Pubmed_Embase_2012-11-27检索方法

医学文献检索与利用范晓磊[e-mail]第三章外文信息资源检索第一节美国医学索引与Medline第二节PubMed与NCBI第三节荷兰医学文摘与EmbasePubMedCurrentlyindexedinMEDLINE5618journals生物医学和生命科学更适用于医学、学术研究Embase7,686current,mostlypeer-reviewedjournals“生物医学与药理学信息检索平台”医学药学并重一、美国《医学索引》（IndexMedicus,IM）(一)概况由美国国立医学图书馆（NationalLibraryofMedicine,NLM）编辑出版1.收录范围：1879年创刊，收录4945种期刊（2011.7），生物医学为主，80%为英文文献2.文献类型：Article,Editorial,Letter,Review,Biography,Obituary,Meetings3.IM特色(二)编排结构期索引：subjectsection,authorsection,bibliographyofmedicalreviews,MeSHMeSH构成：字顺表，树状结构表，副主题词表和收编期刊目录（三）检索方法1.主题途径检索2.著者途径检索（四）检索举例二、Medline数据库(一)概况1964年，NLM建立文献分析与检索系统MEDLARS1971年，NLM推出了Medline，即MEDLARSonline(二)收录范围1966年以来，5600多种期刊文献，91%为英文文献。内容包括美国《医学索引》（IndexMedicus,IM）的全部内容和《牙科文献索引》（IndextoDentalLiterature）、《国际护理索引》（InternationalNursingIndex）的部分内容，涉及基础医学、临床医学、环境医学、营养卫生、职业病学、卫生管理、医疗保健、微生物、药学、社会医学等等领域。(三)检索方法：P130-131第二节PubMed与国家生物技术信息中心(NCBI)国家生物技术信息中心(Nationalcerterforbiotechnologyinformation,NCBI)年，NCBI在Entrez集成检索系统上开发了PubMedPubMed是生物医学领域最重要也是最权威的二次文献数据库之一一、Entrez资源整合系统Entrez数据库集成检索系统：最大的免费生物医学资源网站由NCBI创建并维护，是基于Web界面的综合生物信息数据库检索系统，平台整合不同的数据库。Entrez资源整合系统可检索NCBI提供的30余个数据库，且系统内数据库间广泛多项联系，这种联系可通过检索结果中Link连接实现。Entrez所包含的数据库类型多样，基因序列、结构、文献、基因组等有机结合：文献数据库：生物医学方面的期刊图书等，PubMed、PubMedCentral、OMIM、Books分子数据库：Nucleoticidesequencedatabase、Proteinsequences、Structrue基因组库：Genome、Cancerchromosomes系统工具\数据库分析工具：BLAST、GenomeAnalysis二、PubMed检索系统以MEDLINE数据库为核心内容的检索系统，免费开放。是世界上使用最广泛的免费Medline检索系统，提供免费和收费的全文链接。特点:1）信息资源丰富：收录了世界生命科学重要期刊的题录，大部分含有文摘2）信息质量高、更新速度快：Epubaheadofprint3）检索方式灵活多样4）链接功能强大:与NCBI其他数据库及网络出版商的全文链接等（一）PubMed收藏范围：OLDMEDLINE（-1965）：收录部分1966年以前出版的无文摘，未经MeSH主题词标引的记录。[PubMed-OLDMEDLINE]MEDLINE（1966-）：PubMed的主体部分，数据经过加工处理，MeSH标引。同时其他数据库如WebofKnowledge，Ovie,Embase,OCLCFirstSearch,EBSCO也都整合MEDLINE。[PubMed-indexedforMEDLINE]PreMEDLINE：InProcessCitation，新收录文献，未加工未标引，为加快文献报道，临时存入，经加工处理后转入MEDLINE。[PubMed-InProcess]Publisher-SuppliedCitations：PubMed接受出版商直接提供的书目信息（生命科学，非生物医学文献），但MEDLINE并不收录。[PubMed-assuppliedbypulisher]Epubaheadofprint:airticalinpress或EarlyView，指先于印刷期刊发表的电子期刊。（二）数据库结构：CurrentlyindexedinMEDLINE5618journals记录：2200多万条文献记录字段：每条记录有20多个字段组成（不同记录字段有变化）大多字段都是检索点，特定字段检索格式：关键词[字段标识]例：zhangh[Author]可检字段及字段标识见教材P135PubMed检索1.基本检索2.限定检索3.高级检索4.主题词检索输入的检索词可以用布尔逻辑关系组配（ANDORNOT，检索词与关系词都不区分大小写），检索词之间只有空格，默认布尔逻辑关系“或”。运算顺序为从左至右，使用（）来改变运算顺序。截词检索：*为无限截词，但截词运算时自动关闭检索词自动转换精确检索：使用“”实现检索词自动转换：输入检索词后，系统会自动执行检索词的主题词（Meshterms）匹配与检索，运行检索后，在检索细节（SearchDetails）框中可以查看系统自动执行的词的具体转换。