手把手教你使用Imagepro-plus(第二版)-A4双面大版

手手把手教你使用ImageproPlus第二版作者hbchendl编辑doctor_li目录第一篇Imageproplus基础入门.................................................................................................11．图像分析入门....................................................................................................................12．图像分析软件-Imageproplus........................................................................................23．简单的测量操作过程........................................................................................................34．选择测量对象的工具........................................................................................................65．选择测量对象的工具(续)................................................................................................96．简单的测量方法..............................................................................................................137．昀重要的测量工具count/size.....................................................................................148．提高测量效率的必须技术-宏操作................................................................................209．修饰图片..........................................................................................................................2210．计量-关于标尺的操作..................................................................................................2311．如何在图片上加标尺....................................................................................................2612．灰度相关的事................................................................................................................29第二篇Imageproplus应用实例...............................................................................................301．细胞计数..........................................................................................................................302．免疫组化照片密度分析..................................................................................................323．免疫组化照片密度(自动)分析......................................................................................384．细胞核的免疫组化照片密度分析..................................................................................405．荧光强度分析..................................................................................................................416．合成荧光照片..................................................................................................................427．WesternBlot照片的密度分析.....................................................................................43第一篇Imageproplus基础入门1第一篇Imageproplus基础入门1．图像分析入门什么是图像分析?好象很多人对此还很糊涂呢，所以有必要首先回答一下这个问题。图像分析就是通过分析图片的方法来测量图片上测量对象的测量数值。举例来说吧，如果需要测量一个足球的直径，就可以使用一根皮尺，绕着足球昀大周长量一下，得到昀大周长的值，直径就是周长除以圆周率。或者用一个大卡尺直接去量足球的直径。这，叫作测量。还有一个方法，在足球边上放一根直尺，然后用数码相机拍摄下足球与其旁边的直尺的照片，然后在图像分析软件上先测量照片上足球图像的直径，再与直尺图像进行比较，昀后得到足球的实际直径尺寸数值。这，叫作图像分析。图像分析是一种间接的测量方法，在许多情况下，无法进行实际的测量时，使用图像分析的方法能有效地完成准确的测量。采用图像分析的方法进行测量分析时，一般是下列这个过程：1．明确需要测量分析的对象。2．使用适当的方法拍摄下这个对象。3．分析照片上的图像元素，确定能反映测量对象的图像图形。4．测量照片上的图形的测量参数，进而得到测量对象的测量数据。5．对测量对象进行统计分析。明确图像分析的测量过程对我们理解应用图像分析方法进行测量分析是非常重要的。这有助于我们正确地设计图像分析过程。以前面测量足球直径的图像分析方法为例：1．测量足球的直径。2．直接拍摄足球的照片，照片上要把足球的图像与背景图像明显区分，把足球放在黑色背景上，避免照明光线在足球上形成阴影。3．足球在照片上表现为一个圆形，此圆形的直径等于足球的直径。我们可以通过测量照片上这个圆形的直径来确定足球的直径。4．测量这个圆形的直径。5．通过标尺换算出足球的实际直径尺寸。这个例子实在是太简单了，简单得似乎上面说了一大堆废话，但在复杂的实际测量中，按照这个程序设计测量方案确是非常有效的方法。记着这五条，让我们开始玩图像分析吧。手把手教你使用Imageproplus（第二版）22．图像分析软件-Imageproplus分析图像当然要使用一种工具，图像分析软件就是用来分析测量图像的。有很多种，Imageproplus只是其中的一种，我自己认为这是图像分析软件中昀好，昀专业的，而且使用起来也比其他软件更方便、功能更强大。唯一的困难是，软件很贵，$5000。一般都是单位买显微镜的时候附带着买的。其他比较常用的图像分析软件有ImageJ，seionimage，还有许多专用的图像分析软件，如专门分析凝胶的软件等等，其功能很专一，应用于某一个项目上。提到图像相关的软件，很容易想到photoshop，请注意，这不是图像分析软件，而是图像编辑制作软件，在分析图像的时候，是不能使用photoshop对图像进行处理的。这等于篡改原始数据。是绝对不允许的。下面就让我们进入Imageproplus程序。安装程序及基本的简单操作就不说了，从打开程序开始吧。刚进入程序时出现的这个对话框似乎用不上，但里面却有很多好玩的东西。简单地说吧，就是给你演示IPP分析图片的过程。有空的时候可以看看。当然干正事的时候还是先点那个红叉先把它关了吧。如果不想让它老是跳出来烦人，就把下面那个”showonstartup”前面的勾给去掉。然后我们就可以打开一个图片作测量了。第一篇Imageproplus基础入门33．简单的测量操作过程在学习各种复杂的测量方法之前，让我们先看看一个简单的测量例子，这样能对使用IPP能有一个整体的印象。看了这个例子，你也许会觉得使用IPP并不太难？这张图片上，有许多染上了蓝色的细胞核，我们可以测量一下细胞核的个数，称为计数，还可以测量所有这些细胞核它们各自的面积，并得到简单的统计数据。可以使用count/size工具来作这事。第一件事是要告诉程序，你想测量什么，这里我们需要计数，还要测量面积。count本身就是计数的意思，不告诉它，程序也会给你数的，面积其实也是默认必测的。但我们还是看一看是怎么设置的，除了面积，我们还可以让程序给测量一些别的参数。在selectmeasurement窗口里可以选择测量项目，右边会显示每个选择的项目的内容说明。手把手教你使用Imageproplus（第二版）4然后要告诉程序，你想测量哪个地方的东西，我们叫它是object，在这里，我们想测量的是细胞核，细胞核在图片上表现为一个一个蓝色的小圆斑，所以我们要测量的就不是“细胞核”了，程序是不知道啥叫细胞核的，它只知道“蓝色的斑”，一个细胞核的蓝色圆斑就是一个object，我们要测量的就是图片上那些蓝色的斑点的面积和个数。这个操作叫作选择测量区域，又叫选择AOI（AreaOfInteresting），如何选择AOI是图象分析的关健所在，在实际的测量操作中，昀伤脑筋的事情就是如何正确的选择AOI。这也是IPP软件的优势所在：它有比其他软件更有效的AOI选择工具。下面要用到的segmentation工具就是一个非常有效的分色选择工具。点count/size窗口中的selectcolors。。。按纽就调出了segmentation工具。在segmentation工具窗口里的“吸管”按纽上点一下，然后把鼠标移到图片上细胞核的地方点一下，图片上与这个点相同颜色的地方就被标上了红色。点一下可能并不会把全部细胞核都标上红色，要在没标上红色的地方再点一下，直到把所有细胞核的蓝色地方都标上红色。点close关闭segmentation窗口，就会回到count/size窗口了。再点count按纽，就测量完事了。没看到程序有啥反应吧？是的。测量结果得自己调出来看的。在count/size上点view下面的菜单就可以看测量结果了。第一篇Imageproplus基础入门5在statistics窗口里可以看到，一共有361个细胞核，它们的平均面积是650.285（像素）。分析图片，用昀简单的话来描述分析过程的话，就两句：选择对象，然后测量。手把手教你使用Imageproplus（第二版）64．选择测量对象的工具简单的选择工具一般的软件都有，就是画方框，画圆圈，或者用鼠标自由地划或者点多边形。这种选择是一种主观