beast系列软件使用

个人初步总结个人详细使用：BEAUti1、File-—ImportData—打开NEXUS(beauti软件的NEXUS文件与PAUP软件的有不同)文件打开后显示为2、选择TaxonSets通过建立一套定义子集分类，这个窗口允许你建立分类单元内的子集序列数据。这也允许你去记录每个分类tMRCA子集最近的共同祖先,设置分布在相应分歧时间的分歧倍。最后tMRCAs在日志文件中应按单位相同规定你的DNA序列。这些分类单元可以代表不同的物种子集分析地理上孤立的多种群或者在一个物种。值得注意的是,建立一个分类单元不保证该子集集团将能够对其它属种单源推理分析。单击“+”在左下角，创建几个分类群，重命名他们。在另一个中你可以看到一些有用的分类群，选择你所需要的分类群然后单击绿色的按钮，确使在MCMC分析的时候保持单源。最后可以得到类似：3、选择substitutionmodel这里主要是模型的选择substitutionmodel中主要为三个模型HKYGTRTN93根据模型构建来选择Basefrequencies中Estimated/Emirical/Allequal三种估计，经验，设备可根据不同的获得方式来选择。SiteHeterogeneityModel中None/Gamma/Invariantsites/Gamma+Invariantsites,None(假定物种的进化保持相同的速率)Gamma（物种的进化不是相同的速率）Invariantsites（数据中的某些位点从未经受任何进化上的改变，其进化速率是相同的）Partitionintocodonpositions中off/2partitions:positions(1+2),3/3partitions:positions1,2,3off：分析不能转录成RNA的DNA2partitions:positions(1+2),3:1,2段转录比较慢，3段转录比较快3partitions:positions1,2,3：3段都有自己的转录翻译速度有些（name下有两个以上）这时需要选择DataPartitions的UnlinkSubstModels”4、选择clockmodel选择therelaxedmolecularclockmodels数据来自一个潜在的指数函数或对数正态分布。很多数据都是用到therelaxedmolecularclockmodels选择合适的分子钟模型来估计速率的变化。5、tressTreepriors：我们比较多的希望使用Yule模型，这是一个简单的模型通常是更适用于考虑序列不同的种类。6、Priors在有数据的情况下，改变设置trmc（）的Priors，其他的参数设置大概估计不出现红色即可。7、MCMCLengthofchain：取决于数据大小和质量，系统默认为10，000，000Echostatetoscreenevery和logparametersevery：多少的马尔科夫链的参数显示在屏幕上和记录在日志文件中。前一个系统默认为10，000这个数值不要低于10,000，不然会有一大堆没用的数据出现在屏幕上，拖累了速度8输出创建XML文件RunningBEASTRunBEAST加入文件为新建好的XML文件Run完以后出现两个文件XX.log.txt和XX.TreeAnalyzingtheresults使用Tracer软件打开XX.log.txt查看结果SelectmeanRate去查看95%HPDTreeAnnotatorObtaininganestimateofthephylogenetictree输出XX_MCC.treeBurnin数据得到为前面BEAUti软件中achainlength/sampling(800,000/200)400的1%为40Posteriorprobabilitylimit将这个值设置为0诠释了所有的节点。ViewingtheTree使用FigTree软件打开XX_MCC.tree文件Beasuti软件在使用时还有在BEASUti的Taxa的默认时间为0，而有时候参数要进行设置