MS晶体建模基本方法(团簇模型)

【分享】MS晶体建模基本方法（团簇模型）作者:guolianshun(站内联系TA)收录:2010-10-11发布:2010-09-28第一种情况:从程序自带的各种晶体及有机模型中导入体系的晶胞1．打开MS，由fileimportstructuresmetals\pure-metalsFe导入Fe的晶胞。2．由buildSurfacescleaveSurfaces打开对话框.在对话框中输入要建立的晶面（hkl），选择position，其中depth控制晶面层数。3．进入buildSupercell，输入A、B、C的值，得到想要的超晶胞。4．到该步骤，我们已经建立了一个周期性的超晶胞。如果要做周期性计算，则应选择buildCrystalsbuildvaccumslab，其中真空层通常选择10埃以上。如果建立团簇模型则选择buildSymmetryNon-periodicStructure，去掉模型的周期性，并跟据自己的实际需要删除部分原子，得到想要的团簇模型。5．在表面插入分子时通过菜单栏上的几个小图标添加即可。第二种情况:手动建模，优点是可控制晶格常数。6．首先从文献中查到晶体的晶格常数的实验值。7．打开buildCrystalsbuildcrystals，可见到对话框。在对话框中选择空间群与点群，然后在LatticeParameter中设置晶胞基矢的长度及夹角。8．然后打开buildAddatom，从对话框中输入坐标。这里只需输入几个有代表性的原子的坐标，不必全部输入。在坐标输入前首先在option页面中选择coordinatesystem，或者分数坐标或者卡迪尔坐标。9．以下步骤重复2-5步。10．需要注意的是，采取什么样的团簇并不是任意的。原因是很多模型构造出来后在优化过程中往往不收敛。要避免这个问题的办法是查阅文献，参考文献上模型进行选取，因为它们的模型通常是经过试验证实收敛的。几点说明1．与高斯相比，dmol3能够计算的体系更大。如果要研究表面的吸附，而模拟表面的团簇模型又比较大，建议采用dmol3。如果计算的是局部化学反应，而体系也不是很大，则可以使用高斯。2．关于是否考虑周期性条件的问题研究金属表面时，团簇计算方法在前些年由于计算量小曾经被广泛的应用过，直到现在也被很多人在使用着，主要被用来计算吸附和多个分子的共吸附等，即不考虑化学键的断裂。近年来由于国际上计算能力的提升，人们开始考虑周期性条件，这点从JPCA，JPCB，PRL，PRB，JACS等杂志上刊出的文章里也可以看出，但是计算量要大很多。需要注意的是，由于团簇计算方法没有考虑周期性，即在k空间里只计算了Γ点，采用该方法计算表面的化学键的断裂（即表面扩散问题等）时有可能受到质疑。3．在研究表面时，通常把团簇固定，只优化吸附在表面的分子，这一点可以通过菜单栏上的ModifyConstraint实现。首先选定团簇中需要固定的原子，然后在下面的对话框中打勾。同时也可以在Measurement里固定部分键长和键角。4.关于计算参数设置主要有几个参数需要注意1对于Electronic页面，需要注意的是Coretreatment,对于过渡金属原子通常需要考虑相对论效应，因此一般不使用AllElectron方法。其他几种方法任选。Basisset应为DNP，Setup下的Quality一般选fine。为了提高计算速度，一个较好的办法是先用粗糙的Basisset和Quality进行优化，然后再提高精度。2还有一个非常重要的选项是ElectronicMoreSCF里的Usesmearing。这个关键字有助于加快收敛，但是设的多大往往会产生错误的结果，它也相当于允许的误差范围。具体设置办法可参考help。其他的关键字可酌情设置。chpzmm(站内联系TA)好贴啊，对于初学者来说可以少走很多弯路，摸着石头过河了。谢谢！liuchan1023(站内联系TA)嗯，不错，是好东西。awmc2008(站内联系TA)D:D学习学习，谢谢楼主。jphuang_63(站内联系TA)我正需要计算不同密勒指数方向上的磁性,感谢分享!avast2009(站内联系TA)主要建模方法提到了，不错lgxyz(站内联系TA)请问用dmol算团簇和用vasp算团簇的区别：dmol里只有一个，vasp里每个团簇在一个格子里，也是有周期性的。请教二者的区别？hooge(站内联系TA)实实在在的好东西，可是你这里的团簇是怎么定义的，周期性和团簇的关系是什么，为什么要切个表面开始呢。xiaoqian830606(站内联系TA)如何去除模型中的周期性呢？具体的操作是什么呢？guolianshun(站内联系TA)Originallypostedbyxiaoqian830606at2010-10-182250:如何去除模型中的周期性呢？具体的操作是什么呢？把例子摆上来，方法不一。可以直接P1也可以超胞等等，多试试，或者加专业群lidaoyong(站内联系TA)“对于过渡金属原子通常需要考虑相对论效应，因此一般不使用AllElectron方法”，请问有没有相关参考文献？cuimingshan(站内联系TA)Originallypostedbyguolianshunat2010-09-281014:第一种情况:从程序自带的各种晶体及有机模型中导入体系的晶胞1．打开MS，由fileimportstructuresmetals\pure-metalsFe导入Fe的晶胞。2．由buildSurfacescleaveSurfaces打...楼主用过redfinelattice吗？访问小木虫论坛，参与讨论，发现更多精彩