Bio-Rad凝胶成像GelDoc XR和ChemiDoc XRS及Quantity One安装培训

GelDocTMXR&.ChemiDocTMXRSTheDiscoverySeriesQuantityOne®1-DAnalysisSoftware培训教程Bio-Rad2007年4月-1-目录第一部分仪器清点及安装…………………………………2简介……………………………………………………2仪器清点………………………………………………2仪器安装………………………………………………3仪器各组成部分介绍…………………………………3图像采集………………………………………………5凝胶切割………………………………………………5注意事项………………………………………………5第二部分仪器及QuantityOne软件分析操作……………6简介……………………………………………………6图像获取………………………………………………8基本图像优化…………………………………………12图像分析………………………………………………13一、定量分析…………………………………………13二、条带分析…………………………………………16三、结果输出…………………………………………21常见问题及处理…………………………………………22订货信息……………………………………………………24联系方式……………………………………………………25附录：软件密码注册表……………………………………26-2-第一部分仪器清点及安装简介：GelDocXR和ChemiDocXRS是Bio-Rad凝胶成像家族的两个成员，它们的特点是操作简便、功能齐全。它们采用自动控制的光学透镜CCD摄像头，便于进行缩放、聚焦和光圈大小等的调节，以实时采集图像。高精度的12位CCD使图像数据达到4096级灰度，能满足普通实验室各类凝胶以及印记膜的成像需求。除此以外，ChemiDocXRS的CCD是一个可冷却45℃的超冷CCD，特别适合于化学发光等微弱信号的检测。QuantityOne是凝胶成像仪附带的图像分析软件，并且可以直接控制这些仪器。拍好的图像直接通过QuantityOne打开，可以灵活地实现蛋白及核酸的一维电泳凝胶分析以及聚类分析、克隆计数等，并可轻松实现各种分析结果的输出。仪器清点：选配件：170-7950WhiteLightTransilluminator或170-8001WhiteLightConversionScreenPC要求：io-RadQuantityOne软件应用讲义-3-仪器安装：(详见工程师安装手册)1.检查电源2.按要求连接仪器，安装操作系统和图像采集卡（ChemiDocXRS的图像采集卡要等到驱动程序安装完成后再插入）。3.安装驱动程序（ChemiDocXRS的图像采集卡要等到驱动程序安装完成后再插入）。4.安装Q1软件5.运行Q1软件，生成DarkReference6.运行Q1软件，检查zoom，focus，iris工作是否正常，滤光片位是否正常7.用荧光标尺或荧光板，检查图像仪能否正常摄取图像8.获取SystemID9.将SystemID和软件序列号记下，同时提交《软件密码注册表》，用户用英文填写（名称要用全称）好后带回或由用户按表中所示传真回公司。仪器各组成部分介绍IUniversalHood（正面大体）镜头及滤光片位控制面板紫外透射平台io-RadQuantityOne软件应用讲义-4-II控制面板III背面开关及保险丝IV镜头及CCDUniversalHood电源开关（ChemiDoc另有镜头开关）GelDoc镜头ChemiDoc镜头滤光片选择杆io-RadQuantityOne软件应用讲义-5-VUniversalHood内顶部图像采集用成像仪自带的荧光标尺和带刻度的透明塑料板，参照后文GelDocXR成像的方法，按紫外透射、白光透射以及侧面白光三种模式分别采集一次图像。要求成像清晰、明暗适中。凝胶切割将抽屉式紫外透射平台完全拉开至最大，将待切割的样品放置其上。安装上有机玻璃保护屏，打开“TransUV”和“PrepUV”。操作者戴上手套，站在保护屏后进行切胶操作。注意事项：1．安装ChemiDocXRS的图像采集卡时，要先安装其驱动程序，再将图像采集卡插入；2．如果软件的密码狗不能被正常识别，请安装带补丁的驱动程序或向Bio-Rad安装工程师求助；3．在给用户安装图像仪和软件前，先提醒用户保存好申请来的密码、软件序列号和密码狗。4．培训仪器时，提醒用户不要将潮湿的样品长期放在暗箱内，以防腐蚀滤光片，更不要将液体溅到暗箱底板上，以免烧坏主板。5．提醒用户仪器用完，及时关上电源，特别是ChemiDocXRS的CCD电源；6．提醒用户勿用控制成像仪的电脑上网，也不要自行重装电脑操作系统或给操作系统升级。io-RadQuantityOne软件应用讲义-6-第二部分仪器及QuantityOne软件分析操作培训目的：1．熟练掌握凝胶成像仪对一维电泳凝胶图像的获取；2．熟悉用ChemiDocXRS对印迹膜的化学发光检测；3．熟悉QuantityOne的定量分析和条带分析流程。时间安排：成像仪的使用培训大约需要20－40分钟，QuantityOne软件培训时间大约为1小时。简介凝胶电泳是每个做分子生物学的研究者天天都要打交道的基本技术。电泳之后的信息处理与电泳本身同样重要。目前有大量软件可以用于分析电泳结果，今天要向大家介绍的是Bio-Rad公司的1D凝胶分析软件QuantityOne（Bio-Rad还有一个做2D凝胶分析的软件PDQuest）。QuantityOne软件是常用1D凝胶分析软件中功能最强大，自动化程度最高的软件。这个软件的最新版本可以在Bio-Rad的网站（）免费下载，以供试用或用户升级之用。