Gephi的基本使用

Gephi的基本使用实验1Gephi的安装与基本使用1．安装Gephi下载地址：，下载后安装即可，如果能够正常打开Gephi，跳过下面提示。提示：如果安装完后出现“cannotfindjava1.6orhiger”，解决方法如下，点击链接，下载安装，按照以下说明操作。JDK的安装路径：D:\ProgramFiles\Java\jdk1.6.0_43jre的安装路径：D:\ProgramFiles\Java\jre6安装完成后对环境变量进行配置：（针对Win7）依次点击：计算机---属性---高级系统设置---环境变量首先，在系统变量中新建JAVE_HOME，路径为D:\ProgramFiles\Java\jdk1.6.0_43其次，在系统变量的Path的路径最前面，添加D:\ProgramFiles\Java\jdk1.6.0_43\bin;D:\ProgramFiles\Java\jre6\bin;最后，在系统变量中新建CLASSPATH，路径为.;%JAVA_HOME%\lib;%JAVA_HOME%\lib\dt.jar;%JAVA_HOME%\lib\tools.jar;之后便可正常打开Gephi。2．基本使用（1）文件导入点击菜单栏中的“文件”---“打开”后即可输入选择的文件，支持的文件类型有很多，可以在“文件类型”中选择，输入文件后产生一个输入报告，报告中有关于节点和边的信息等。点击输入报告中的“确定”后，产生一个初始图像。若要从数据库中导入，则选择“文件”---“输入数据”---“边名单”。若要随机生成一个随机图，则选择“文件”---“生成”---“随机图”，可以输入点数和连线的概率。（2）可视化操作可以滚动鼠标滑轮，对图像进行放大缩小，点击鼠标右键可以将图形进行拖动。（3）布局/流程可以选择下拉框中的12种布局方式，前六种是主要布局工具，后面六种是辅助布局工具。选择一种布局算法，点击运行即可看到布局效果。最常用的是力导向算法（ForceAtlas和Forceatlas2）、圆形布局和胡一凡布局。图2-22（4）统计图的特征可在统计功能模块中计算得到，其模块如左图。单击左图中标记区域，可计算相应的图的特征数值，如要查看详细内容，可单击“问号”图标产生相应的报告。图2-23（5）排序排序模块如下图，基本功能在图中标示。举例如下图所示。图2-24以度为参数，完成对节点大小的排序，操作界面如下图所示图2-25（6）分割分割也是一种归类，把值相同的节点或边用不同的颜色标示出来，还可把值相同的节点组合成一个节点。（7）过滤在作图过程中经常需要把一些值相同的节点或边选择出来，此时需要用到过滤工具，通过过滤功能实现选择或者将符合条件的节点和边过滤出来。（8）预览预览是输出控制的环节，在预览界面可以对前面编辑的图形做最后的美化，包括图形外观样式的选择和显示细节的调整，之后便可导出图形。实验2Gephi可视化步骤以Gephi自带样例“LesMiserables”为例，可视化步骤如下：（1）打开Gephi软件，在弹出的欢迎窗口中选择“样例——LesMiserables.gexf”，选择“Directed”，单击“确定”，可以看到如下图样式的图像，因为网络图是随机生成的，所以每次打开看到的图形可能会有些不一样。图2-26（2）利用鼠标可以完成一些基本的操作。例如，按住右键移动图形，滚动滑轮放大缩小图形视图。然后选择“流程”模块，点击“选择一个流程”，选择“ForceAtlas”,将斥力强度由200调为10000，再点击“运行”，运行结果如下图所示。图2-27（3）选择“排序”模块，在“选择一个等级参数”中选择“度”，点“运行”，在此模块左下角有“结果列表”按钮，点击之后会显示排序结果，例如Valjean有36条联系，为所有节点中联系最多的节点，运行结果如下图所示。图2-28（4）在“统计”模块中选择“边概述”下的“平均路径长度”，点击“运行”，选择“有向”，点击“确定”之后会生成一个报表，关闭即可。返回“排序”模块，选择“BetweenessCentrality”并运行，再选择此模块工具栏中的“钻石”图标，将最小值设为10，最大值设为50，运行后如下图所示。图2-29（5）此时图形中的大节点会遮挡住小节点，返回“流程”模块，在“由尺寸调整”后打勾，则图中的所有节点不会有遮挡或重叠的情况。图像的下方有工具栏，点击T字状的图标可以显示标签，并可以利用工具栏调节线条的粗细，字体及大小等。图2-30运行结果如下图所示。图2-31（6）点击“统计”模块“模块化”后的“运行”，再选择“分割”模块，点击“刷新”按钮，并选择“ModularityClass”点击“应用”。选择“滤波”模块，点“边”前面的加号将其展开，选择“边的权重”，鼠标左键点住不放将其拖到下方的“查询框”下，并将滑条拖至“2”处，点击“滤波”，运行结果如下图所示。图2-32（7）点击“预览”，在预设置中的“显示标签”后打勾并刷新，显示结果如下。图2-33此时可将可视化的结果输出，点击左下角的“SVG/PDF/PNG”，可输出此三种格式。选择菜单栏中“文件”下的“保存”则可将结果保存。总结：可视化一般要经过以下几个主要步骤：（1）打开文档或生成一个随机图；（2）利用“排序、流程、统计、分割、滤波”五个主要工具对图形进行可视化，可视化的顺序一般也是按照排序、流程、统计、分割、滤波的顺序进行的；（3）对结果进行预览，输出并保存。实验3用Gephi计算网络指标并进行可视化以分析浏览网站间的链接关系为例，计算其网络指标，并进行可视化，实验步骤如下：（1）通过浏览网站获取数据首先需要安装一个Gephi的Http代理插件，通过代理Gephi可以自动分析浏览网站之间的链接关系。代理插件名称为Httpgragh，插件下载地址：，下载的文件是一个以nbm为后缀的gephi插件文件，在gephi的主界面的工具---插件中，选择下载好的插件，然后按照提示安装即可。（2）安装成功后，在文件---生成---可以看到httpgephi。图2-34然后需要配置浏览器的代理服务器设置，设置为与httpgraph的proxylistening端口设置的一样就可以了，默认是8088。图2-35以chrome浏览器为例。在chrome浏览器的“设置”里选择“高级设置”中的“更改代理服务器设置”图2-36选择“局域网（LAN设置）”，在“为LAN使用代理服务器”前打勾图2-37点击“高级”，将端口改为8088后点“确定”。图2-38（3）打开浏览器，本浏览器以360导航为首页，启动Gephi，选择文件---生成---HTTPGraph，就会有图形出现，说明配置已生效，滚动滑轮并适当调大标签字体，则会生成下图所示的图像。图2-39（4）再打开百度首页，输入Gephi并查询，则会生成新的的节点和边，根据访问的网页，会生成相应的节点，访问的网页越多生成的节点也越多。图2-40（5）可以利用“统计”模块中的功能计算所需要的网络指标，如：平均最短距离，平均度、平均聚类系数等值。在此，点击“统计”模块中的“平均度”“网络直径”“模块化”“平均聚类系数”“平均路径长度”，可分别获得一个报告，报告中可看出节点的分布等相关信息，在此计算出的这五个指标的值分别为1.728，3，0.438，0.047，1.596。（6）在排序模块中选择“度”，将节点的最大尺寸调为20，可对点的颜色进行美化，点击“预览”---“刷新”，即可得到如下图所示的图像。图2-41（7）输出并保存文件即可。