AUTODOCK使用札记(4)--结果分析(完结)

AutoDock使用札记（4）——结果分析（完结）AutoDock产生的构象和评分值（单位kcal/mol，AD4提供了RMSD值）为dlg文件，先使用get-docked命令转化为PDB格式，这种格式没有mol2格式操作方便。$get-docked*.dlgdlg文件中还包含了一部分比较重要的信息，即文件末尾的cluster部分。这部分数据对所有构象进行了聚类分析，并保留代表构象，按照能量值从优到劣排序，单独分析这部分数据，足以对对接产生的所有构象有完整认识。1、编写脚本提取运算结果的评分值并对评分值进行排序adscore3（适用于AutoDock3）：提取PDB文件中的评分值并对评分值进行排序（需要用get-docked命令生成pdb文件）#####################egrep'Run|FinalDockedEnergy'*.pdbadscore3.tmp#perl-pi-e's/\nUSERFinal/Final/;'adscore.tmp#seds/USER//gadscore.tmp|sort-r+8score.tmpadscore.logvi-eadscore3.tmpEOF:%s/USER//g:%s/\nFinal/Final/g:%s/\[=(1)+(2)\]//g:wqEOFsort-r+7adscore3.tmp*adscore3.logrm-f*.tmp*catadscore3.log#####################－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－adgrep4（适用于AutoDock4）：提取DLG文件中的评分值######################!/bin/bashegrep'DOCKED:USERRun|ClusterRank|RMSDfromreferencestructure|USEREstimated'*.dlg#####################－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－adcluster4（适用于AutoDock4）：提取DLG文件中的ClusterRank部分######################!/bin/bashegrep'ClusterRank'-A5-B2*.dlgadcluster4.tmpseds/\[=(1)+(2)+(3)-(4)\]//gadcluster4.tmpadcluster4.logcatadcluster4.log#####################－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－adscore4（适用于AutoDock4）：提取DLG文件中的能量值和Ki值并根据能量值进行排序######################!/bin/bashegrep'USERRun|USEREstimated'*.pdbadscore4.tmp1egrep'.dpf'-vadscore4.tmp1adscore4.tmp2seds/USER//gadscore4.tmp2|egrep'USER'-vadscore4.tmp3vi-eadscore4.tmp3EOF:%s/\nEstimatedFreeEnergyofBinding/,EstimatedFreeEnergyofBinding/g:%s/\[=(1)+(2)+(3)-(4)\]\nEstimatedInhibitionConstant,/,/g:%s/\[Temperature=298.15K\]//g:wqEOFsort-r+9adscore4.tmp3adscore4.logrm-f*tmp*catadscore4.log#####################－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－2、用于分析AutoDock运算结果中受体－配体相互作用的图形化软件中，理论上最好用的应该是ADT（我没有用过，在Linux下非常慢，可能是由于从工作站上调用，显示延迟的缘故，而在Windows机器上总是无故退出）。我用过的最好用的是Vida（OpeneyeLtd.），以前提供2个月的试用版，我还申请过1年的学术用户版，但一年后License过期，就没的用了。当然，把系统时间调整回到License有效期内，还是可以使用（Openeye公司的软件都是精品呵）。Vida可以同时读入受体、参考分子（这里是晶体结构中的配体）和对接得到的构象，显示非常好看的ribbon形态和氢键，作图效果一流，不过操作起来不是很人性化。AutoDock的手册示例中使用Sybyl软件对结果进行分析，不过Sybyl每次只能从PDB文件中读入1个分子，还是不很方便。没有尝试UCSFchimera是不是可以，不过，看其对DOCK处理的得心应手，应该差不多。参考：UsingAutoDock4forVirtualScreening://autodock.scripps.edu/faqs...r-virtual-screening后记：关于AutoDock使用的系列教程就算完结了。eming朋友提出DOVIS软件对于AutoDock的虚拟筛选已经实现了流程化（piperlinepilot），确实，Dovis是一个不错的工具。当初在使用Autodock做筛选时，还没有看到这个软件。同样的，Linux平台下的Triton对于AutoDock的运算也可以提供很好的平台支持。这样的软件还有BDT，不妨尝试一下。不过，个人觉得在字符界面下运行AutoDock还是要方便一些，特别是分子比较多的时候。曾经有一段时间，在unix-center（=10）注册了一个帐号，在其提供的服务器上进行运算，字符界面的，速度也不错。=6804&highlight=%D4%AD%B4%B4-AutoDock%CA%B9%D3%C3%D4%FD%BC%C7