个人非常好的VASP学习与总结

精析VASP目录第一章LINUX命令11.1常用命令11.1.1浏览目录11.1.2浏览文件11.1.3目录操作11.1.4文件操作11.1.5系统信息1第二章SSH软件使用22.1软件界面22.2SSHtransfer的应用32.2.1文件传输32.2.2简单应用3第三章VASP的四个输入文件33.1INCAR33.2KPOINTS43.3POSCAR43.4POTCAR5第四章实例54.1模型的构建54.2VASP计算84.2.1参数测试（VASP）参数设置这里给出了赝势、ENCUF、K点、SIMGA一共四个参数。是都要验证吗？还是只要验证其中一些？84.2.2晶胞优化(Cu)134.2.3Cu(100)表面的能量24.2.4吸附分子CO、H、CHO的结构优化24.2.5CO吸附于Cu100表面H位44.2.6H吸附于Cu100表面H位54.2.7CHO吸附于Cu100表面B位64.2.8CO和H共吸附于Cu100表面74.2.9过渡态计算821第一章Linux命令1.1常用命令1.1.1浏览目录cd:进入某个目录。如：cd/home/songluzhi/vasp/CH4cd..上一层目录；cd/根目录；ls:显示目录下的文件。注：输入目录名时，可只输入前3个字母，按Tab键补全。1.1.2浏览文件cat：显示文件内容。如：catINCAR如果文件较大，可用：catINCAR|more(可以按上下键查看)合并文件：catABC(A和B的内容合并，A在前，B在后)1.1.3目录操作mkdir：建立目录；rmdir：删除目录。如：mkdirT-CH3-Rh1111.1.4文件操作rm：删除文件；vi：编辑文件；cp：拷贝文件mv：移动文件；pwd：显示当前路径。如：rmINCARrma*(删除以a开头的所有文件)rm-rfabc(强制删除文件abc)tar：解压缩文件。压缩文件？？rar1.1.5系统信息df：分区占用大小。如：df-hdu：各级目录的大小。top：运行的任务。psax：查看详细任务。kill：杀死任务。如：kill12058（杀死PID为12058的任务）注：PID为top命令的第一列数字。2第二章SSH软件使用2.1软件界面SSH界面SSHtransfer32.2SSHtransfer的应用2.2.1文件传输从本地文件中，把所需的计算文件直接拖到服务器中。一般就是VASP计算的四个文件INCAR，KPOINTS，POSCAR，POTCAR。2.2.2简单应用在右侧文件夹中可以直接构建文件夹，删除文件，修改文件。从SSH要cd到某个文件夹下时，可先从SSHtransfer进入，直接复制路径栏，可快速进入。第三章VASP的四个输入文件3.1INCARSYSTEM=nameENCUT=400PREC=MediumEDIFF=5E-4EDIFFG=-0.1GGA=91VOSKWN=1!磁性计算ISYM=0!对称0无1有LREAL=.FALSE.!倒空间ISPIN=2!2磁性计算1不进行ISTART=0!0初次计算，1再次计算ICHARG=2!2构造原子密度ISMEAR=2!-5半导体；DOS静态计算0；原胞较大，k点小于4，单个原子，小分子；12金属体系。SIGMA=0.1IBRION=2!1DIIS,2CG,5频率，3过渡态ISIF=2!2结构优化，3晶胞优化NSW=200!离子运动步数POTIM=0.05!步长NELMIN=4!最小迭代次数NELM=200!最多迭代次数LWAVE=.FALSE.!不输出波函数LCHARG=.FALSE.!不输出密度函数43.2KPOINTS对于表面surface0M551000对于分子和原子atomormolcular1Rec00013.3POSCARCH4在Co100表面Top位的吸附!(名称)1.05.01200008390.00000000000.00000000000.00000000005.01200008390.00000000000.00000000000.000000000015.3159999847CoHC1641SDirect0.0000000000.0000000000.108070001TTT0.0000000000.0000000000.333149999TTT0.2500000000.2500000000.000000000FFF0.2500100140.2500000000.225119993TTT0.5000000000.0000000000.108060002TTT0.5000000000.0000000000.333149999TTT0.7500000000.2500000000.000000000FFF0.7499899860.2500000000.225119993TTT0.0000000000.5000000000.108070001TTT0.0000000000.5000000000.333139986TTT0.2500000000.7500000000.000000000FFF0.2500100140.7500000000.225130007TTT0.5000000000.5000000000.108070001TTT0.5000000000.5000000000.333149999TTT0.7500000000.7500000000.000000000FFF0.7499899860.7500000000.225119993TTT0.5000799890.5014299750.451510012TTT0.2928200070.5022199750.546630025TTT0.6018900280.6809200050.546850026TTT0.6020900010.3238700030.547209978TTT50.4992400110.5021299720.523060024TTT3.4POTCAR从赝势库中找到所需元素的赝势文件，命名规则为：POTCAR-C(元素)。