库方法一：1.直接下载fasta格式的序列文件序列文件的格式必须为fasta，文件来源不限，如NCBI、JGI等均可，但由于不同数据库中蛋白的ID不同，应结合后期数据分析具体要求进行选择2.在DOS系统中利用makeblastdb.exe构建数据库命令行：$makeblastdb.exe–inprotein.fasta–outprotein_db–hash_index–dbtypeprot要格式化的序列的名称，需要后缀输出的数据库的名称，不需要后缀输出的数据库的类型核酸：nucl蛋白：prot构建数据库如：下载Aspergillusruber基因组蛋白氨基酸序列，构建数据库首先在NCBI上检索该物种基因组构建数据库基因组内共有10066个蛋白构建数据库检索该基因组的蛋白，点击中间列右上角“Sendto”按钮，选择files，选择FASTA格式，创建文件即可构建数据库•将下载的序列重命名（默认下载文件名为sequence.fasta，容易混淆），保持后缀为fasta格式不变，置于blast\bin文件夹中，如果配置了环境变量，可置于任意位置，关于配置环境变量，点击此处。•检查下载的序列是否完整（NCBI连接不稳定，有时候会丢数据），方法如下：用word打开序列文件，在文件内进行查找（快捷键Crtl+F），查找“”，查找结果数量即为下载得到的蛋白序列数量。构建数据库“开始”-“运行”（快捷键Windows键+R）-输入“cmd”，“确认”-进入DOS系统1.打开数据库（即序列文件）所在文件夹；2.输入命令对数据库进行格式化。打开数据库所在文件夹运行命令，对数据库进行格式化格式化成功构建数据库方法二从NCBI中的ftp库下载所需要的数据库，地址：也可安装Perl程序后，运用Blast自带的update_blastdb.pl进行下载进入DOS后，打开Blast下的bin文件夹输入以下指令可以查看帮助（可不做）输入一下指令查看NCBI中的库输入相应的数据库名称进行下载，此方法下载得到的数据库不需进行格式化，以载体库（vector）为例准备待比对序列直接从NCBI上下载FASTA格式的序列即可，与数据库存放于同一位置（通常为Blast的bin文件夹下）如果需要批处理（即将多个序列与数据库进行比对），可将其多个序列文件整合成一个fasta文件，此处使用word或写字板均可。序列比对打开数据库及序列所在的文件夹，运行相应的blast命令即可如蛋白序列比对$blastp.exe–queryproteins.fasta–dball_proteins_db–outblast_result.xls可输入blastp–help查看默认输出参数，即参数代码对照如果需要对输出文件输出的参数进行自定义，则增加-outfmt参数如只需要蛋白ID，QueryCover和Identity可增加参数-outfmt“6qaccsaccqcovspident”待比对序列名称，需要后缀数据库名称，不需要后缀结果文件名称，不同后缀可输出不同格式的文件,xls为excel格式,txt、xml等均可序列比对输出格式及参数说明序列比对输出格式及参数说明序列比对输出格式及参数说明TIPS在localblast过程中对文件进行命名时不要出现空格，包括序列、数据库、结果的命名等TheEnd