(生物类研究生必学)DNAMAN、DNAstar、primer5.0、Endnote常用功能介绍

DNAMAN、DNAstar、primer5.0、Endnote常用功能介绍DNAMANDNAMAN是美国LynnonBiosoft公司开发的高度集成化的分子生物学应用软件，几乎可完成所有日常核酸和蛋白质序列分析工作，包换多重序列比对、PCR引物设计、限制性酶切分析、蛋白质分析、质粒绘图等。该软件是所有生物信息学研究人员所必备的，强烈推荐使用!!DNAstarDNAstar软件，即著名的LasergeneSuite，功能主要有：序列的格式转换，序列拼接和重叠克隆群的处理；基因寻找；蛋白质结构域的查找；多重序列的比较和两两序列比较；寡核苷酸设计（PCR引物，测序引物，探针）。由EditSeq、MegAlign、GeneQuest、MapDraw、PrimerSelect、Protean、SeqManII七个模块组成。PrimerPrimer是由加拿大的Premier公司开发的专业用于PCR或测序引物以及杂交探针的设计，评估的软件。其主要界面同样也是分为序列编辑窗口（Genetank），引物设计窗口（PrimerDesign），酶切分析窗口（RestrictionSites）和纹基分析窗口（Motif）。EndNoteEndNote是THOMSON公司推出的最受欢迎的一款产品，是文献管理软件中的佼佼者。其具有海量文献信息的管理、全文管理、笔记管理、自动编排论文或书籍的参考文献、利用杂志全文模版撰写论文、统计与分析等功能，强烈推荐！！！养成良好的阅读习惯，不管做实验还是写文章将会事半功倍。DNAMAN功能很多，这里我们主要讲以下几个常用功能：序列形式的变换DNA序列的限制性酶切位点分析序列比对分析打开DNAMAN会出现如下界面主菜单栏浏览器栏工具栏载入序列的方法：①主菜单栏⇒文件⇒打开⇒选择要载入的序列②主菜单栏⇒文件⇒新建⇒直接将序列复制过来③主菜单栏⇒序列⇒载入序列⇒选择要打开的文件类型⇒选择相应的要打开的文件序列格式转换①载入序列②主菜单栏⇒序列⇒显示序列寻找酶切位点①载入序列②主菜单栏⇒限制性酶切⇒限制性酶切分析序列比对①主菜单栏⇒序列⇒比对⇒多重序列比对②工具栏⇒多重序列比对DNAstar功能强大，这里主要讲EditSeq。file⇒open选择所需的序列⇒SetEnds⇒输入序列起始和终止位点该命令用来去除5’和3’端污染序列寻找开放阅读框：打开序列⇒search⇒FindORF点击FindNextDNA序列翻译：找到开放阅读框后选择Goodies⇒TranslateDNA引物设计以及Primer5.0的使用引物设计的原则1.引物最好在模板cDNA的保守区内设计。DNA序列的保守区是通过物种间相似序列的比较确定的。在NCBI上搜索不同物种的同一基因，通过序列分析软件（比如DNAman）比对各基因相同的序列就是该基因的保守区。2.引物长度一般在15~30碱基之间。引物长度常用的是18-27bp，但不应大于38，因为过长会导致其延伸温度大于74℃，不适于Taq酶进行反应。3.引物GC含量在40%~60%之间，Tm值在55－80℃之间，最好接近72℃。4.引物3′端要避开密码子的第3位。如扩增编码区域，引物3′端不要终止于密码子的第3位，因密码子的第3位易发生简并，会影响扩增的特异性与效率。5.引物3′端不能选择A，最好选择T。引物3′端错配时，不同碱基引发效率存在着很大的差异，当末位的碱基为A时，即使在错配的情况下，也能有引发链的合成，而当末位链为T时，错配的引发效率大大降低，G、C错配的引发效率介于A、T之间，所以3′端最好选择T。6.碱基要随机分布。引物中四种碱基的分布最好是随机的，不要有聚嘌呤或聚嘧啶的存在。尤其3′端不应超过3个连续的G或C，因这样会使引物在GC富集序列区错误引发。7.引物自身及引物之间不应存在互补序列。引物自身不应存在互补序列，否则引物自身会折叠成发夹结构（Hairpin）使引物本身复性。这种二级结构会因空间位阻而影响引物与模板的复性结合。引物自身不能有连续4个碱基的互补。两引物之间也不应具有互补性，尤其应避免3′端的互补重叠以防止引物二聚体（Dimer与Crossdimer）的形成。引物之间不能有连续4个碱基的互补。引物二聚体及发夹结构如果不可避免的话，应尽量使其△G值不要过高（应小于4.5kcal/mol）。否则易导致产生引物二聚体带，并且降低引物有效浓度而使PCR反应不能正常进行。8.引物5′端和中间△G值应该相对较高，而3′端△G值较低。△G值是指DNA双链形成所需的自由能，它反映了双链结构内部碱基对的相对稳定性，△G值越大，则双链越稳定。应当选用5′端和中间△G值相对较高，而3′端△G值较低（绝对值不超过9）的引物。引物3′端的△G值过高，容易在错配位点形成双链结构并引发DNA聚合反应。9.引物的5′端可以修饰，而3′端不可修饰。引物的5′端决定着PCR产物的长度，它对扩增特异性影响不大。引物的延伸是从3′端开始的，不能进行任何修饰。3′端也不能有形成任何二级结构可能。10.引物应具有特异性。引物设计完成以后，应对其进行BLAST检测。如果与其它基因不具有互补性，就可以进行下一步的实验了。打开Primer5.0，会出现如下界面选择File⇒New⇒DNASequence或者File⇒Open⇒DNASequence，输入或者打开所需的序列。这里我们主要讲引物设计这个功能，点击Primer，则会出现以下界面：点击Search引物类型搜索模式5’引物位置范围3’引物位置范围引物长度产物大小点击OK,出现搜索结果，选择其中一条发夹结构引物二聚体错误引发一对理想的引物应当不存在任何一种上述结构，但是，实际操作中我们常常遇到：选择要修改的引物，点击EditPrimers，对引物进行修改，修改完成后点击OK。引物设计完之后我们再来看一下引物内部的稳定性：主菜单栏⇒Report⇒InternalStability运行EndNote后，出现的第一个界面如下：我们可以新建一个数据库：如何将文献导入数据库1.电脑里的本地文献选择ImportFile出现以下界面：选择一个文件导入双击该文献的标题由于导入本地文献要编辑文件信息比较繁琐，所以一般选择通过网络导入。这里，英文和中文文献又有所区别，首先讲一下如何通过网络导入英文文献：我们双击一篇文献，可以看见其信息比较完整选中所有文件，右键，FindFullText，下载文献再讲如何导入中文文献。一般我们下载中文文献都是从一下3个网站下载：中国期刊网、万方、维普，下面就讲讲如何用endnote导入这三个网站上的文献。点击存盘，选择Endnote格式输出点击输出到本地文件并保存。打开Endnote,选择ImportFile出现以下界面：点击输入，则将该文献信息导入到了Endnote里双击导入的文献，查看文献信息由于Endnote上没有中文数据库（没找到），所以我们要将所导入的文献下载下来，将其复制到FileAttachments下面导出、保存，再将其导入Endnote，下载该文献，复制到FileAttachments下面导出后保存，用endnote打开导入后再将下载好的文献复制到FileAttachments下面即可