QuantityOne软件的主要功能包括定量分析(VolumesQuickGuide)，电泳条带分析(BandAnalysis)，差显分析(DifferentialDisplayAnalysis)，克隆计数(ColonyCountingAnalysis)等，此外，还可以直接控制Bio-Rad公司的各类图像仪和ExQuest自动切胶仪，使您的凝胶分析工作变得极为轻松。QuantityOne软件拥有与windows操作系统下绝大多数应用软件相同的友好界面。插入密码狗，打开QuantityOne软件，可以看到最上缘蓝色横条幅是标题栏，往下依次是菜单栏和工具栏。io-RadQuantityOne软件应用讲义-7-每个菜单的主要功能如下：File图像打开、保存、引入、打印等操作Match分子量估算、条带匹配分析Edit图像普通编辑操作Volumn定量分析View图像缩放、三维视图、看光密度值等操作Analysis浓度估算、克隆计数等分析Image图像旋转、翻转、裁切等操作Reports分析结果输出Lane泳道分析Window窗口分析Band条带分析Help帮助、快捷菜单、软件注册等往下一行是工具栏，上面每个按钮的功能见下表：打开文件图像显示控制条带分析工具保存操作显示条带匹配工具打印图像去除分析标记轮廓修改工具看全图图像工具打印快捷指南局部放大文字工具定量分析快捷指南拖曳定量工具条带分析快捷指南放大并居中灰度分析工具克隆计数快捷指南缩小并居中泳道分析工具QuantityOne软件HelpQuickGuide快捷指南提示如何实现一个功能，如定量分析(VolumesQuickGuide)，电泳条带分析(BandAnalysis)，差显分析(DifferentialDisplayAnalysis)，克隆计数(ColonyCountingAnalysis)等。快捷指南下有1，2，3…步骤，根据提示完成。使用QuantityOne软件进行电泳结果分析，通常包括图像获取、图像优化、分析、结果输出四部分，参考下图：io-RadQuantityOne软件应用讲义-8-图像获取就是通过软件控制扫描仪（GS-800、PharosFX等）或凝胶成像系统（GelDoc、ChemiDoc、VersaDoc等）获取图像的过程。图像优化就是将扫描或拍照获得的原始图像进行初步处理，以便更好地进行后续分析。接下来是分析过程，根据分析的方法和目的不同，又可以分为定量分析、条带分析、克隆计数、差异（聚类）分析等等。不管如何分析，最终我们都必须通过软件的输出功能，得到我们想要的结果。QuantityOne软件提供了多种结果输出方式。在接下来的几章里，我们将按照这个思路，一步步引导您使用这一软件。图像获取QuantityOne4.4－4.6版本可以控制Bio-Rad目前几乎所有的图像仪，如GelDocXR、ChemiDocXRS等。这些图像仪采集到的图像，可以直接保存成软件可直接分析的图像，即扩展名1sc的原始图像文件。下面将具体介绍如何通过QuantityOne软件从GelDocXR和ChemiDocXRS获取图像。一．GelDocXRGelDocXR是Bio-Rad凝胶成像系统中最常用，操作最简便的仪器，它可以用来拍摄EB、SYBRGreen等染料染的核酸电泳凝胶；SyproRuby、银染、考马斯亮蓝等方法染的蛋白电泳凝胶；以及化学显色的印记膜等。使用GelDocXR之前，先接通电源，打开位于仪器背面右下角的电源开关；然后根据具体的应用选择合适的照明和滤光片位置。原则如下：模式1模式2模式3照明类型紫外透射白光透射侧面白光适用样品EB、SYBRGreen、SyproRuby等需要紫外激发的透明样品金属银、考马斯亮蓝等染料染色，直接可见的透明样品化学显色等非透明可见样品载物平台抽屉式紫外透射平台白光转换屏(170-8001)或白光板(170-7950)抽屉式紫外透射平台光源按钮“TransUV”白光板：“TransUV”白光转换屏1：“TransWhite”“EpiWhite”滤光片位IIO不管使用何种模式，基本的操作过程都是这样的：1．将样品置于适当的载物平台上2．关闭暗箱门3．调整滤光片4．打开相应光源5．接下来打开QuantityOne软件，选择File》GelDocXR，按以下顺序操作：1白光转换屏有自己的电源开关，位于屏下方，打开后不必每次都关闭这个开关。io-RadQuantityOne软件应用讲义-9-①按下Live/Focus，成像仪进入实时成像；②选择照明模式，一般荧光样品选择UV,普通透射或反射样品选择White模式注意：该选项对图像数据格式有影响，但不能代替光源选择。③此功能有三个上下键按钮：IRIS（光圈），ZOOM（缩放），FOCUS（聚焦），您可在软件上直接调节或在仪器面板上手工调节调节步骤：a调大IRIS，以看到图像b点ZOOM,将胶适当放大c调节IRIS至合适大小（一般情况下尽量选择小光圈，因为小光圈景深大，图像更清晰)d调节FOCUS，至图像最清晰④单击AutoExpose,系统将自动选择曝光时间成像（系统默认0.15%的像素饱和的成像时间为最佳时间，在Options对话框中可以修改该项设置），如不满意，单击ManualExpose，并输入曝光时间（秒）①③②④⑤⑥⑦⑧io-RadQuantityOne软件应用讲义-10-⑤图像曝光满意后，按下“Freeze”按钮。⑥按下“Analyze”按钮，将弹出一个新窗口显示图像，以供分析。⑦第5步结束后，也可以按下“Save”键，保存图像。二．ChemiDocXRSChemiDocXRS是Bio-Rad另一款常用的凝胶成像仪，它不仅具有GelDocXR的全部功能，而且还有卓越的化学发光检测功能。它配备一个功能强大的超冷CCD，具有很高的灵敏度，能检测微弱的WesternBlot化学发光信号。ChemiDocXRS的操作与GelDocXR类似，主要的不同在于操作者需要首先选择要拍摄的样品类型(SelectApplication)，软件会自动调整数据采集模式。用户还可以根据自身样品的特殊性选择适当的照明模式和像素捆绑2水平。接下来打开QuantityOne软件，选择File》ChemiDo