Linux-机群及工作站使用-20130328

Linux常用操作指令、工作站与集群使用及LAMMPS软件安装简介赵梓源2012-12-7一、账户管理Root：新建用户：useraddrendantong(新建名为rendantong的用户)创建密码：passwdrendantong(为名为rendantong的用户创建或修改密码)删除用户：userdel-rrendantong(删除名为rendantong的用户和相关文件)User：修改密码：passwd切换用户：suusername登陆(user):按钮退出(user):exit关机(root):shutdown–hnowshutdown–h20:25shutdown+10(mins)poweroff–f重启(root):shutdown–rnowshutdown–r+30‘thesystemwillrebootin30minites’(系统立刻弹出提示语并于30分钟后重启)reboot二、系统常用开关机、登陆与退出方法三、Linux文件系统简介四、路径的查看、切换、新建与删除绝对路径：从根目录（/）开始的路径。相对路径：相对于当前路径的路径。一般由./或者../开始。注：./表示当前目录，../表示上一层目录，~/表示用户家目录。查看当前绝对路径：pwd新建路径（新建文件夹）：mkdir[-p]dirname删除路径（删除文件夹）：rm–rdirname切换路径：cddirname注：dirname可以是绝对路径或者相对路径五、复制，移动，重命名，删除文件与文件夹复制文件：cpdirname1/file1dirname2/效果:file2被复制到dirname2里面复制文件夹：cp–rdirname1/dirname2/效果:dirname1被复制到dirname2里面移动文件：mvdirname1/file1dirname2/移动文件夹：mvdirname1/dirname2dirname3/效果：dirname2被移动到dirname3中重命名：mvdirname1/file1dirname1/file2复制为另一个名称的文件：cpdirname1/file1dirname2/file2移动并重命名：mvdirname1/file1dirname2/file2删除文件或文件夹：rmfilename六、文件类型和权限查看文件类型和权限：ll修改文件权限：chmod644filenamechmodu=rwx,go=rxfilenamechmoda+wfilename修改文件所属组用户和组：chown[-R]username:groupnamefilenamer=4w=2x=1七、查看文件内容catfilename（catfilename|less）合并文件catfile1file2catfile1file2file3head[-n]filename看文件的前n行tail[-n]filename看文件的后n行e.g.tail-10text1看文件的后10行morefilenamespace向下翻页enter向下翻行/string寻找字符串q退出b向上翻页lessfilenamespace向下翻页pageup向上翻页pagedown向下翻页/string向下查找字符串?string向上查找字符串n顺向查找下一字符串N逆向查找下一字符串q退出八、编辑文件Vi/vim打开文件：vifilenamevimfilenameVi有三种模式：一般模式，编辑模式，命令行模式。打开文件后，处于一般模式，一般按i进入编辑模式（左下角出现INSERT字符），编辑后按esc退至一般模式，再用命令模式中的:q!或者:wq退出。退出：:q!不保存退出:wq保存退出Vim常用快捷键(一般模式)：光标移动ctrl+f向下翻页ctrl+b向上翻页gg光标移动到第一行G光标移动到最后一行nG光标移动到第n行查找/word查找某个词n向下查找N向上查找复制粘贴、删除x删除光标所在字符nx向后连续删除n个字符dd删除光标所在整行ndd删除n行d1G删除光标所在行到第一行所有数据dG删除到最后一行d$删除光标所在处到该行最后一个字符d0删除光标所在处到行首yy复制光标所在一行nyy向下复制n行y1G复制光标所在行到第一行所有数据yG复制到最后一行p粘贴于光标下一行P粘贴与光标上一行恢复操作u重复操作ctrl+rVim多文件编辑vimfile1file2(同时打开两个文件)查看vim正在编辑的文件，命令行:files切换到下一个文件命令行:n切换到上一个文件命令行:N可实现跨文件的复制粘贴Vim多窗口模式命令行输入:spfilename(若不写filename则打开当前文件)向上切换ctrl+w+上箭头向下切换ctrl+w+下箭头Ctrl+双击w切换到另一个文件九、C/C++程序编译与运行gcc/g++编译器编译C/C++程序gccfile.c生成默认名为a.out的可执行文件gccfile.c–lmgccfile.c–lm–o可执行文件名(生成指定名称的可执行文件)同理g++对应file.cpp./a.out或./可执行文件名运行程序十、查找文件，查找关键词find[path]–namefilenamee.g.find/home/rendantong-namea（查找所有在/home下的名为a的文件）grep‘string’filename(在文件中查找某字符串，并把所在行屏幕输出)grep–v‘string’filename(在文件中查找某字符串，把不包含该字符串的行输出)十一、压缩，解压缩tar：tar[-cxjzvf]tarfilenamefiles/dirname-c创建一个新的tar文件-v显示运行过程信息-f指定文件名-z:调用gzip压缩文件-j:调用bzip2压缩文件-x:解压缩e.g.tar–cjvflammps.tar.bz2lammps/tar–xjvflammps.tar.bz2tar–czvflammps.tar.gzlammps/tar–xzvflammps.tar.gz其他常见压缩与解压缩命令十二、硬盘使用和剩余空间查看df–h查看已用空间和剩余空间du–hsdirname查看某个目录大小(-h以KB,MB,GB单位显示)(-s但不显示子目录大小)(-S计算不包含子目录)十三、Windows字符界面远程登陆Linux——PUTTY：注：Linux远程登录Linuxsshusername@ip十四、图形化界面远程登录Linux———VNC第一步：申请vnc桌面号：在字符界面输入vncserver首次申请需要按照提示输入用vnc登录密码（和要登录的账户密码不一定相同）得到窗口号为2，如下图。第二步：打开vnc客户端软件，输入ip:桌面号打开后界面如图，需要修改vnc配置文件第三步：在putty中vim~/.vnc/xstartup按照下图所示修改并保存退出。第四步：杀掉当前vnc。在putty中vncserver–kill:桌面号第五步：重新开启vnc，如步骤一。十五、Windows-Linux文件传输工具———Winscp注：Linux之间文件传输scpscpusername@ip:dirname/filenamelocal_dirname下载scplocal_dirname/filenameusername@ip:dirname上传十六、作业提交—工作站第一步：准备提交作业所需文件，lmp_g++,in.file以及in.file中所需调用的文件和文件夹。第二步：前台提交指令：mpiexec–np8./lmp_g++in.file（前台提交，按ctrl+c随时中断程序）后台提交指令：mpiexec–np8./lmp_g++in.file&（前台提交，滚屏时输入exit，退出登录，程序继续运行。按ctrl+c不能中断程序）第三步：查看或终止程序：top（查看系统进程）(q或者ctrl+c退出top)topkPID十七、作业提交—h3集群第一步：准备提交作业所需文件，pbs.lammpsin.file以及in.file中所需调用的文件和文件夹。第二步：修改pbs.lammps脚本。注：in.file之后同行若写&log.lammps则运算数据会实时添加到log.lammps文件末，可随时查看。若不写则可用qpeek指令查看实时数据。第三步：作业提交：qsubpbs.lammps查看作业状态：qstat（运行R，排队Q，终止E）查看排队情况：showq查看当前资源使用情况：pestat(pestat|less)如图1(查看可利用资源)pestat|grepfree如图2查看可利用节点数pestat|grepfree|wc–l如图3查看某用户所有作业pestat|grepusername如图4图1图2图3图4查看实时数据：qpeek–f作业号(ctrl+c退出查看)杀掉作业：qdel作业号步骤一：下载软件包：1.FFTW傅里叶变换库2.MPI并行计算接口3.LAMMPS分子动力学软件十八、LAMMPS软件安装步骤2：安装FFTW#解压#进入解压后的文件夹#检测以来环境并制定安装路径#编译#安装步骤3：安装openmpi#解压进入解压后的文件夹#检测以来环境并制定安装路径#编译#安装#编辑相关文件修改环境变量#在文件底部写入上面两句话，意在加入openmpi的可执行文件路径和动态库路径#执行脚本使环境变量生效步骤4：安装LAMMPS#解压#进入解压后的文件夹#继续进入文件夹#修改相应Makefile文件#添加fftw和openmpi安装路径的include和lib路径#编译#安装十九、atomeye的使用1)下载atomeye软件)上传至所需目录3)重命名mvA.i686atomeye4)修改文件权限chmod755atomeye5)./atomeyexxx.cfgh3集群简介及用户基本操作赵梓源2013-3-28H3高性能计算集群一个I/O节点；一个登陆管理节点（node56）；55个计算节点(node1-node55，每个节点12个核心)；一个胖节点smp（24核）。H3硬件资源需要作业调度系统第一步：准备提交作业所需文件，pbs.scriptin.file以及in.file中所需调用的文件和文件夹。第二步：修改pbs.lammps脚本。第三步：作业提交：qsubpbs.lammps（得到作业号）作业提交—h3集群lammps为例作业名CPU核心数目申请：此处为1个节点的4个核#PBS–j表示正确信息和报错信息合并输出选择队列，默认是batch作业运行最长时间qstat（运行R，排队Q，终止E）-fjobid列出指定作业的信息-n列出分配给此作业的结点-auuserid列出指定用户的所有作业查看排队情况：showq运行状态申请资源满足，个人权限未超排队状态个人权限未超，但剩余资源不足。阻止状态个人权限已超查看当前资源使用情况：pestat(pestat|less)如图1(查看可利用资源)pestat|grepfree如图2查看可利用节点数pestat|grepfree|wc–l如图3查看某用户所有作业pestat|grepusername如图4图1图2图3图4查看实时数据：qpeek–f作业号(ctrl+c退出查看)杀掉作业：qdel作业号用户等级与权限软件列表