批量开发SSR标记软件MISA的介绍

批量开发SSR标记软件:MISA的介绍Postedon12五月2009by柳城，阅读605简洁版MISA工具提供批量识别和定位简单重复序列(SSR)，EST序列或是基因组序列都可以。另外，还提供一个与批量设计引物Primer3的接口工具，通过这个工具，可以把MISA识别出来的SSR，转为Primer3需要的格式，从而方便批量设计引物。网址：注：要运行MISA，首先要确保已经装了Perl下面分别介绍一下几个工具(.pl是perl文件的后缀名)：1，misa.pl用法：perlmisa.plFastaFile(注:要去掉。下同)FastaFile是放序列的一个文件名，全路径，注意不要有中文名或空格。Fasta格式。另外配套一起的还有一个文件misa.ini，这是一个配置文件，设置识别SSR标记的标准。注意路径。路径错了就会提示错误，找不到该文件。2，est_trimmer.pl这是对EST序列而言的，可以去除EST序列中短的序列和两端不明确的碱基。用法（例子）：perlest_trimmer.plESTs-amb=2,50-tr5=T,5,50-tr3=A,5,50-cut=100,7003，Primer3的接口工具p3_in.pl-创建Primer3的输入文件。用法：perlp3_in.plFASTAfile.misap3_out.pl-解析Primer3设计引物后的输出文件。用法：p3_out.plFASTAfile.p3outFASTAfile.misa注：FASTAfile.misa文件是MISA的输出文件FASTAfile.p3out是primer3的输出文件大概就是这些，很不错的软件。具体问题具体分析，一些细节问题这里就不讲了。需要的话就琢磨琢磨。本文详细出处参考：本文详细出处参考：本文详细出处参考：:\perlp3_in.plCMS-CWhole.FASTA.misa