把这几个文件放到一个文件夹下，按照前面POSCAR中的元素顺序合并在一起。命令为：catPOTCAR-CoPOTCAR-HPOTCAR-CPOTCAR第四章实例CO+H－CHOCu(100)4.1模型的构建过程：首先通过MS构建好所需模型，导出为*.cif格式；导入到Vesta程序中，输出为*.vasp。根据前面所讲的POSCAR格式修改，得到所需文件。图解：1.创建MS文件：62.导入Cu晶胞3.导出为Cif格式打开File---export，保存类型为*.cif，保存在指定位置。74.通过Vesta导出为*.vasp直接把Cu.cif拖到vesta程序中，打开File---ExportData...，保存类型为*.vasp，保存在指定位置。5.用写字板打开Cu.vasp根据所需要求修改Cu.vasp，这里不需要修改。在吸附表面时则需要固定，见3.3。CIFfile1.03.61470007900.00000000000.00000000000.00000000003.61470007900.00000000000.00000000000.00000000003.6147000790Cu4Direct0.0000000000.0000000000.0000000000.0000000000.5000000000.5000000000.5000000000.0000000000.5000000000.5000000000.5000000000.00000000084.2VASP计算4.2.1参数测试（VASP）参数设置这里给出了赝势、ENCUF、K点、SIMGA一共四个参数。是都要验证吗？还是只要验证其中一些？一、检验赝势的好坏：赝势的好坏这里是特意举例铜原子的吧？还是算铜的晶胞时只用算一下一个铜原子的就行?（一）方法：对单个原子进行计算；（二）要求：1、对称性和自旋极化均采用默认值；2、ENCUT要足够大；3、原胞的大小要足够大，一般设置为15Å足矣，对某些元素还可以取得更小一些。（三）以计算单个Cu原子为例：1、INCAR文件：SYSTEM=CuatomENCUT=450.00eVNELMDL=5ISMEAR=0SIGMA=0.12、POSCAR文件：atom10.001.000.000.000.001.000.000.000.001.00Cu1Direct0.50.50.53、KPOINTS文件：Automatic0Gamma1110004、POTCAR文件：（略）（四）计算任务执行方法：输入：mpirun-np4vasplog&9（五）赝势好的判断标准：计算得到的OUTCAR文件中的“energywithoutentropy”能量值在-0.001～-0.01eV之间。命令：grep'energywithoutentropy'OUTCAR|tail-1计算结果为：二、筛选合适的ENCUT大小：（一）输入文件：1、用脚本程序optencut.sh代替INCAR文件：rmWAVECARforiin300350400450500docatINCAR!SYSTEM=CuENCUT=$iGGA=91ISTART=0;ICHARG=2ISMEAR=-5PREC=Accurate!echoENCUT=$ieV;timempirun-np2vasplog&E=$(grepTOTENOUTCAR|tail-1|awk'{printf%12.6f\n,$5}')echo$i$Ecommentdone注：每个任务2核，5个截断能，共要10核。2、POSCAR文件：Cucell1.03.61470007900.00000000000.00000000000.00000000003.61470007900.00000000000.00000000000.00000000003.6147000790Cu4Direct0.0000000000.0000000000.0000000000.0000000000.5000000000.5000000000.5000000000.0000000000.5000000000.5000000000.5000000000.0000000003、KPOINTS文件：A010M8880.00.00.04、POTCAR文件：（略）（二）计算任务执行方法：输入：dos2unixoptencut.shbashoptencut.sh（三）判别标准：计算完成后得到comment文件，它列出了在每个ENCUT时计算得到的相应的总能，只要总能变化在0.001eV左右就足够了。三、选择合适的k点数目：（一）输入文件：1、INCAR文件：SYSTEM=CuENCUT=450.00eVISTART=0;ICHARG=2ISMEAR=-5PREC=Accurate2、POSCAR文件：Cu1.03.61470007900.00000000000.00000000000.00000000003.61470007900.00000000000.00000000000.00000000003.6147000790Cu4Direct0.0000000000.0000000000.0000000000.0000000000.5000000000.5000000000.5000000000.0000000000.5000000000.5000000000.5000000000.0000000003、用脚本程序optkpoints.sh代替KPOINTS文件：rmWAVECARforiin678910docatKPOINTS!Automaticgeneration0Monkhorst-pack11$i$i$i0.00.00.0!echokmesh=$ix$ix$i;timempirun-np8vasplog&E=$(grepTOTENOUTCAR