序列算法及编程基础巩晶2014年6月3日

序列算法及编程基础巩晶2014年6月3日基本序列算法基本序列算法1.后缀树序列：SDSDFSDFG1:SDSDFSDFG$2:DSDFSDFG$3:SDFSDFG$4:DFSDFG$5:FSDFG$6:SDFG$7:DFG$8:FG$9:G$基本序列算法1.后缀树字符串S：SDSDFSDFG功能：1.查找字符串s是否在字符串S中:从树根开始，与s的字符逐一比对。s1:DFSD（在）;s2:SDFD（不在）基本序列算法1.后缀树字符串S：SDSDFSDFG功能：2.找指定字符串s在字符串S中的重复次数：从树根开始，按照功能1的办法找到s，然后看s之后有几片树叶。s1:SD（3次）;s2:DF（2次）基本序列算法1.后缀树字符串S：SDSDFSDFG功能：3.找字符串S中的最长重复子串：找到从树根到所有节点（非叶片）的子字符串，从中找到最长的。SDF基本序列算法1.后缀树$的作用：如果某一个后缀是另一个后缀的前缀，那么需要用$标识出一个独立的叶片。序列：SDSDFSD1:SDSDFSD$2:DSDFSD$3:SDFSD$4:DFSD$5:FSD$6:SD$7:D$基本序列算法2.最高分子序列问题Input:一个序列(a1,…,an)∈RnOutput:一个子序列(ai,…,aj)，使得函数f(i,j)最大，f(i,j)=∑ahjh=i最短原则：在几个子序列同时拥有最高分时，如果某一个完全包含在另一之内，则只返回被包含的那一个。基本序列算法2.最高分子序列问题生物学应用：（1）预测蛋白质序列跨膜区域。疏水氨基酸[0,3]，亲水氨基酸[-5,0]。基本序列算法2.最高分子序列问题生物学应用：（2）预测DNA序列中富含GC区域。G,C给正分；A,T给负分。基本序列算法2.最高分子序列问题Input:一个序列(a1,…,an)∈RnOutput:一个子序列(ai,…,aj)，使得函数f(i,j)最大，f(i,j)=∑ahjh=iNaïve算法：对于所有i=j∈[1,n]，计算f(i,j)，在找出最大值对应的(i,j)。所有可能的(i,j)组合的数量，即计算f(i,j)的次数：(n-1)+(n-2)+…+1=n*(n-1)/2=O(n2)计算一次f(i,j)所需的步骤：O(n)=Naïve算法的总运算步骤为O(n3)一个算法的运算步骤：k-log(n)-n-n*log(n)-n2动态算法：O(n2)分而治之算法：O(n*log(n))聪明算法：O(n)编程基础Linux是什么？-----Linux是一个操作系统！…………Linux介绍可视化窗口操作命令行操作远程连接Linux从Windows远程登录Linux：PuTTY：命令行操作1.HostName(orIPaddress)Eg.tollml.lrz.deHostname1.51.215.61IPaddress2.Username3.Password123从Windows远程登录Linux：WinSCP：文件传递远程连接Linux远程连接Linux从Linux远程登录另一Linux：远程登录命令：sshusername@hostname退出远程登录将当前机器上的文件拷贝到另一机器上“终端(terminal)”是向计算机发出命令的一个“窗口”。类似于Windows下的DOS命令窗口。Linux基本命令1.显示日期与时间的命令：date2.显示日历的命令：cal3.简单好用的计算器：bccal的语法：cal[[month]year]试试：cal102014cal2014+加，-减，*乘，/除，^指数，%余数1/3为什么等于0？答：bc默认只输出整数部分通过scale=number设定小数点后位数输入quit退出计算器几个基础的“热身”命令：0.ls命令=Dos里的dir重要的热键[Tab],[Ctrl]-c,[Ctrl]-d：[Tab]键具有“命令补全”与“文件补齐”的功能。输入ca，在a后紧接着按两次[Tab]键，则所有以ca开头的命令都被显示出来了。输入ls.bash后按两次[Tab]键，则所有以.bash开头的文件名都会被显示出来。想不起来完整的文件名或命令名时，输入开头的几个字母再按下[Tab]键，会自动帮你补齐或者给你足够的提示。