AutomaticTermsMapping词汇自动转换原理：首先在多个索引词表中（MeSH转换表、刊名转换表（全称转缩写）、短语表、著者索引）中搜索对比，并自动转换为相应的MeSH主题词、著者或刊名，再将检索词在全部字段（AllFields）中检索，并执行OR运算。如输入多个检索词或短语词组，系统会继续将其拆分为单词后分别在全部字段中检索，单词之间用AND运算。检索运行后的最终实际表达在SearchDetails中查看。检索规则例：输入“transgenicanimal”在检索细节（SearchDetails）框中可以看到系统实际执行的检索式如下图特定字段检索的实现：作者检索：姓在前，名缩写或名全称（2002年以后的文献可用名全称）在后。字段限定及标识如下：Shenh*[au]期刊检索：使用期刊全称或MEDLINE简称、ISSN号。字段限定及标识如下：JournalTitle[ta]注：只掌握期刊名称部分单词时，最好使用JournalsDatabase检索期刊附：PubMed字段限定标识Affiliation[AD]Author[AU]JournalTitleAbbreviation[TA]Language[LA]MeSHTerms[MH]PersonalNameasSubject[PS]PublicationDate[DP]PublicationType[PT]Subset[SB]MajorMeSHTerms[majr]TextWords[TW]TitleWords[TI]1基本检索：界面升级有变化，需要注意升级浏览器至最新版本，以正常浏览与使用本系统。通过“资源”选择相应的数据库，输入检索词，点击检索检索词输入时，系统有自动提词（Automaticsuggestions）功能，帮助用户提示可能需要的检索词，包括词形变化、常见词组等。点击“Turnoff”关闭2.限定检索（Limit）：新升级的版本中，限定检索已经更新为检索结果页面上实现，采用filter（精炼）的形式。但可限定的范围，在以前版本中可以更清楚地体现。限定检索：帮助用户对所检索课题或文献的客观范围进行限定，以缩小检索范围，提高文献的查准率。出版日期文章类型物种子集（主题）语种性别年龄字段使用限定检索时，选择相应的限定后，随后的检索操作都在限定范围内执行。不需要限定时，要进行手工取消限定（Remove）限定只在Medline中实现，Pre-Medline和出版商提供的文献不包含3.高级检索：参见教材142检索式构建：选择字段，输入检索词，选择布尔逻辑组配关系，添加到检索框中。不同的字段有不同的索引，通过ShowIndex展开。重复以上步骤，构建复杂的检索式。可直接检索，或通过预览（Preview）在检索历史中查看检索结果命中数。检索历史：所有的检索操作在检索历史中记录，可能对检索式进行再次操作，如布尔逻辑关系的组配等。4.主题检索：参见教材139三种途径进入：资源选择主页链接高级检索MeSH字段MeSH医学主题词表MeSHTerms主题词SubjectHeading主题词Subheadings副主题词MajorTopicHeadings/Explode主要主题词EntryTerms入口词、款目词，与检索词为同义词关系MeSHTree、MeSHCategories树状结构主题词主题词解释副主题词主要主题词、主题词加权主题词扩展检索式构造入口词两个树形结构各级上位词相关参见各级下位词”主题词检索操作：如下检索式表达的检索含义为：检索主题词为“Animals,GeneticallyModified”，副主题词为“genetics”的文献，并且主题词为“主要主题词”，主题词不扩展（不包含此主题词所在树的下位主题词）.使用主题词检索时，一定要把检索送发送到检索构建器中，再点击检索运行检索式。优点：主要体现在主题词本身的规范性及扩展、组配等方面。检索时很好的准确性与专指性。缺点：主要表现在最新文献及新概念的缺失与时滞性上在用自由词检索时，系统会自动把自由词转化为相应的主题词。而有的自由词没有转化成相应的主题词，或者用主题词检索时没有检索到对应主题词，可先用自由词检索，再浏览检索结果，在密切相关文献中可打开PublicationTypes,MeSHTerms字段，查看其标引的MeSH主题词，可帮助选择正确的MeSH主题词，或扩展我们没有考虑到的主题词。有些文献，如中药汤剂类的，要注意主题词与自由词的结合使用。三、检索结果显示、评价、分析与管理P146-151设置显示方式PubMedCentral免费全文检索结果筛选检索结果输出设置显示方式检索结果精炼结果保存与处理：下载、剪切板、在线保存、E-mail记录样例题名作者及机构文摘来源、出处PMID号全文链接出版商信息其他检索功能期刊数据库检索：JournalsinNCBIDatabases单篇引文匹配器定题服务功能:MyNCBI保存检索策略文献传递：DocumentDelivery期刊检索和引文匹配:JournalsDatabaseSingle/BatchCitationMatcher临床咨询ClinicalQueries临床查询是专门为临床医生设计的检索服务，包括SearchbyClinicalStudyCategory查找疾病的etiology、diagnosis、therapy、prognosis及clinicalpredictionsguides文献，综合考虑检索结果的敏感性（broad，sensitivesearch，查全率较高）与特异性（narrow，specificsearch，查准率较高）FindingSystematicReviews提供systematicreviews、metaanalysis、reviewsofclinicaltrials、guidelines等循证医学文献MedicalGeneticsSearches查询疾病的遗传学文献，有ALL、Diagnosis、Diffe