VMD使用手册

VMD软件使用指南2009年7月中国科学院计算机网络信息中心超级计算中心12目录Tinker软件使用指南..........................................................................................1目录...................................................................................................................................................21.软件介绍......................................................................................................................................32.软件的安装与测试......................................................................................................................3安装方法...........................................................................................................................................32.1安装目录及安装信息...............................................................................................................32.2测试结果...................................................................................................................................33.软件的运行使用方法..................................................................................................................61.软件介绍VMD是分子可视化程序，使用OpenGL提供高质量的3D分子图形。用于显示、动画演示和分析大的生物分子体系。VMDisdesignedformodeling,visualization,andanalysisofbiologicalsystemssuchasproteins,nucleicacids,lipidbilayerassemblies,etc.Itmaybeusedtoviewmoregeneralmolecules,asVMDcanreadstandardProteinDataBank(PDB)filesanddisplaythecontainedstructure.VMDprovidesawidevarietyofmethodsforrenderingandcoloringamolecule:simplepointsandlines,CPKspheresandcylinders,licoricebonds,backbonetubesandribbons,cartoondrawings,andothers.VMDcanbeusedtoanimateandanalyzethetrajectoryofamoleculardynamics(MD)simulation.Inparticular,VMDcanactasagraphicalfrontendforanexternalMDprogrambydisplayingandanimatingamoleculeundergoingsimulationonaremotecomputer.2.软件的安装与测试安装方法下载：=VMD选择“LINUX_64OpenGL,CUDA”版（需要注册）解压vmd-1.8.7beta5.bin.LINUXAMD64.opengl.tar.gz进入解压目录，编辑configure：$install_bin_dir=/home_soft/soft/x86_64/apps/OpenSoft/vmd/vmd-1.8.7beta5/bin;$install_library_dir=/home_soft/soft/x86_64/apps/OpenSoft/vmd/vmd-1.8.7beta5/lib/$install_name;生成makefile：./configure安装：makeinstall2.1安装目录及安装信息源代码位置:/home_soft/soft/x86_64/apps/OpenSoft/vmd/vmd-src/安装后可运成程序的目录为：/home_soft/soft/x86_64/apps/OpenSoft/vmd/vmd-1.8.7beta5/bin/2.2测试结果测试1：显示分子结构,test/vmd/proteins/dna.pdbVmd软件主窗口界面，file菜单，newmolecule选项，打开moleculefilebrowser窗口，打开test/vmd/proteins/dna.pdb文件，点击load按钮，display窗口种显示出分子结构。可对分子结构进行操作。测试结果正常。测试2：查看轨迹（trajectory）文件,test/vmd/proteins/alanin.dcd根据vmd-tutorial中介绍的流程操作，软件正常显示分子结构，动画显示轨迹上的结构。测试结果正常。3.软件的运行使用方法（1）设置环境变量：登录到LB结点之后，在$HOME/.bashrc文件里面加入下面内容：exportPATH=$PATH:/home_soft/soft/x86_64/apps/OpenSoft/vmd/vmd-1.8.7beta5/bin/（2）安装RemoteGraphicsReceiver（RGS）软件，从RGS界面终端窗口登陆到可视化节点，运行vmd命令即可。（3）在vmd软件主窗口进行各种可视化操作。4.用户建议vmd可用gpu加速，有用户建议尝试安装gpu加速版。