DTI数据处理流程-nshu

基于DTIStudio软件的DTI数据处理流程第一步：对原始DICOM数据进行格式转换。利用MRIcroN软件中的dcm2nii.exe工具，将DTI原始数据文件夹拖入，即可得到DTI扫描的梯度编码文件.bval和.bvec，以及转换后的NIFTI格式的图像文件（OutputFormat选择4DNIfTIhdr/img）。图1.dcm2nii.exe的界面第二步：对DTI图像进行头动和涡流校正。打开DTIstudio,File-MRIView3D,选中上一步得到的4D.img文件，ImageParameters中选择ImageFileFormat为Analyze，点击OK，然后在Image面板ImageProcessing区域选择AutomaticImageRegistration(AIR)，按图3进行设置，然后点击OK，等图像配准完成后，在Image面板的OrthogonalViews区域的文件下拉框中看到Air_开头的一系列文件，为校正后的DTI图像文件，点击Save，将Air_开头的所有文件选中，选择RawData，保存为一个4D的.dat文件。图2.MRIView3D参数图3.AIR的参数设置图4.头动和涡流校正后的DTI图像保存第三步：张量解算以及FA,ADC等扩散指标的计算。打开DTIstudio,File-DTIMapping,选择PhilipsREC格式，Continue，按图5进行参数设置，Addafile中选中上一步保存的4D.dat文件，点击OK，在DtiMap面板的Calculation区域选中Tensor,ColorMapetc.（计算ADC值选择ADC-Map），根据图像选择噪声水平，点击OK，然后等DTIStudio算完后在Image面板的OrthogonalView区域可看到计算出来的各种扩散属性文件。对于想要保存的文件，如FA,EigenVector-0，ColorMap-0等可以分别进行Save（.dat格式），便于下一次查看和使用。图5.DTIMapping参数设置图6.DtiMap面板进行张量解算图7.各种扩散属性的显示第四步：纤维跟踪及可视化。第一种方法：基于前面步骤，在DtiMap面板的FiberTracking区域点击FiberTracking，然后进行参数设置，点击OK，就会进行基于全脑体素（FA0.2）的纤维重建；第二种方法：如果上一步已保存FA和EigenVector-0文件，可重新打开DTIStudio,File-Fiber-Tracking，选上FA-Map文件和PrincipleVector文件，并进行参数设置，点击OK，就会进行基于全脑体素（FA0.2）的纤维重建。通过任何一种方法，算完后右下角会出现Fiber面板，再此面板中可以对特定纤维束进行显示和编辑，并可以对纤维属性进行统计分析。图8.纤维跟踪的方法1图9.纤维跟踪方法2图10.纤维跟踪的参数设置图11.重建纤维束的可视化图12.纤维属性的统计分析舒妮2010-7-19