Bioedit操作指南

Biedit软件的应用介绍：DNA序列基本操作1.目的：纯菌种16SrRNA,利用Sanger方法双端测序，然后检查测序质量，将双端测序的序列拼接成一条完整的序列,利用这个长序列去与数据库比对，判断这个序列最可能是从哪个微生物来的。2.具体操作过程：以一个纯菌种的16SrRNA测序为例，练习序列拼接（assembly).用Sanger方法，从两端测序，引物为27F和1492R。正向引物27F测得的序列反向引物1492R测得的序列拼接(assembly)OverlapContig第一步：Sanger测序下机文件为.abi文件，可以用Bioedit打开查看测序质量。峰型好的碱基质量较好，把质量好的碱基部分提取出来，存成fasta文件。具体操作流程：File-----Open----找到文件Sanger_Seq27f.abi。出现两个界面，根据测序峰确定高质量测序区段；然后双击另一个界面的文件名字，即出现一个新的编辑框。将质量差的碱基区域去掉，然后另存为一个.fasta文件,存成seq27F.fas。另一个文件存为seq1492R.fas.Biedit软件的应用介绍：DNA序列基本操作Biedit软件的应用介绍：DNA序列基本操作第二步：将27F和1492R测得的序列都整理成质量好的.fasta文件后，将这两个文件拼接成一个长的contig。操作如下：file----newalignment-----file----import------sequencealignmentfile---同时选择Seq27F.fas和seq1492R.fas-----file-----saveas27F+1492R.fas-----file----open27F+1492R.fas----点击选择两个文件名-----accessoryapplications-----CAPassemblycontigprogram-----runapplication-----enter----随即产生了contig序列，delete原始的序列（seq27F.fas和Seq1492R.fas),给contig命名，另存为Seq27F+1492R_contig.fas。第三部：将contig序列拷贝到NCBIBlast中去比对，看与数据库中哪些序列最相近。RDP平台简单介绍：分类1.目的：利用RDP平台中的分类功能，对测定的高通量测序数据进行系统进化分类。得到微生物群落的组成信息：门、纲、目、科、属、种。2.具体操作过程：RDPpipelineClassifiertestdriveSelectyourfiletouploadSubmitforClassification(Samplefilename:Seq100)