DNA甲基化

LOGODNAmethylation2010.1.20刘丹2明星熊猫——“滚滚”为什么熊猫是黑白的？——基因决定命运1942年，ConradHalWaddington提出表观遗传学(Epigenetics)的概念，以此解释物种的内在基因与外观表现之间的关系。基因序列(Genotype)的改变可能导致功能及表型(Phenotype)的改变。基因型通过一些“偶然的、不确定的机制”决定了不同的表型。——生物的不同特征完全随机获得Waddington'sepigenetics基因型表型Waddington'sepigenetics基因型表型DNA双螺旋基因的结构基因表达受多种因素调控现代表观遗传学概念：基因的DNA序列不发生改变的情况下，基因的表达水平与功能发生改变，并产生可遗传的表型——生物的不同特征由基因定向调控表观遗传学的现象（基因表达的调控方式）：DNA甲基化表观遗传学的核心（最初始的调控方式）组蛋白修饰MicroRNAGenomicimprinting真核生物基因表达调控层次：1、DNA水平调节2、转录水平调节3、转录后水平的调节4、翻译水平调节5、翻译后加工的调节DNA转录初产物RNAmRNA蛋白质前体mRNA降解物活性蛋白质DNA水平调节转录水平调节转录后水平的调节翻译调节mRNA降解的调节翻译后加工的调节核细胞质DNA甲基化DNAmethylation的定义DNAmethylation是唯一发生在哺乳动物细胞内DNA合成后的修饰作用,是调节基因表达的机理之一。DNA甲基化能关闭某些基因的活性，去甲基化则诱导了基因的重新活化和表达。DNA甲基化能引起染色质结构、DNA构象、DNA稳定性及DNA与蛋白质相互作用方式的改变，从而控制基因表达。DNAmethylation的定义在甲基转移酶（DMNT）的催化下，DNA的CG两个核苷酸中的胞嘧啶（Cytosine）被选择性地添加甲基，形成5-甲基胞嘧啶（5-mC），这常见于基因的5‘-CG-3’序列DNA甲基化主要形成5-mC和少量的N6-甲基嘌呤（N6-mA）及7-甲基鸟嘌呤（7-mG）结构基因中广泛存在着相邻的两个CG，其中胞嘧啶的5位碳原子通常被甲基化,且两个甲基集团在DNA双链大沟中呈特定三维结构（CpG）CpG岛（cpgisland）结构基因组中70%～90%的独立CpG都被甲基化,未甲基化的CpG成簇地聚集形成CpG岛主要位于结构基因的启动子和第一外显子区域，约有60％以上基因的启动子含有CpG岛。—是结构基因启动子的核心序列和转录起始点CPGisland的功能：通过甲基化与去甲基化，调控下游基因的表达——基因表达的调控开关DNAmethylation的生物学功能在发育和分化中调控基因的表达；特征性表型基因的表达（肤色、毛发）X染色体的失活（X-inactivation）DNA甲基化生物学作用IAP:intracisternalAparticle去甲基化：灰鼠基因（agouti）仅微量表达甲基化：基因超量表达X染色体的失活（X-inactivation）生长发育过程中，雌性哺乳类动物细胞中的两条X染色体其中一条失去活性的现象。避免因拥有两条X染色体而产生双倍的基因产物，保持和雄性动物X染色体数量及功能上的一致性。X染色体上存在一个与X染色体失活有密切联系的核心部位。核心区命名位X染色体失活中心（X-chormosomeinactivationcenter，Xic），其定位在人Xq13区（Barr氏小体浓缩部位）。研究发现失活的染色体上DNA序列都呈高度甲基化，导致绝大多数基因转录处于关闭状态。X-chromosomeinactivation雌性家猫的一条X染色体完全失去活性RainbowCopyCatAllieX染色体失活影响DNAmethylation的调控因素DNA甲基转移酶(DNMT)的活性哺乳动物体内有三种DNA甲基化转移酶：Dnmt1、Dnmt3a和Dnmt3b。