Pymol教程1

关注此空间2010-07-1117:57【转】PyMOL用法（教程一）广场biolight退出wangxt的空间简介&安装Pymol是一个开放源码，由使用者赞助的分子三维结构显示软件，由WarrenLyfordDeLano编写，并且由DeLanoScientificLLC负责商业发行。Pymol被用来创作高品质的分子（特别是生物大分子如蛋白质）三维结构。据软件作者宣称，在所有正式发表的科学论文中的蛋白质结构图像中，有四分之一是使用Pymol来制作的。Pymol名字的来源：“Py”表示该软件基于python这个计算机语言，“Mol”则是英文分子（molucule）的缩写，表示该软件用来显示分子结构。由于实验需要，本人正在学习该软件，在这里把学习过程记录下来，希望对有需要的朋友有所帮助。今天先来说说安装吧。自2006年8月1日起，DeLanoScientific对事先编译好的PyMOL执行程序（包括beta版）采取限定下载的措施。目前，只有付费用户可以取得。不过源代码目前还是可以免费下载，供使用者编译。如果你和我一样，不想为此花钱的话：如果你是Windows用户，首先下载Pymol的源代码。然后安装CygWin，并且确保正确安装以下模块：C++(gccorg++packagename)■Python■OpenGL■PNG■然后在源代码目录里面依次运行：如果你是Linux用户，首先确保以下东东已安装：Python■Pmw■OpenGLdriver（我用的是NVdia）■libpng■Subversionclient（下载源代码需要）■然后下载Pymol的源代码$mkdirpymol-src$svnco然后进入源代码目录#cdpymol-src开始依次编译#pythonsetup.pyinstall#pythonsetup2.pyinstall拷贝执行脚本到某个$PATH，安装就搞定了#cp./pymol/usr/bin如果运行时得到错误信息ImportError:NomodulenamedPmw，那么你应该运行#pythonsetup2.pyinstallpmw如果你在使用Gentoo，请确保编译python时添加了tcl/tk支持，否则运行是会提示错误ImportError:Nomodulenamed_tkinter#USE=tcltkemergepython好了，下面我们就可以进入Pymol的世界了。基本的鼠标操作里主要介绍一下Pymol的基本操作，包括窗口菜单、加载文件、图像的基本鼠标操作等等。Page1of5【转】PyMOL用法（教程一）_wangxt的空间_百度空间2012-12-3当你打开Pymol后，你将会看到如下图所示的界面：该界面分为2窗口，上面的外部GUI窗口（ExternalGUI）和下面的ViewerWindow。ViewerWindow又分为左右两块，左边用来显示结构图像的（Viewer），右边则是一个内部GUI窗口（InternalGUI)。Viewer自身包含一个命令行（如图中左下方的PyMOL提示符），可以用来输入Pymol命令；在InernalGUI中则可以选定一些特定的对象并完成一些操作。ExternalGUI则包含一个标准菜单、一个输出区、一个命令行输入区以及右边的一些常用命令按钮。请注意，标准的“复制、剪切和粘贴”操作只能在ExternalGUI中完成，并且必须使用“Ctrl＋C、Ctrl＋X以及Ctrl＋V”来完成，这也是这个所谓的外部GUI的最重要的优点。加载文件，有二种方法：在ExternalGUI中选择File－Open使用命令行：loadfilename例如我们现在从文件（PENTAMERICLIGANDGATEDIONCHANNELFROMERWINIACHRYSANTHEMI），名字为2vl0.pdb，然后用pymol打开它：load2vl0该蛋白质的结构就被显示出来啦，如下图：Page2of5【转】PyMOL用法（教程一）_wangxt的空间_百度空间2012-12-3基本的图像操作:是不是觉得上面的那个三维结构图看起来乱七八糟的阿，那是因为蛋白质分子都是由成千上万个原子组成的，而Pymol打开pdb文件时是默认把所有的原子都显示在那个小小的Viewer窗口里面的，当然看起来就很乱了。这时候就需要我们对这个图像进行一些操作，来得到漂亮的清晰的蛋白质三维结构图。先说说鼠标吧。任意旋转图像：对准图像的任意处点住鼠标左键然后移动鼠标。放大/缩小图像：对准图像的任意处点住鼠标右键然后移动鼠标：向上是缩小，向下则是放大。移动图像：对准图像的任意处点住鼠标中键或者滚轮，然后移动鼠标。设定图像旋转中心：Ctrl＋Shift＋鼠标中键或滚轮。移动剪切平面：Shift＋鼠标右键。鼠标上下移动：调整前剪切平面（离你近的）；鼠标左右移动：调整后剪切平面（离你远的）。Page3of5【转】PyMOL用法（教程一）_wangxt的空间_百度空间2012-12-3分享到：举报浏览(627)评论转载最后一项“移动剪切平面”有点不容易理解，需要多试几次。配合下面的示意图你会发现Pymol的这项设定其实很方便。今天没时间了，明天还要出远门，就学到这里吧，用下面这个图作为结束，其实就是用cartoon的形式显示了上面的那个蛋白质，不过还比较难看。。。Byweilu#MdPage4of5【转】PyMOL用法（教程一）_wangxt的空间_百度空间2012-12-3毛线绘画艺术《枯墨.素纸.禅心》一山（孙天极度美丽的微缩建筑盆景小猎同学发布的图片传统艺术的春天何时到来铅笔画熟悉文件查找---两个有趣的pytho你可能也喜欢帮助中心|空间客服|投诉中心|空间协议©2012Baidu发布评论Page5of5【转】PyMOL用法（教程一）_wangxt的空间_百度空间2012-12-3