MOE入门

分子操作环境（MOE）第一部分：MOE的常用窗口第二部分：MOE应用程序第三部分：分子对接第四部分：分子对接实例演示TheMOEWindow(MOE)MOEDatabaseViewer(DBV)SVLCommandsWindow(CLI)SequenceEditor(SE)SVL,科学矢量语言（ScientificVectorLanguage），是MOE内嵌的具有高度可移植性的编程语言。SVL是命令行语言、脚本语言和应用编程语言。基本上以SVL编写的应用程序源代码都是公开的。在使用开发工具的时候，如SVL文本编辑器，用户可轻易的访问程序内容并修改算法或参数。在MOE启动之后，SVL代码将被自动加载和编译。（一）分子建模以及模拟（二）化学定量构效关系(QSAR),高通量筛选(HTS),组合化学（三）蛋白质建模，三维生物信息学（四）基于结构的药物设计分子力学与分子动力学计算静电势能计算构象搜索（ConformationalSearch）分子比对（FlexibleAlignment）GizMOE计算的结果可由图像显示功能和动画功能等在数据库查看器中进行直观分析。使用原创的GizMOE功能，可在进行能量最小化计算的同时构建小分子或将其对接蛋白质上。分子描述符计算QSAR模型构架库设计库分析三维药效基团检索蛋白质数据库同源检索序列比对蛋白同源模建抗体同源模建蛋白结构分析旋转异构体分析器蛋白质表面分析配体活性位点搜索接触统计学配体-受体相互作用模式图分子对接PLIF：蛋白-配体相互作用指纹图谱MFS：多碎片搜索BREED:3D配体生成器骨架置换（ScaffoldReplacement）（一）分子对接的流程（二）分子立场的设置（三）配体活性位点搜索（四）蛋白-配体相互作用MOE配备了强大的用于网格数据处理的SVL库并能在短时间内计算得到对接位点周围的网格空间的势能分布图。MOE-Docking能自动为网格中的小分子寻找到最低互作能量位点，因此它预测得到的结合状态是介于生物大分子（如蛋白质）和游离的配体分子之间。DatabaseMOE中包含了多种力场：通用于生物聚合物的AMBER99和CHARMM27,适用于蛋白质的Eng-HUBER,适用于糖类的PEF95SAC和用于小分子的MMFF94。其他的如OPLS-AA和TAFF力场也可使用。用户还可以方便的添加新的参数。SiteFinder可用来探测蛋白质中可能成为配体结合位点的口袋结构。这一功能不仅仅探测口袋结构，还能探测到凹陷区域作为候选的配体结合位点，配体结合位点的特征是原子被紧密的包裹起来并不与溶剂接触。这一功能适用于已知配体的建模，新型配体的设计及创建药效基团查询式来检索可能配体。LigandInteraction是MOE里特有的一个模块，能够分析复合物活性位点处配体和受体的相互作用数据，并以二维模式图的形式显示出来。模式图里包含选中的配体，以及与配体相互作用的实体，包括形成氢键配对的残基、非成键残基、溶剂分子和离子。BrefeldinA（BFA）是一种常用的蛋白转运抑制剂，特异性地可逆地阻断蛋白质从内质网(ER)转运到高尔基体(Golgi)。在哺乳动物和酵母中，BFA对蛋白从内质网向高尔基体转运的抑制可能是通过一类可以激活Afr1pGTPase的GTP-exchangefactors来实现的。BrefeldinA分子量为280.36，分子式为C16H24O4。利用moe对设计的BFA分子进行分子对接，利用每个分子的得分进行判断，排除一些不好的结构。第一步：打开受体配体分子第二步：对受体分子质子化以及能量最小化第三步：配体活性位点搜索第四步：分子对接第五步：结果分析位点搜索配体活性第三步：第四步：分子对接受体结合氨基酸Ligandexposure轮廓曲线