DNMT1---持续性DNA甲基转移酶；与甲基化相关，缺乏引起基因组低甲基化，染色体缺失、重排、突变畸形DNMT3a、DNMT3b---从头甲基转移酶；与去甲基化相关，在胚胎干细胞和早期胚胎中高度表达，缺乏引起胚胎死亡，在肿瘤组织中广泛高表达SCIENCEVOL30018APRIL2003正常小鼠(Dnmt1+/+)——阳性对照DNM1酶缺乏小鼠模型(Dnmt1chip/–)——实验组Embryonicstem(ES)细胞(Dnmt1–/–)——阴性对照Dnmt1chip/–小鼠Dnmt1酶的表达量明显减少，大约为正常小鼠的10%Dnmt1chip/–小鼠体重仅为正常小鼠66%80%的小鼠在4-8个月内产生T细胞性淋巴瘤c-myc癌基因在Dnmt1chip/–小鼠中异常高表达影响DNAmethylation的调控因素组蛋白的甲基化真核生物的组蛋白N末端或C末端氨基酸残基可生乙酰化、甲基化、磷酸化、泛素化等共价修饰，并影响基因转录。H3K9的甲基化与DNA的甲基化在基因的沉默机制中具有协同作用H3K4的甲基化拮抗DNA甲基化所产生的基因沉默影响DNAmethylation的调控因素RNA干扰一般认为RNA干扰(RNAi)是正常生物体内抑制特定基因表达的一种现象——翻译、转录后水平siRNA指导DNA甲基化(RdDM)现象证实：siRNA可以通过DNA甲基转移酶Dnmt1和Dnmt3b介导DNA甲基化——DNA水平DNAmethylationandOncology正常生物DNA甲基化DNA甲基化始发于胚胎早期，随着组织细胞分化发育，基因组DNA经历了去甲基化、区域性的重新甲基化以及组织特异基因选择性的去甲基化的过程。最后，这种DNA甲基化模式就相对稳定下来。肿瘤组织的DNA甲基化肿瘤中普遍存在DNA甲基化状态的改变，其特点是总体的甲基化水平降低与局部的甲基化水平升高。低甲基化可诱导原癌基因和转座子成分活化，基因印迹缺失以及染色体不稳定性增加，最终诱发肿瘤在整体低甲基化的水平下，某些抑癌基因发生高甲基化，导致基因沉默，对肿瘤抑制能力低下DNA甲基化与肿瘤的关系肿瘤细胞的特征：癌基因低甲基化——被激活；抑癌基因高甲基化——被沉默甲基化水平与肿瘤生物学特性密切相关，DNA甲基化水平越低，染色体越容易发生功能异常，肿瘤的浸润能力就越高，临床分期也愈晚常见易被甲基化的抑癌基因与修复基因及其作用基因基因沉默对肿瘤的意义肿瘤类型APC对细胞增殖、迁移、粘附、骨架重组及染色质稳定性失去调节作用乳腺癌、肺癌、食管癌、结肠癌、胃癌、胰、肝癌BRCA1与DNA修复与转录激活有关乳腺癌、卵巢癌CDKN2A/p16周期素依赖性蛋白激酶抑制剂GIT、头与颈部瘤、NHL、肺癌DAPK1钙/钙调素-依赖的丝氨酸/苏氨酸磷酸化酶;凋亡抑制肺癌E-cadherin增强增殖、侵袭与转移乳腺癌、甲状腺癌、胃癌ER激素抵抗乳腺癌、前列腺癌GSTP1失去对致癌物活性代谢产物的解毒作用前列腺癌、乳腺癌、肾癌hMLH1缺损DNA错配修复,基因点突变结肠癌、胃癌、子宫内膜瘤、卵巢癌MGMTp53-相关基因，与DNA修复及耐药性有关肺癌、脑瘤P15细胞的过度激活与增殖非白血性白血病、淋巴瘤、鳞状细胞癌、肺癌RASSF1A失去了对G1/S负调控抑制作用肺癌、乳腺癌、卵巢癌、肾癌、鼻咽癌Rb不能抑制DNA复制和细胞分裂必需的基因转录成视网膜细胞瘤、少突神经胶质(细胞)瘤VHL错误的降解RNA结合蛋白质，改变RNA稳定性肾细胞癌缩写:APC,adenomatouspolyposiscoli;BRCA1,breastcancer1;CDKN2A/p16,cyclin-dependentkinase2A;DAPK1,death-associatedproteinkinase1;ER,estrogenreceptor;GSTP1,glutathioneS-transferasePi1;hMLH1,MutLhomologue1;MGMT,O-6methylguanine-DNAmethyltransferase;RASSF1A,Rasassociationdomainfamilymember1;Rb,retinoblastoma;VHL,vonHippel-Lindau;GIT,gastrointestinaltract;NHL,non-Hodgkin’slymphoma.