人类基因组计划(HGP,补充材料)

——揭开生命的奥秘孙啸程璐人类基因组计划HGP(HumanGenomeProjects)1、HGP简介2、HGP的主要任务3、HGP对人类的重要意义4、HGP进展与未来5、我国对人类基因组计划的贡献66、、功能基因组学77、、基因组相关的伦理学问题8、HGP对生物信息学提出挑战1、HGP简介•人类基因组计划是由美国科学家于1985年率先提出、于1990年正式启动的。美国、英国、法国、德国、日本和我国科学家共同参与了这一价值达30亿美元的人类基因组计划。这一计划旨在为30多亿个碱基对构成的人类基因组精确测序，发现所有人类基因并搞清其在染色体上的位置，破译人类全部遗传信息。•曼哈顿计划•阿波罗计划科学家的胆略科学家的胆略•诺贝尔奖获得者RenatoDulbecco于1986年发表短文《肿瘤研究的转折点：人类基因组测序》（Science,231:1055－1056）。•文中指出：如果我们想更多地了解肿瘤，我们从现在起必须关注细胞的基因组。……从哪个物种着手努力？如果我们想理解人类肿瘤，那就应从人类开始。……人类肿瘤研究将因对DNA的详细知识而得到巨大推动。”什么是基因组(Genome)•基因组就是一个物种中所有基因的整体组成•人类基因组有两层意义：——遗传信息——遗传物质•从整体水平研究基因的存在、基因的结构与功能、基因之间的相互关系。人类染色体为什么选择人类的基因组进行研究？•人类是在“进化”历程上最高级的生物•认识自身•掌握生老病死规律•疾病的诊断和治疗•了解生命的起源在人类基因组计划中，包括对五种生物基因组的研究：大肠杆菌、酵母、线虫、果蝇和小鼠，称之为人类的五种“模式生物”。HGP的诞生•1984年12月Utah州的Alta,WhiteR受美国能源部的委托，主持召开了一个小型会议，讨论DNA重组技术的发展及测定人类整个基因组的DNA序列的意义。•1985年6月，在美国加州举行了一次会议，美国能源部提出了“人类基因组计划”的初步草案。•1986年6月，在新墨西哥州讨论了这一计划的可行性。随后美国能源部宣布实施这一草案。•1987年初，美国能源部与国家医学研究院（NIH）为“人类基因组计划”下拨了启动经费约550万美元，1987年总额近1.66亿美元。同时，美国开始筹建人类基因组计划实验室。　　　　•1989年美国成立“国家人类基因组研究中心”。诺贝尔奖金获得者J.Waston出任第一任主任。•1990年，历经5年辩论之后，美国国会批准美国的“人类基因组计划”于10月1日正式启动。美国的人类基因组计划总体规划是：拟在15年内至少投入30亿美元，进行对人类全基因组的分析。HGP诞生过程中的质疑•计划的必要性问题•计划的现实性问题•科学研究领域的选择问题•为什么不选择基因组小的或有经济意义的生物•认为“制图”是在沙漠里建公路，“测序”是把“垃圾”分类，选择“模式动物”是拼凑“诺亚方舟”。HGP的目的•解码生命•了解生命的起源•了解生命体生长发育的规律•认识种属之间和个体之间存在差异的起因•认识疾病产生的机制以及长寿与衰老等生命现象•为疾病的诊治提供科学依据。2、HGP的主要任务•遗传图谱•物理图谱•序列图谱•转录图谱•遗传图谱（geneticmap）又称连锁图谱(linkagemap)，它是以具有遗传多态性（在一个遗传位点上具有一个以上的等位基因，在群体中的出现频率皆高于1%）的遗传标记为“路标”，以遗传学距离（在减数分裂事件中两个位点之间进行交换、重组的百分率，1%的重组率称为1cM）为图距的基因组图。遗传图谱的建立为基因识别和完成基因定位创造了条件。遗传图谱-孟德尔的“新生”间期前期I同源染色体形成配对中期I晚期I发生交换前期II中期II晚期II末期II配子遗传连锁图：通过计算连锁的遗传标志之间的重组频率，确定它们的相对距离，一般用厘摩（cM，即每次减数分裂的重组频率为1%）表示。