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基因序列分析技术基因序列分析技术伦永志大连大学医学院大连大学医学院目录第一讲生物信息学导论第二讲序列的获取第三讲序列的相似性查询第四讲多序列比对第五讲分子进化分析第五讲分子进化分析第六讲EST数据分析第七讲基因结构分析第七讲基因结构分析第八讲基因功能注释第九讲蛋白质结构分析电子克隆基因定位与表达谱分析电子克隆电子克隆表达序列标签(ExpressedSequenceTag,EST)是指从cDNA文库中随机挑取单克隆进行测序所获得的序列片段,长取单克隆进行测序所获得的序列片段,长度一般约为60-500bp。EST数据具有简便易得的优势通常作为EST数据具有简便易得的优势,通常作为基因标签应用于绘制物理图谱和转录图谱、识别基因、电子克隆、预测基因和分析基因表达水平等析基因表达水平等。电子克隆电子克隆是利用生物信息学技术组装延伸EST序列,获得目的基因的部分乃至全长cDNA序列。序列。首先以一条EST数据作为查询探针,在数据库中进行同源性查询获取高度同源的据库中进行同源性查询,获取高度同源的EST数据进行序列拼装以构建重叠群,然后以此重叠群(contig)为种子序列重复搜索拼接使序列获得延伸搜索、拼接使序列获得延伸。电子克隆对contig再次比对后未发现新的高相似度EST序列电子克隆为获取较多的EST序列,除blastn外,还可以选择tblastx及tblastn程序。EST序列质量对拼接结果有影响。EST序序列质量对拼接结果有影响。序列的E值要尽量小,并且数量要适度。利用Ui数据库进行blt比对来发现利用Univec数据库进行blast比对来发现并去除载体序列。电子克隆结果尚需要采用RT-PCR并配合NorthernBlot或RACE等方法加以验证NorthernBlot或RACE等方法加以验证。电子克隆电子克隆基因定位与表达谱分析120801002040600adiposetissueadrenalglandascitesbladderbloodbonebonemarrowbraincervixonnectivetissueearembryonictissueesophaguseyeheartintestinekidneylarynxliverlunglymphlymphnodemammaryglandmouthmusclenerveovarypancreasparathyroidpharynxpituitaryglandplacentaprostatesalivaryglandskinspleenstomachtestisthymusthyroidtonsiltracheaumbilicalcorduterusvascularcem人基因参考序人PILRα基因参考序列与某物种蛋白参考序列进行blastx比对PILRα基因所有序列与某物种蛋白参考序列进行blastx比对序列进行blastx比对
本文标题:EST数据分析
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