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1在撰写一篇化学论文时,除了文字描述、公式、图表外,化学结构式是少不了的,但目前的文档编辑软件都不具有这一功能,必须借助专门的软件来完成化学结构式的绘制。现在经常使用的绘制分子结构的软件为ChemWindow,CSChemoffice,ISISDraw和ChemSketch等。化学结构式的绘制2大多数的化学结构式绘制软件还具有显示3D结构的功能,Chemoffice和Chemwindows还具备一定的分子性质计算功能,如分子中的键长、键角、偶极矩及各原子上的电荷密度分布等。为更加直观地表示分子的特性提供了便利的工具。化学结构式的绘制仅就化学结构式的绘制而言,各软件的功能大同小异,差别主要体现在软件提供给用户可用的结构式模板的多少,因为模板可为用户绘制复杂结构式提供便利。如各类氨基酸结构的绘制,DNA结构等。主要介绍ChemWindow6.0和ChemDraw的使用。3ChemWindow6.0程序打开后,窗口界面与一般Windows的软件相似,包括菜单栏、工具栏和编辑区。工具栏提供了许多常用的化学分子及化学键,使用时用鼠标点一下工具栏中所需的工具,移动鼠标到编辑区后,鼠标指针变为“+”,在合适位置点击鼠标,则分子结构式就会出现,使用非常方便。第五章ChemWindow6.04ChemWindow6.0还支持Windows剪贴板,所有结构式可以方便地以对象形式粘贴到Word文档或Powerpoint中。当要进行修改时,只需在Word文档中双击结构式,即可打开ChemWindow进行修改。第五章ChemWindow6.05第五章ChemWindow6.05.1工具栏5.2各种工具按钮的使用5.3附加库使用5.4菜单命令5.5三维绘图程序SymApps6View菜单设置显示的工具栏。鼠标单击带有右红三角的工具按钮,可以打开选择工具栏,选择某工具后则显示该工具的按钮(按钮不变,从这里可以选定模板)。工作区单击鼠标右键,可直接打开选择工具栏:5.1工具栏5.1工具栏常用工具栏(StandardTools):提供了选择、套索、化学标记、键、环、模板以及可选择工具按钮模板工具栏(TempleteTools):提供一些模板按钮键工具栏(Bondtools):提供化学键按钮其它工具栏(OtherTools):提供板擦、环、长链等工具按钮自定义工具栏(CustomPalette):提供可选择工具按钮命令工具栏(Commands):提供保存、打印、编辑及一些图形关系操作按钮符号工具栏(SymbolTools):提供电荷、自由基和其它符号标记按钮图形工具栏(GraphicTools):提供文字、表格、箭头和自由绘图工具等按钮轨道工具栏(OrbitalTools):提供各种轨道图形按钮反应工具栏(ReactionTools):提供反应箭头工具按钮格式条(StyleBar):提供分子结构样式、字体、字号、颜色以及其它格式按钮图形格式条(GraphicsStyleBar):提供图形样式按钮缩放工具条(ZoomBar):提供缩放工具按钮85.2各种工具按钮的使用1化学键的绘制(1)单键()共同性质a)单击鼠标左键b)采用拉伸的方式产生键,同时按住Shift键则产生任意长的键,按住Ctrl键则可至任意方向,在初始点结束则取消。Click9c)键端可以用键盘输入原子或基团。基团上的氢数自动给出,多次按键则给出不同氢原子数的基团。例如按n则依次给出NH2,N,NH。另外也可自己设置快捷键。d)鼠标左击键中央可以在各种键型之间互换。5.2各种工具按钮的使用TypeNHn1化学键的绘制10特殊性质a)按住Alt键单击则产生短线双键。b)鼠标移到键中央,产生黑块后按住鼠标左键左右/上下拖动,可改变键的状态。c)单击键中央可以改变键方向。5.2各种工具按钮的使用11(2)双键、多重键及长链()a)单击短双键可以改变短键的位置;移到键中央按住鼠标左键左右拖动,可改变双键的宽度;上下拖动改变短键的长短。