ceRNA机制及研究方案介绍

1ceRNA的基本特征ceRNA的研究现状ceRNA的方案设计ceRNA的验证实验设计实例解读分享目录2miRNA作用方式3RNA和miRNA作用方式4RNA——miRNA：1对多；多对1；多对多ceRNA的逻辑关系5ceRNA假说（competitiveendogenousRNA，竞争性内源RNA）:共享miRNA结合位点的转录本会竞争性结合相同的miRNAceRNA机制的生物学功能RNA转录本通过与编码RNA竞争性的结合microRNA，从而稀释掉细胞内游离microRNA的浓度，降低microRNA对编码RNA的抑制，进而提高目的基因的表达量6ceRNA的种类7ceRNA部分研究结果8ceRNA的国自然面上项目申请状况910ceRNA的课题申请状况ceRNA的方案设计ceRNA关系对的获取及基本qPCR分析；ceRNA关系对中各成分与疾病相关性验证；ceRNA关系对中的竞争性关系的验证；1112ceRNA关系对的获取13ceRNA的验证试验（LncRNA为例）实例分享一：LncRNApagbc对miRNA的海绵调控作用促进胆囊肿瘤发生WuX,WangF,LiH,etal.LncRNA‐PAGBCactsasamicroRNAspongeandpromotesgallbladdertumorigenesis[J].EmboReports,2017.（IF8.568）高通量测序+qPCR验证+LncRNA功能验证14文献一技术路线15目的LncRNA的确定高通量测序LncRNA+miRNA测序：9对胆囊癌与癌旁组织选取5条LncRNA在26对癌与癌旁组织进行qPCR验证构建lncRNA-PAGBC-mRNA的基因共表达模型16目的LncRNA的确定验证LncRNA-PAGBC在大样本中的表达在60个癌与癌旁组织中进行lncRNA-PAGBC表达量的统计分析，证明lncRNA-PAGBC与癌症的相关性17目的LncRNA的确定对77个病例进行关于lncRNA-PAGBC的生存分析对lncRNA-PAGBC进行两个细胞系中进行亚细胞定位18目的LncRNA的确定在胆囊癌细胞系（GBC、NOZ）中进行lncRNAPAGBC沉默，分析细胞增殖及裸鼠成瘤19目的LncRNA的确定在胆囊癌细胞系中进行lncRNAPAGBC过表达，分析癌细胞的迁移、侵袭和成瘤能力20LncRNA‐PAGBC的与miRNA关系对确定整合LncRNA与miRNA数据，预测出PAGBC的6条靶miRNA选用双荧光素酶报告系统进行关系对验证（293T细胞、NOZ细胞）21LncRNA‐PAGBC的靶基因确定结合miR-133b、miR-511靶基因预测以及篇首的高通量数据，推测出靶基因SOX4和PIK3R3癌细胞中分别转入LncRNA‐PAGBC的突变体（分别针对miR-133b、miR-511结合位点）后，进行靶基因表达检测22LncRNA‐PAGBC的目的基因确定癌细胞中分别转入LncRNA‐PAGBC的突变体、过表达+miRNAinhibitor、miRNAmimic，进行靶基因表达检测23结论1.通过高通量测序发现与胆囊癌相关的特定LncRNA，经过在病例中的检测初步筛选出目的LncRNA；2.沉默、过表达LncRNA在体内及体外的功能试验，验证出LncRNA‐PAGBC与胆囊癌细胞的增殖有关系；3.通过生信分析从LncRNA‐PAGBC预测出6个靶miRNA中，通过体内、体外试验确定出其靶标miR-133b、miR-511；4.LncRNA‐PAGBC通过竞争性的与miR-133b、miR-511结合，促进SOX4和PIK3R3表达升高，进而活化了AKT/mTOR通路；24lncRNAHOTAIR在肾癌细胞中通过miR-217调节HIF-1α/Axl信号途径高通量测序+qPCR验证+LncRNA功能验证QuanH,OuL,WeiZ,etal.LncRNAHOTAIRregulatesHIF-1α/AXLsignalingthroughinhibitionofmiR-217inrenalcellcarcinoma[J].CellDeath&Disease,2017,8(5):e2772.（IF5.965）25实例分享二：研究路线26皮肤黑色素瘤中的竞争性内源RNA调控分子机制高通量测序+qPCR验证+circRNA功能验证XuS,JingS,ShengY,etal.IntegrativeanalysisofcompetingendogenousRNAnetworkfocusingonlongnoncodingRNAassociatedwithprogressionofcutaneousmelanoma[J].CancerMedicine,2018(8Suppl).（IF3.362）27实例分享三：方案设计•测序+qPCR：15W；IF：4分左右；•功能试验：15-25W；IF：3-5分左右；•测序+qPCR+功能试验：35-40W；IF：6-8分281.SalmenaL,PolisenoL,TayY,etal.ceRNAhypothesis:TheRosettaStoneofahiddenRNAlanguage?[J].Cell,2011,146(3):353-8.2.ThomsonDW,DingerME.EndogenousmicroRNAsponges:evidenceandcontroversy[J].NatureReviewsGenetics,2016,17(5):272.29参考文献30