物理图谱-路标与路轨•物理图谱（physicalmap）是指有关构成基因组的全部基因的排列和间距的信息，它是通过对构成基因组的DNA分子进行测定而绘制的。绘制物理图谱的目的是把有关基因的遗传信息及其在每条染色体上的相对位置线性而系统地排列出来。1998年完成了具有52,000个序列标签位点(STS)，并覆盖人类基因组大部分区域的连续克隆系的物理图谱。敲碎基因组，分析研究内容所处的染色体位置敲碎基因组，分析研究内容所处的染色体位置细菌人工染色体（80～300kb）酵母人工染色体（数百～2000kb）中心粒一对紧密相邻的标志一对相邻较远的标志染色体图基因转录图谱-生命的乐谱•转录图谱是在识别基因组所包含的蛋白质编码序列的基础上绘制的结合有关基因序列、位置及表达模式等信息的图谱。对基因转录表达产物mRNA互补的cDNA（其片段称为表达序列标签，EST）进行大规模测序是序列标签位点的主要来源，并以此构建人类基因组转录图（基因图）。序列图谱-重中之重•随着遗传图谱和物理图谱的完成，测序就成为重中之重的工作。DNA序列分析技术是一个包括制备DNA片段化及碱基分析、DNA信息翻译的多阶段的过程。通过测序得到基因组的序列图谱大规模基因组测序大规模基因组测序Megabace测序仪3700测序仪大规模测序基本策略大规模测序基本策略逐个克隆法：对连续克隆系中排定的BAC克隆逐个进行亚克隆测序并进行组装（公共领域测序计划）全基因组鸟枪法：在一定作图信息基础上，绕过大片段连续克隆系的构建而直接将基因组分解成小片段随机测序，利用超级计算机进行组装（美国Celera公司）运用计算机软件进行序列拼接运用计算机软件进行序列拼接•通过对进化不同阶段的生物体基因组序列的比较，发现基因组结构组成和功能调节的规律。模式生物体的研究模式生物体的研究利用酵母、线虫、果蝇、大肠杆菌斑马鱼、小鼠等模式生物体进行基因的剔除或转基因的研究，从而在整体水平认识基因的功能。酵母大肠杆菌果蝇线虫小鼠3、HGP对人类的重要意义HGP对医学的影响–发现新的致病基因–发展一些复杂疾病的早期基因诊断方法，如“肿瘤基因组解剖计划”–通过基因治疗解决传统方法无法解决的疑难杂症–疾病易感基因的识别及对风险人群进行生活方式、环境因子的干预–人类基因组多样性与个体化医学我爸爸给你爸爸开过同样的药这就是遗传！所有的疾病，都可以说是基因病“基因病”概念：–基因相关论：所有疾病都与人类基因有关；–基因修饰论：所有药物都是通过修饰基因本身结构、改变基因的表达调控、影响基因产物的功能而起作用的；–基因的外调性；–基因的多态性。•人类疾病相关的基因是人类基因组中结构和功能完整性至关重要的信息。•单基因病：定位克隆和定位候选克隆的全新思路，导致了亨廷顿舞蹈病、遗传性结肠癌和乳腺癌等一大批单基因遗传病致病基因的发现，为这些疾病的基因诊断和基因治疗奠定了基础。通过定位克隆技术寻找疾病基因的过程•多基因疾病：心血管疾病、肿瘤、糖尿病、神经精神类疾病（老年性痴呆、精神分裂症）、自身免疫性疾病，是目前疾病基因研究的重点。•健康相关研究是人类基因组计划的重要组成部分，并于1997年相继提出了：肿瘤基因组解剖计划“环境基因组学计划HGP对生物技术的影响–基因工程药物：分泌蛋白（多肽激素，生长因子，趋化因子，凝血和抗凝血因子等）及其受体；–诊断和研究试剂产业：基因和抗体试剂盒、诊断和研究用生物芯片、疾病和筛药模型；–对细胞、胚胎、组织工程的推动：胚胎和成年期干细胞、克隆技术、器官再造。HGP对制药业的影响–筛选新药和药物的靶点，分析药理过程；–进行药物设计，对基因蛋白产物的高级结构分析、预测、模拟药物作用“口袋”–个体化的药物治疗：药物基因组学基因组学、生物信息学与新药研制未来的药物研究过程将是基于生物信息知识挖掘的过程数据处理和关联分析发现药物作用对象确定靶目标分子针对靶目标进行合理的药物设计HGP对社会经济的重要影响–生物产业与信息产业是一个国家的两大经济支柱–发现新功能基因的社会和经济效益–转基因食品–转基因药物（如减肥药，增高药）•生物的进化史，都刻写在各基因组的“天书”上–草履虫是人的亲戚——13亿年；–人是由300～400万年前的一种猴子进化来的；–人类第一次“走出非洲”——200万年的古猿；–人类的“夏娃”来自于非洲，距今20万年——第二次“走出非洲”？