5.2各种工具按钮的使用1化学键的绘制12b)按住鼠标左键拖动可以产生长链多键,右方数字代表键的个数,松开鼠标则确定。同时按Shift键为任意键长;按Ctrl键为任意方向。c)其它双键和多重键,使用方法与短双键使用相同。5.2各种工具按钮的使用13(1)饱和环a)只画一个环时:单击鼠标左键,水平方向上产生一个环;按住鼠标拖动可翻转。按Shift键为不同大小;按Alt键加不饱和环。5.2各种工具按钮的使用2与环有关的工具14(1)饱和环b)与其它原子相连:单击某原子,将原子与新画环以单键连接;按住某原子拖动,至所需方向松开鼠标得到与原子直接连接的环。5.2各种工具按钮的使用2与环有关的工具15(2)不饱和环:与饱和环有相同操作,不同处为鼠标在饱和环中心单击可以加共轭环,拖动环可以改变环大小。(3)其它环:分类提供一些分子:Aromatics、Bicyclics、Conformers、Cycloalkanes、Polyhedra和Templates。5.2各种工具按钮的使用2与环有关的工具165.2各种工具按钮的使用ConformersCycloalkanesPolyhedraAromaticsBicyclicsTemplates17(1)反应式箭头()a)单击产生水平箭头。b)拖动,可以产生各方向箭头;如拖动回原点,可改变箭头类型。c)(双线箭头)按住箭头中央黑块拖动,可改变箭头宽度。d)单击箭头中央,可以改变箭头种类,同型方向等。3与画箭头有关的工具5.2各种工具按钮的使用18e)按Shift键,拖动鼠标可以改变箭头长度。f)拖动鼠标可产生90度箭头,单击端点可改变箭头类型、拖动端点可改变两端的长度和方向,按Shift键拖动箭头的各端点可改变箭头形状。(2)机理及电子转移箭头()a)通过拖动鼠标划出弯箭头。b)拖动鼠标时通过原点可以使弯箭头翻转。(1)反应式箭头()5.2各种工具按钮的使用19c)刚划的弯箭头有两个方框,可以通过调整方框的位置改变曲线的形状,也可以拖动箭头的首尾改变箭头的形状。d)单击箭头两端可以改变箭头的类型。e)按Shift键,在箭头上的箭头点拖动鼠标可改变箭头大小。f)欲改变箭头,单击箭头可以激活。(2)机理及电子转移箭头()5.2各种工具按钮的使用3与画箭头有关的工具20(3)圆或圆弧及相应箭头工具():使用此工具可以画圆、椭圆、圆弧及相应带箭头的弧。a)鼠标选择工具后,拖动可产生圆,如按Shift键,则产生椭圆。b)可拖动其圆心移动圆/椭圆。c)在画好的圆或椭圆内拖动鼠标,则产生相应的弧箭头;d)拖动弧的两端,可改变弧长;e)单击弧箭头,可改变箭头的样式;5.2各种工具按钮的使用21(1)化学符号标记()a)单击要加的位置,产生插入符,输入原子或基团的名称即可。b)以取代基形式插入基团c)可用于直接在空位输入分子式,如H2SO4。4化学符号标记和文字说明5.2各种工具按钮的使用22d)改变键级:单击键中部可以改变双键或三键,按住Alt键单击可加为短双键,再次单击可以改变短键的位置。e)鼠标选中后单击欲编辑的位置即可编辑已标记的内容。(1)化学符号标记()5.2各种工具按钮的使用23(2)文字说明Caption()可加文字说明,可使用各种字体和符号。字体和样式等可以在菜单上选择。编辑方式与Word相似。5.2各种工具按钮的使用4化学符号标记和文字说明245编辑工具包括对象选择工具()、套索工具()与板擦(),主要用于对象的编辑。(1)对象选择工具()鼠标单击某对象,或者拖动鼠标的方式将矩形内的所有对象选择。选择上的对象边缘有8个黑点。5.2各种工具按钮的使用25此工具与菜单命令合用,可以改变大小、移动、旋转、复制、删除、改变对象等。(1)对象选择工具()5.2各种工具按钮的使用26(2)套索工具()可复制、删除或移动一个结构的一部分;移动原子标记而不移动键;改变键的前后位置;在套索选择的位置加标记。a)移动一个或多个原子:选择一个或多个原子;用鼠标拖动到目标位置(使用键盘方向键可以逐点移动)。