MOE中文教程

分子模拟及药物设计软件MOE分子模拟及药物设计软件MOE使用教程使用教程基于MOE 2008.10MolecularOperatingEnvironment教程概览第一讲：MOE基本介绍及操作分子建模图形渲染分子建模、图形渲染第二讲：分子力学力场能量优化力场约束力场、能量优化、力场约束第三讲：构象搜索和分子叠合构象分析、小分子交互式叠合、柔性叠合第四讲：序列编辑器与蛋白建模序列编辑器、同源建模第五讲：蛋白-配体复合物分子对接、蛋白-配体相互作用模式图、分子表面第六讲MOE数据库及化学信息学第六讲：MOE数据库及化学信息学MOE数据库、导入SD文件、分子描述符计算、绘图第一讲：MOE基本介绍及操作分子建模、图形渲染MOE的主要窗口DBV (数据库浏览)化学信息学MOE可视化图形化学信息学描述符计算指纹图谱QSAR小分子建模能量优化分子表面QSAR数据库清洗组合库设计CLI (SVL命令窗口)计算过程结果输出SVL命令执行SEQ (序列编辑器)蛋白信息学同源建模同源建模序列分析MOE窗口应用：•构建小分子•分子力学•基于结构的药物设计基于结构的药物设计•对接•分子动力学•柔性叠合•药效团构建•构象搜索MOE窗口的结构主菜单命令命令取消按钮SVL命令行右键菜单侧栏按钮右键菜单3D图形渲染脚注行脚行MOE菜单命令约定主菜单命令的调用，通常以MOE开头，或者不写，例如：右侧按钮栏的命令调用，通常以RHS开头，例如：MOE中鼠标的使用常见鼠标使用方法：三键鼠标—双键鼠标对应关系：左键：‐选中目标，或菜单命令单命令中键：‐转动‐平动‐移动目标右键：‐SE 和DBV‐弹出式菜单MOE支持的输入\输出文件格式“剪切和粘贴”，MOE支持与标准化学结构绘图软件之间拷贝和三维图形渲染可保存为出版物支持各种格式图片绘图软件之间拷贝和粘贴式图片MOE支持导入各种类型格式的文件：MOE、PDB、Tripos MOL2、等MOE可以将结果导出为各种类型的文件：MOE、PDB、Tripos 等SD等MOL2、SD等将化学结构粘贴至MOE1. 使用（MOE | Edit | Paste）将Chem Draw、ISIS Draw、ACD ChemSketch绘制的化学结构从剪切板粘贴到MOE练习：打开文件1. 使用(MOE | File | Open) 打开MOE Open面板2. MOE Open面板出现，并列出当前工作目录下所有文件MOE Open面板术语解释当前路径将当前路径设置为工作目录路径文本强制打开文件类型‘..’到上一级对选中文件的动作昀近经常使用目录到级目录使用目录目录文件目录文件列表确认打开文件在文本编辑器中打开文件练习：打开文件（续上）3. 在Open面板中，使用下拉三角，将当前目录切换至$MOE/sample/mol 4. 找到sulph_quin.moe文件5. 可以用两种方式打开该文件：a)  选中并双击此文件；b)选中文件，然后点击’OK’按钮b)  选中文件，然后点击OK按钮练习：打开文件（续上）6将分子视角切换到视野中央6. 将分子视角切换到视野中央(RHS | View)7. 将分子渲染模式改为Stick模式：(RHS|Mode|Stick)(RHS | Mode | Stick)用左键选中原子Ctl左键将选中范围扩展到左键点击一次Ctrl+左键：将选中范围扩展到整个残基左键点击，次选中一个原子Shift+左键：添加选中的原子注意在此种情况下Ctrl+左键的选中效果——由于只有整个分子只包含一个残基，因此整个分子左键拖拽：选中框只包含个残基，因此整个分子将被选中扩展选中集合MOE选择菜单取消选中；反选反选基于知识的选择：配体、活性位点、受体溶剂综合选中工具：受体、溶剂根据属性、元素或者其他来进行综合选中工具：Atom Selector保存或恢复或者其他来进行选中保存或恢复选中集合将SE中的选中状态与MOE窗口中同步Atom Selector选中约束一般选中选项中约束逻辑操作般选中选项保存或加载选中集合根据原子名称选择根据元素或原子类型选择根据SMILES选择选中选项：性将选中范围扩展到指定半径内•可及性•手性•连接性到指定半径内根据键、分子、根据键、分子、残基、二级结构等选中用中键移动原子Alt+中键：XY转动中键拖拽Alt+中键：将选中部分XY旋转中键拖拽中键点击原子作XY平动Shift+中键点击原子作为转动中心AltShift+中键：移动选中原子中键拖拽缩放Ctrl+中键鼠标操作概要中键点击：改变旋转中左键点击：改变旋转中心右键点击：弹出菜单键点一次选中一个原子弹出菜单左键拖拽：选中框中键拖拽：XY旋转Ctrl+中键：缩放缩放练习：MOE中的分子渲染在MOE里，渲染模式应用方式：当没有原子被选中时，应用于所有原子；当有原子被选中时，应用于选中原子；当有原子被选中时，应用于选中原子；1. 取消所有选中原子；取消所有中原子；2. 使用左键拖拽框选中部分原子，然选中基团，并用’Space Filling’使用键拖拽框中部分原子然后用Space Filling模式渲染该部分：(Render | Space Filling)模式渲染3. 选中其他部分的原子，然后将渲染模式设置为：stick、ball and stick、或者line选中基团并选中基团，并用’Stick’模式渲染MOE渲染菜单视角中心、保存并加载视角绘制氢键范德华相作用座标轴等绘制氢键、范德华相互作用、座标轴等立体显示模式选择立体显示模式选择蛋白\DNA骨架渲染原子渲染模式隐藏或显示选中原子隐藏或显示选中原子着色方式标记原子更为细节的原子标记和着色菜单显示设置练习：绘制氢键并标记原子1. 