好好利用[Tab]键，可以让你避免很多输入错误的机会。Linux基本命令重要的热键[Tab],[Ctrl]-c,[Ctrl]-d：[Ctrl]-c命令终止按键（Ctrl和c一起按）出现一堆东西在刷屏输入find/后，系统会开始跑一些东西，此时按下[Ctrl]-c组合键，命令立刻被终止了。如果你在Linux下输入了错误的命令或参数，有的时候这个命令或程序会不停的运行，这个时候按[Ctrl]-c组合键就可以让当前的程序“停下来”。注意：如果你正在运行比较重要的命令或程序，还是等它自己跑完了停下来再说吧，别随便用这个组合键，不然你的工作就白做了。[Ctrl]-d输入结束按键（Ctrl和d一起按）可以代替exit的输入。Linux基本命令查命令，找“男人”某个命令不会用，比如date，输入“mandate”就会出现详细的命令说明。这个man是manual的简写。Linux基本命令按PgUp，PgDn上下翻页，按q退出Linux基本命令目录与路径几个常见的处理目录的命令：•cd：切换目录•pwd：显示当前目录•mkdir：创建一个新的目录•rmdir：删除一个空的目录用符号代表的特殊目录：•.代表此层目录•..代表上一层目录•-代表前一个工作目录•~代表“目前用户”所在的主文件夹•/代表根目录绝对路径：由根目录“/”写起相对路径：不是由根目录“/”写起仅输入cd，代表的就是“cd~”的意思，即，回到自己的主文件夹。Linux基本命令目录与路径几个常见的处理目录的命令：•cd：切换目录•pwd：显示当前目录•mkdir：创建一个新的目录•rmdir：删除一个空的目录mkdir加了–p这个参数后，可以自行创建多层目录。rmdir加了–p这个参数后，可以连通上层“空的”目录一起删除。Linux基本命令文件与目录管理几个常见的命令：•ls：查看文件与目录参数：-a:全部的文件，连同隐藏文件（开头为.的文件）一起列出来-A：全部的文件，连同隐藏文件，但不包括.与..这两个目录-l：列出文件的详细信息，包括属性、权限、文件大小、日期等-hl：等同于-l，只是文件大小以人类较易读的方式（GB，KB等）列出来-R：连同子目录内容一起列出来，等于该目录下的所有文件都会显示出来-S：以文件容量大小排序，ls默认以文件名排序-t：以时间排序……Linux基本命令文件与目录管理几个常见的命令：•cp：复制参数：-i：若目标文件已经存在，在覆盖时会先询问操作的进行-r：用于复制整个文件夹（包括文件夹里的内容）•rm：删除参数：-i：若目标文件已经存在，在删除时会先询问操作的进行-r：用于删除整个文件夹（无论是否是空文件夹）（rmdir–p只能删除空的文件夹）文件与目录管理几个常见的命令：•mv：移动文件或更名Linux基本命令1.把文件“test.txt”移动到文件夹“test1”里2.将文件“test.txt”更名为“test1.txt”3.复制文件“test1.txt”,新文件为“test2.txt”4.把文件“test1.txt”和“test2.txt”同时移动到文件夹“test2”里1234Linux基本命令文件内容查阅几个常见的命令：•cat：将文件的第一行到最后一行连续显示在屏幕上。加参数“-n”可以打印出行号，连同空白行也会有行号。•tac：与cat相反，将文件的最后一行到第一行反向在屏幕上显示出来。•more：一页一页翻动。空格：向下翻一页；回车：向下滚动一行；q：退出。•less：一页一页翻动。空格：向下翻一页；PgDn：向下翻一页；PgUp：向上翻一页；q：退出。•head：取出前面几行。默认情况显示前10行。加上参数“-nnumber”可以显示前number行。•tail：取出后面几行。默认情况显示后10行。加上参数“-nnumber”可以显示后number行。Linux基本命令创建、修改一个纯文本文件几个常见的命令：•vi：程序编辑器1.2.按“a”，进入“Insert”模式，即输入模式。3.输入文本内容4.输入结束后，按“Esc”，退出“Insert”模式。5.输入“:wq”回车，保存退出。若只输入“:q”，则退出，不保存对文件内容的更改。