MOE2016-Dock

MOE2016-Dock操作1、在MOE窗口open打开一个有小配体的蛋白（PDB或moe文件2、点击Compute→prepare→Protonate3D（使受体分子质子化）点击OK。打开SEQ面板3、删去水分子和与小配体无关的其他杂配体或离子可选操作还可以设置受体分子能量最小化点击Compute→energyminimize4、在MOE窗口右边点击SiteView5、点击System，改变配体颜色，使得小配体显示绿色C骨架6、Surface→SurfacesandMaps面板调节如图所示7、点击Create，MOE窗口显示如下图8、对接小配体：Compute→Dock→在Recepter选项选择Recepter+Solvent,其它选择默认值9、点击Run，耐心等待，MOE窗口中可以看到构象对接过程，在表单你会看到有不同的构象对接结果，包括R分子结构、MSD值等10、创建一个药效团模型在MOE窗口点击Compute→Pharmacophore→QueryEditor点击R，这样会创建基于受体的药效团特征。点击口袋中显示的小球，然后点击QueryEditor面板上的feature，这样在对接口袋就会显示药效团。11、化合物数据库的对接关闭Pharmacophore→QueryEditor面板，在MOE窗口点击Compute→DockOutput选项选择一个对接结果数据库名字，这里命名为moe_dock2；Receptor选项为Recepter+Solvent；Ligand选项为MDBFile,选择要对接的inhibitors.mdb，为示范，随便选择了一个inhibitors.mdb。(这里说明一下，mdb格式是MOE独有的，用的不多，但是可以将常用的sdf和mol2格式转化为mdb格式，方法为将sdf或mol2文件用MOE打开成表单，再saveas成mdb格式。)其他值默认，点击Run。等待计算...对接完后，关闭药效团编辑器面板