5.2各种工具按钮的使用27b)不移动对应的键而移动基团的标记:按Alt键,用套索拖动标记至目标位置。c)移动键的前后位置d)复制套索所选内容(2)套索工具()5.2各种工具按钮的使用28e)删除套索所选内容f)标记原子:用套索选择后,选择周期表或使用快捷方式标记原子。用空格键除去不想标记的原子。(2)套索工具()5.2各种工具按钮的使用29g)旋转结构中的一部分:选择某点,单击旋转工具或选择Arrange菜单中FreeRotate命令,可用拖的方式旋转结构中的一部分。h)其它功能:套索选择后,可以使用编辑及改变模式命令。i)选择工具也可以用来进行套索操作,其方法是在使用时按Alt键。(2)套索工具()5.2各种工具按钮的使用30(3)板擦()使用板擦可以删除某个原子、化学标记、键以及图形对象等。5.2各种工具按钮的使用31(1)画框()a)选定框类型,用鼠标拖出框,松开鼠标即可。按Shift键画方框。b)用鼠标拖动左上角改变框线的角的弧度;拖动右下角变框线的阴影大小。6画框、括号及画线工具5.2各种工具按钮的使用32(2)括号()a)可在四角可填写相应的内容。b)拖动括号下角可以改变双括号形状。c)使用选择工具改变双括号框大小和位置。d)单括号:拖动边角改变大小;拖动中心改变形状。5.2各种工具按钮的使用33(3)画线及编辑工具()a)单击产生一个点,移动光标至下一位置,再单击产生一条线段,单击工具图标结束;按Shift键可限定线段为水平、垂直或45º斜线。b)继续单击可以连续划折线,单击工具图标结束折线。c)单击一点,移至第二点拖到第三点,拖动至合适松开鼠标产生曲线,再次单击工具图标结束。单击起点为封闭图形,可填充。d)使用编辑工具可编辑所划的曲线和折线。5.2各种工具按钮的使用34先单击符号按钮,再在某原子上单击产生此符号,拖动则可绕该原子决定符号位置,按Shift键可改变符号与原子间距离;任意点单击产生单独的符号对象。(1)原子符号等7其它工具5.2各种工具按钮的使用35单击画轨道符号;按Shift键可改变大小;鼠标拖动改变方向;使用Arrange中的前后变换命令可改变对象间的前后位置。(2)轨道符号5.2各种工具按钮的使用7其它工具36①水平翻转()和垂直翻转()选择对象,单击按钮,可使被选择对象水平或垂直方向翻转。(3)组合工具5.2各种工具按钮的使用7其它工具37②自由旋转()与Arrange菜单中FreeRotate功能相同;选择对象,单击图标,击中对象把手拖动鼠标,可以自由旋转到指定角度,旋转中角度显示在旁边。③组()和取消组():将多个对象组合为一个组,也可以将多个组组合为一个组。与Arrange菜单中的Group命令相同。例如,将一个反应式中的反应物和产物组合为一个组,这样可以在操作时整个反应式同时进行,避免出现遗漏现象。(3)组合工具5.2各种工具按钮的使用38④连接():将两个相叠或近似相叠的结构直接连接形成一个结构,同Arrange菜单中Join命令。注意其与组的区别。(3)组合工具5.2各种工具按钮的使用39⑤对象排列():将选择的对象按水平/垂直方式排列,与Arrange菜单中的AlignObject命令相同。选择此命令后,出现对话框,水平方向有四个选项:不变、左边、中心和右边;垂直方向也是四个选项:不变、顶部、中心、底部。选择后选择OK进行排列。(3)组合工具5.2各种工具按钮的使用40⑥移到前面()/后面():将选择对象放至图形的前面/后面。对象的堆积:ChemWindow的一些工具可以产生不透明图形(如轨道等),这时前后顺序必须正确。另外,在处理相互交叠的键时,自动将后面的键断开而产生立体感,使用这两个命令也可改变键的前后顺序。sendtobackbringtofront(3)组合工具5.2各种工具按钮的使用41可拖动制表,因可在Word中更好的制表,一般不提倡使用。选中后在文档区拖动,选定前面三个原子的位
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