使用(MOE | Render | Draw | Hydrogen Bonds)绘制检测到的氢键2. 使用(RHS | Label | Name)根据原子名标记原子名标记原子3. 使用(RHS | Label | Clear)清除已有标记显示设置面板(Visualization Setup Panel)改变默认渲染的配色度量设置使用||打开1. 改变默认渲染的配色、度量设置，使用(MOE |  Render | Setup…), 打开Visualization Setup 面板2VisualizationSetup面板会打开2. Visualization Setup 面板会打开保存为默认设置按下‘Apply’按钮应用改变恢复到默认恢复到默认设置显示设置面板(Visualization Setup Panel)3. Visualization Setup 面板顶部的下拉菜单列出四页，每一页都用来控制不同的渲染设置•Coloring控制原子、Ribbon、文本的默认颜色设置•Lighting调整光照角度调整光照角度•Dimensions•Dimensions调整原子半径、Ribbon宽度和线宽等•Projection立体设置里的眼距和深度等等立体设置里的眼距和深度等等练习：绘制分子2D图形1使用(MOE|Ct|2DMll)将MOE里的3D分子自动绘制成2D分子1. 使用(MOE | Compute | 2D Molecules…) 将MOE里的3D分子自动绘制成2D分子22DMll面板将会出现显示出分子2. 2D Molecules 面板将会出现，显示出分子的2D结构形式2D Molecule 面板根据异质原子着色调整字体大小旋转角度反转图像着调整前景色导出为各种格式图像格式图像绘图区拷贝各种图形将图片拷贝为位图到剪切板拷贝各种图形对象上，可用于幻灯MOE Save 面板分子文件格式MOE支持以下的文件格式MOE支持以下的文件格式：蛋白/序列文件格式图片文件格式练习：保存MOE文件当前的分子系统以及图像对象都可以保存为MOE格式的文件当前的分子系统以及图像对象都可以保存为MOE格式的文件；MOE文件同时还可以记录蛋白的叠合和渲染状态。2输入mol11moe作为文件名2. 输入mol11.moe作为文件名3. 点击’Save’按钮，保存文件1. (File | Save) 打开Save面板保存文件练习：关闭当前分子系统1.清除MOE里当前分子系统，可以使用Close按钮：(MOE | RHS | Close)2如果当前系统还未被保存为MOE文件，则Close面板会出现，提示是否要2.  如果当前系统还未被保存为MOE文件，则Close面板会出现，提示是否要清除当前数据3如果当前系统已被保存则Cl面板不会出现当前分子系统被关闭3. 如果当前系统已被保存，则Close面板不会出现，当前分子系统被关闭MOE编辑菜单以多种格式拷贝至剪切板从其他绘图工具粘贴分子结构删除选定原子加氢\去氢，孤对伪原子分子构建工具自动成键或绘制工具自动成键或绘制工具手性赋值力场相关（原子固定等）力场相关（原子固定等）结晶参数力场设置力场设置度量距离、角度、二面角交互式小分子叠合MOE编辑菜单：分子建模工具练习：Molecule Builder1. (MOE | Edit | Build | Molecule …)打开Molecule BuilderMolecule BuilderMOE里的分子构建工具是基于片段的•MOE里的分子构建工具是基于片段的•点击一个片段，就可以将此片段连接到选中的原子部位；倘若没有选中原子，则将单独创建一个片段编辑或添加元素其他原子类型离子化态其他原子类型，包括假原子和中心点环片段替代按钮片段SMILE表达式手性片段SMILE表达式编辑：1化合物名；1.化合物名；2.键长；3.键角；4.二面角4.面角撤销按钮功能基团库练习：构建一个分子练习：构建一个分子（续上）练习：构建一个分子（续上）练习：构建一个分子（续上）练习：构建一个分子（续上）分子构建业完成分子构建业已完成(MOE | RHS | Minimize) 可以对当前分子进行能量优化测量：创建和移除•创建测量，使用(MOE | Edit | Measure | Distances\Angles\Dihedrals)•移除测量，使用(MOE | Measure | Remove | Distances\Angles\Dihedrals)创建或移除测量还可以使用(MOE|RHS|M)或用(MOE | RHS | Measure)或(MOE | RHS | Remove)测量：距离、角度、二面角•选择distance测量两个原子之间的距离•选择angle测量三个原子之间的角度•选择dihedral测量四个原子之间的二面角•选择dihedral测量四个原子之间的二面角练习：创建测量距离？1. 测量距离、角度、二面角，使用(RHS | Measure), 启动测量提示器量提示器2. SVL行变成CLI提示器，鼠标也转变为十字也转变为十字练习：创建测量在提中选择来测量离3. 在提示器中，选择’distance’来测量距离5. 用十字光标选中第二个原子(甲基)4. 用十字光标先选中第一个原子(S)练习：创建测量6. MOE将绘制距离测量结果(默认为绿色)，两个原子之间的距离以数字形式表示，单位为Å；假如两个原子间距离发生变化，这个值将自动更新。7移除测量距离，可以使用(RHS7. 移除测量距离，可以使用(RHS | Remove | Distances)CLI提示器菜单单行CLI提示器菜单占据原先的命令行此时鼠标也转变SVL 命令行，此时鼠标也转变为十字光标形状按下’ESC’键，就可以退出CLI提示器菜单状态，返回SVL命令行