HGP对生物进化研究的影响HGP带来的负面作用•侏罗纪公园不只是科幻故事•种族选择性灭绝性生物武器•基因专利战•基因资源的掠夺战•基因与个人隐私DNAReport我这辈子没戏了个人隐私基因注定论4、HGP进展与未来•整个完成的时间提前到了2003年，比原计划提前了两年。而原订于2001年完成的人类基因组的基本构图也提前一年，在2000年6月26日由美国总统克林顿与英国首相布莱尔联合宣布完成，这一天也因此成为人类历史上“值得载入史册的一天”。•后基因组计划，即功能基因组计划的开始。　　人类单倍体基因组人类单倍体基因组含30亿碱基对(bp)的DNA序列。编码序列约占3%，非编码序列约占97%。包括约4～10万个基因，分布于22条常染色体和X、Y性染色体。5、我国对人类基因组计划的贡献•1994年，我国HGP在吴旻、强伯勤、陈竺、杨焕明的倡导下启动，最初由国家自然科学基金会和863高科技计划的支持下，先后启动了“中华民族基因组中若干位点基因结构的研究”和“重大疾病相关基因的定位、克隆、结构和功能研究”；•1998年在国家科技部的领导和牵线下，1998年在上海成立了南方基因中心；•1999年在北京成立了北方人类基因组中心；•1999年7月在国际人类基因组注册，得到完成人类3号染色体短臂上一个约30Mb区域的测序任务，该区域约占人类整个基因组的1％。国际人类基因组国际人类基因组测序任务分配情况测序任务分配情况6/1-8/31/99NoCenterRegionSize(Mb)ActualKGenbankKrProjectedKr4/1-11/30/99ProjAccum.Mr.4/99-3/001SangerCentre1,6,9,10,13,20,22,X85013009414200122WIBR(ClonesfromWashU)837296290083WashU2,3,4,7,11,15,18,Y90086555923007.94JGI5,16,1925068746121006.45Baylor1,2,3,X2304622616603.16Riken21,18,11q1601361955202.17IMB8,21,X50180321801.58GenoscopeMostof14851001183001.49U.Wash(Olson)10Beijing3p3012.512.51000.511GTC(Smith)105051500.4512MPIMG17,21,X6.94012400.313GBF21,regof96500.314Stanford(Davis)8231370.2915Keio2,6,8,22,213011751100.2316U.Wash(HoodLAB)14,15267127400.17Total2671Mb4663Kr2950Kr13687Kr32.64Mr人类基因组人类基因组1%1%测序计划测序计划•1999年9月1日：国际公共领域测序计划接纳中国，杨焕明教授领回任务；•1999年11月12日：科技部中国生物工程开发中心、中科院生命科学和生物技术局、“863”计划生物领域专家委员会召开“参加国际人类基因组计划并完成1%基因组测序工作”专家讨论会，决定“863”计划出资3000万元，中科院出资1000万元；•1999年11月29日：科技部下达对国家人类基因组北、南方研究中心和中国科学院遗传所拨款通知，中科院同时下达专项经费。遗传病基因克隆重大突破遗传病基因克隆重大突破夏家辉教授实验室夏家辉教授实验室19981998年克隆了高频耳聋疾病基因年克隆了高频耳聋疾病基因20012001年上海和北京科学家发现年上海和北京科学家发现遗传性乳光牙本质遗传性乳光