linux操作基础及perl-编程基础

Linux操作基础及perl编程基础百迈客生物科技有限公司Linux基础知识Linux常用命令Perl编程基础Linux基础知识Linux常用命令Perl编程基础Linux的发行版•RedHat:•Fedora:•Ubuntu:•CentOS:•Mandriva:•SuSE:•Debian:•Slackware:•Gentoo:•开放源代码，免费，拓展性好•极高的运行效率和良好的稳定性•优秀的开发环境•强大的批量处理能力•多任务、多用户的良好支持•完善的网络支持•丰富的软件支持BMK计算集群•Core：476•Mem：1360GB•Storage：272TBLinux基础知识Linux常用命令软件安装简介远程登录•Windowsputty--ssh•LinuxTerminal--sshsshusername@192.168.4.101•MacOSXTerminal--sshsshusername@192.168.4.101远程登录远程登录Linux文件系统•目录用“/”表示分级•单独的“/”表示根目录•.**为隐藏文件或目录•.表示当前目录，一般可省略•..表示上一级目录•文件不一定需要扩展名Homedirectory•每个用户的个人空间，用户拥有最高权限•用户只能在家目录下创建和删除文件•所有用户的家目录都在/home下•用户家目录的路径为/home/usernameLinux命令行•Linux命令行的基本格式包括三部分：命令名命令选项命令参数常用命令——ls(list)•作用：列出文件或目录•ls-a：列出所有文件，包括隐藏文件•ls-l：列出文件的详细信息-rw-r--r--1liugliug124Apr510:27.bashrclrwxrwxrwx1liugliug17Apr523:57biomarker-/share/biomarker/drwxr-xr-x4liugliug4096Apr510:27.mozilla常用命令——文件移动•cp(copy)cpfilepathcpfile1file2cpfile1path/file2•mv(move)mvpath1/filepath2/filemvfile1file2常用命令——文件移动•rm(remove)rm[options]file1file2常用参数：-i删除前询问是否真的删除-f删除前不返回任何警告信息，直接删除-r递归式删除，可以删掉整个目录•注意：rm删除的文件不能恢复，一定要慎用，尤其是-f参数。例如“rm-rf*”这样很容易造成误删的命令应该尽量避免使用。常用命令——目录操作•mkdir(makedirectory)创建目录•pwd(printworkdirectory)显示当前路径•cd(changedircectory)前往其他路径.当前目录..上一级目录/根目录~家目录常用命令——文件查看•cat：显示文档的所有内容，往往与重定向配合使用，将多个文档串联起来。•more：分屏显示文件内容。显示过程中按“enter”显示下一行；按“space”显示下一页；按“b”键显示上一页；按“/”键可以执行查找功能；按“q”键退出。•less-S：分列显示，通过左右键移屏,Ctrl+b前翻一页,Ctrl+f后翻一页。•head-nfile：显示头几行，n默认为10。•tail-nfile：显示文件末尾几行，n默认为10。•grep“keyword”file：显示带有关键字的行。常用命令——统计命令•wc(wordscount)统计文件的字节数、字数、行数。•du（diskusage）文件大小统计du-skdir•df（diskfree）磁盘空间统计df-h常用命令——进程控制•toptop-uuser只显示某一帐号的进程•ps（processesstatus）ps-ef显示所有帐号的进程详细列表•killkill-9pid(kill-KILLpid)•bg（background）/fg（foreground）将正在运行的命令转后台或者前台常用命令——更改文件属性•chmod（changemode）chmodaobfile(s)a：ugoo：+-=b：rwxr：可读w:可写x：可执行eg:chmodg+rwfile增加文件组内可读写的权限chmodo=rxfile更改文件的权限，使其他用户可读可执行常用命令——压缩和解压缩•gzip(gunzip)-.gz•zip(unzip)-.zip•tartar-cfbin.tar/usr/bintar-xfbin.tartar-tvfbin.tar只显示tar包的内容tar-zcfbin.tar.gz/usr/bintar-zxfbin.tar.gz常用命令——特殊符号•|：管道符，将左边命令的标准输出传递给右边命令作为其标准输入。