Tassel教程

第一步：数据准备。Kinship（分别有368lines和513lines）和populationstructure（分别有368lines和513lines），表型数据（539份关联群体两年五点籽粒形状），Hapmap（513-allchrtwosteps对应513lines，merge开头文件对应368lines）第二步：导入数据。A、点击start-tassel，打开Tassel，如下图：B、点击“Load”，然后选择“Iwillmakemybestguessandtry”导入kinship和population以及表型数据。导入kinship和populationstructure以及表型数据的时候，可以按住“Ctrl”键和文件，同时选上这几个文件，一起导入。C、导入成功的结果如下：D、再点击“Load”，选择“LoadHapmap”，导入基因型数据，如下图：注意：如果导入的是368lines的kinship和populationstructure，导入的基因型是merge开头的文件；如果导入的是513lines的kinship和populationstructure，导入的基因型是513-allchrtwosteps。因为不同群体大小，对应的kinship和populationstructure以及基因型是不同的。我们有368的群体大小和513的群体大小，368的kinship和populationstructure以及基因型得对应起来。E、导入基因型成功后的图如下：到这一步所有数据就导入完成了。第三步：进行过滤。A、过滤populationstructure，先点击populationstructure文件，后点击“Traits”，如下图：然后再弹出的对话框中去掉“TST”前面的勾，点击“OK”，就过滤成功，会生成一个以“Filtered”开头的新文件，如下图：B、过滤基因型。同样，先选中基因型文件，然后点击“Sites”：然后修改“MinimumFrequency”，改为0.05，如果默认是0.05就不需要修改，然后勾选上“RemoveminorSNPatates”，最后点击“Filter”就行了。如下图。这个过程比较长，可能几分钟，大概10分钟左右。过滤成功的结果如下图，会生成一个新的文件（图中蓝色的文件）：第四步：进行计算。A、按住“Ctrl”键同时选定过滤后的基因型、过滤后的表型（表型过滤和populationstructure一样，每次留下一个，如果不过滤就是所有表型一起算）和过滤后的populationstructure，然后点击“”，取交集。如下图：B、取交集后会生成一个新文件，如下图：C、按“Ctrl”同时选中取交集后的文件和kinship，然后点“Analysis”，在变换后的界面点击“MLM”，弹出的对话框中选中“NoCompression”，然后点击“Run”在弹出的对话框中，勾选“Writeoutputtofile”，然后单击“Browse”，选定保存目录。运行完了之后文件就会自动保存到该目录下，如果不勾选，就需要将结果手动导出。然后点“okey”就开始跑了。。下面这个地方可以看到进度：