有学者研究认为,DNA甲基化是继基因结构变异即突变和缺失之后的第3种抑癌基因失活机制。CpG岛保护因子缺乏DNMT3高表达和DNMT复合体调控障碍复制周期时间错误DNA甲基化导致遗传不稳定性。MilutinovicS,DNAmethyltransferaseinhibitioninducesthetranscriptionofthetumorsuppressorp21(WAF1/CIP1/sdi1)[J].JBiolChem,2000,275(9):6353-6359.DNAmethylation的应用前景肿瘤的早期诊断基因启动子区域的CpG岛甲基化能沉默基因转录，在正常细胞中是一种调节基因表达的手段。然而抑癌基因发生异常甲基化是在肿瘤早期就发生而且一直进行的，导致恶性肿瘤表型的表达DNAmethylation的应用前景DNAmethylation的应用前景Kuester报道在88.19%(24/27)食管Barrett’s化生病例和100%(13/13)的上皮内瘤变病例中检测到MGMT基因异常甲基化，提示MGMT甲基化是食管腺癌早期频繁发生的事件。Kelavkar等发现ALDX15基因在前列腺上皮内瘤变、前列腺癌中以异常甲基化存在；而在正常前列腺细胞系中是以非甲基化状态存在，说明其异常甲基化与前列腺癌的发生关系密切。1.KUESTERD,etal.SilencingofMGMTexpressionbypromoterhypermethylationinthemetaplasia-dysplasia-carcinomasequenceofBarrett’sesophagus.CancerLett,2009,275(1):117-126.2.KELAVKARP,etal.DNAmethylationparadigmshift:15-Lipoxygenase-1upregulationinprostaticintraepithelialneoplasiaandprostatecancerbyatypicalpromoterhypermethylation.ProstaglandinsOtherLipidMediat,2007,82(1-4):185-197.DNAmethylation的应用前景优点：DNA甲基化检测具有早期、无创、快捷、灵敏度高等特点。（血液、粘膜上皮标本）缺点：特异性不足DNAmethylation的应用前景肿瘤的预后分析甲基化改变与肿瘤分级、分期有明显的相关性。RASSF1A甲基化在低分化肺癌中比在高分化中更常见在结直肠癌Dukes分期C和D的病例中CDKN2A,p16的甲基化率比A和B期的增高DASPM,DNAmethylationandcancer.JClinOncol,2004,22(22):4632-4642DNAmethylation的应用前景DNA异常甲基化可促进肿瘤的侵袭和转移乳腺癌中CyclinD2,RAR-β,Twist,RASSF1A和HIN-1的甲基化改变与淋巴结、骨、脑、肺转移有关MEHROTRAJ,etal.Veryhighfrequencyofhypermethylatedgenesinbreastcancermetastasistothebone,brain,andlung.ClinCancerRes,2004,10(9):3104-3109.DNAmethylation的应用前景甲基化可作为肿瘤复发的独立