•：重定向。•&：后台符，将一个命令直接放到后台运行。eg:$blastall-pblastn-iquery-dnr-oresult&jobs查看运行情况，转到前台用命令fg%num常用命令——其他命令•finddir-namefile-aminn查找系统中最后n分钟访问的文件-atimen查找系统中最后n天访问的文件-cminn查找系统中最后n分钟被改变的文件-ctimen查找系统中最后n天被改变状态的文件-empty查找系统中空白的文件或目录常用命令——帮助•man(manual)man就是用来让使用者在使用时查询指令、系统呼叫、标准程序库函数、各种表格等的使用方法的。•man的用法如下：man命令(想要查询的命令)eg：$manlsLinux基础知识Linux常用命令Perl编程基础Perl语言简介Perl是一种解释型语言，主要是适用于文本处理，它借取了C、sed、awk、shellscripting以及很多其他程序语言的特性，其中最重要的特性是它内部集成了正则表达式的功能，以及巨大的第三方代码库CPAN。简而言之，Perl功能强大，使用简单。为什么生物信息学使用Perl•不同平台的兼容性好•开发效率高•优秀的正则表达式支持•非常强大的文本处理能力•丰富的库资源编程基础变量及赋值Perl中数据类型主要有变量、数组和哈希，分别用$、@和%表示，赋值直接用“=”。例：$num=29,$string=“park”;#变量赋值my@num=(“1”,”2”,“3”);#数组赋值$num[0]=1；$num[1]=2；$num[2]=3;my%hash=(“a”=1,”b”=2,);#哈希赋值$hash{$key}=$value;#哈希赋值输入输出,用文件句柄打开文件，用钻石操作符（’’）读入文本,用print命令输出，注意文件读写完成后及时关闭句柄。open(IN,”$fIn”)ordie$!;my$a=IN;#默认每次读入一行open(OUT,”$fOut”)ordie$!;printOUT“$a\n”;#将$a中的值输出到$fOut文件中close(OUT);close(IN);条件判断和循环•If判断if(…){…..}else{…..}If($a1){$b=$a;}•逻辑操作符，‘&&’、‘||’if($a2&&$a=10){$b=$a;}if($a==1||$b5){$c=6;}•循环While是条件成立的时候执行my$a=100;while（$a1）{$a--;$hash{$a}=$a;}For循环,乔装过的while循环。for(my$i=1;$i10;$i++){$array[$i]=$i;}相当于以下代码。my$i=1;While($i10){$array[$i]=$i;$i++;}•foreach循环，遍历数组。foreachmy$num(@num){$all+=$num;}将@num中的每个元素遍历一遍，并且累加到变量$all中。正则表达式，perl里面功能强大的一个工具，提供快速、灵活、可靠的字符串处理能力。通常用m//进行匹配。正则符号及函数•“.“通配符，匹配除了换行符(\n)以外的任意单个字符,“*”匹配它前面的项目0次或多次，”+”匹配它前面的项目1一次或多次。eg：my$string=“TTAA\nGGCC”;my($type)=$string=~m/(.*)/;$type的值是“TTAA”•tr///转换，对应字母一一转换eg：my$seq=“ATGC”;$seq=~tr/ATGC/TACG/;$seq现在是“TACG”。•reverse反向函数，可以用于取反向互补链eg：$num=“12345”;$num=reverse$num;$num现在是“54321”。•length取字符串长度，可用于求序列长度eg：$seq=“TTTAG”;my$length=length$seq$length值是5，即序列的长度。•split函数，将字符串用特定符号打断eg：my$seq=“TTGG\nGGCC\nGAAG\n”;my@lines=split/\n/,$seq;$lines[0]-----TTGG$lines[1]-----GGCC$lines[2]-----GAAGmy@bases=split//,$lines[0];$bases[0]-----T$bases[1]-----T$bases[2]-----G....