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CASTEP实战守则模型选定我们在进行材料物理模拟所需要做的第一步(也是很重要的一步)是模型的选定或建构。CASTEP虽然内建了很多功能来预测晶胞参数(边长,夹角)与原子位置,但仍然仰赖使用者告诉它要进行计算的系统是什么。在选定模型时,我们需切记如果系统内原子太多或是超晶胞体积太大,则计算量都会以平面波数的3次方增加到计算机难以负荷或使用者难以等待的程度,因此,我时时应考虑设计出一个足以表现出我们所想要研究的物理,而却又能使所有采用的超晶胞越少越好的模型。如果研究上涉及到一系列原子数不同的大小系统需要做计算,最好能先计算小结构,不要一开始就送入大结构到计算机中。如果要的系统是含有杂质,则单位晶胞必须进一步放大成超晶胞以便使化学成分里的分数变成整数,因此晶胞会变得很大。在某些特殊的情况,相互取代的元素种类是很类似的,(即在化学行为上类似),则下一个版本的CASTEP会提供一种叫做虚拟晶体近似(VirturalCrystalApproximation,VCA)的方法,则模型里面的原子就可以指定成如0.3A元素加0.7B元素这种样子,因此总可以以最小晶胞来做计算的模型。但这种方法的精确度通常只适用于合金材料,故要小心使用。模型的选定有许多人为抉择会含在里面,例如表面计算的层数,因此有些情况也需要进行所谓的收敛性测试。1材料科学论坛flash整理制作◎感谢台湾淡江大学李明宪老师的辛勤工作!◎-flash于2006/04/14CASTEP实战守则赝势选择Vps选单MS接口的设定是选用USP优先于NCP,USP有加速计算与减少内存使用的效果,其精确度也与NCP(norm-conservingpotential)相当。至于什么时候使用NC呢(就是在poseudopotential选项中那些延伸文件名是.recpot者),使用到NCP的场合有:1.某些CASTEP计算的功能尚未支持到USP,因此需要选用NCP。2.为了要与已经发展的文献比较或进行验证3.对计算的结果存疑者,能提供『多一种选择』(注:至于延伸档名是*.psp者也是属于norm-conserving的一种,是TMpotential,在文献上也常被使用,但所需的截止动能较高,因此计算代价较大。)VpsinformationCASTEP/MaterialsStudio套件所包含的Vps都经过测试并纪录其在使用不同E-cut(截止功能)情况之下的总能收敛程度,其中后者会在使用者选定计算质量是coase,medium,fine时,依照收敛度的需求决定CASTEP进行计算时实际要用多高的平面波截止功能(及要用多少个平面波求作波函数及电荷密度的傅立业展开)。而前者以批注的方式纪录在Vps的文件头,可以使用一般的文字编辑器来阅读。我们只到在Vps数据库存放的地点(C:\ProgramFiles\Accelrys\MSModeling3.0\Data\Resources\Quantum\Castep\Potentials)就可以直接打开阅读。2材料科学论坛flash整理制作◎感谢台湾淡江大学李明宪老师的辛勤工作!◎-flash于2006/04/14coarsemediumfine使用coarse之E-cut所算出之总能,除以系统总原子数后,每个原子的误差在1.0eV之内,同理:medium→0.3eV之内,fine→0.1eV之内。precise则是fine的E-cut值再加10%同元素但不同的Vps同元素但不同的Vps,含有什么不同的选择?(1)近似半径不同(如O_00.recpot用于氧化物,O_01.recpot用于分子)(2)价电子数不同(如13个价电子的Ga_00.recpot可用于GaN,但更简单的GaAs只需3个价电子的Ga_01即可)最近user遇到的例子:以norm-conservingpotential计算InN,选用了预设的In_00.recpot,但它是为金属态铟设计的Vps。应选In_01.recpot才定合用于InN者。3材料科学论坛flash整理制作◎感谢台湾淡江大学李明宪老师的辛勤工作!◎-flash于2006/04/14CASTEP实战守则精确性测试(accuracytest)选择一个元素成份结构排列接近所要研究的系统,但是其单位晶胞成份是分子结构却是小得多,来进行物性的预测并与实验比较(通常是晶胞参数或分子键长等简单的性质)此一测试结构的选取上,往往也与什么结构恰好有实验值有关.自然在众多可能选取的已知实验所得的性质里,尽可能取与我们研究目标有关的物理量,则将来所获得结果的可信度也就越高。4材料科学论坛flash整理制作◎感谢台湾淡江大学李明宪老师的辛勤工作!◎-flash于2006/04/14CASTEP实战守则收敛性测试举凡计算物理中利用数值方法的研究,其结果都不能具有数学上相当于定理证明的效力。任何计算物理的研究为了要确保其可靠性,那需要针对所有的人为选择参数进行收敛性测试,也就是说,要以要好的参数精细度精细度去计算同一个我们所要的物理量,直到所需的物理量在我们所需要的精确度范围之内已经不在改变为止。换句话说,对于人为选择参数,要进行一番测试以显示即便再增加精细度,也不会再改变我们所要下的科学判断或结论。MaterialsStudio及CASTEP针对各种需求可以允许人为条控的参数,都会设有合理的默认值,足以胜任一般常见之材料研究所需,然而,针对据挑战性或罕见的新材料物性计算,或是希望将结果发表于学术期刊,因而要接受较严格的检验的时候,仍然必须要进行收敛性测试。常见之需要进行收敛性测试的参数有:计算品质(quality,即平面波截止动量),k-点取样的密度,计算光学性质时的系统的空轨域(未占据态)数。空轨域用得少,在光学性质所造成的误差明显会看的出来。通常比较不需要改变的人为参数,包含自洽场能量容忍度进行几何最佳化,原子上受力及晶胞受应力的容忍度。其中自洽场迭带的能量容忍度就是那上一步与这一步之总能差小于多少范围之内的时候,系统便认为目标已达成而停止自洽场迭代。至于几何最佳化所设定的力学应力容忍度,则影响最佳化后晶体结构与理想最低能量结构的差异。另外,能带结构或光学计算的作用的迭代数上限,遇到较复杂的晶体或是较繁复的交换相干能计算时,也可能需要调大。(如BS_MAX_ITER,但这个参数要在编辑参数文件的模式下改,详见能隙修正范例)5材料科学论坛flash整理制作◎感谢台湾淡江大学李明宪老师的辛勤工作!◎-flash于2006/04/14CASTEP实战守则重要参数调控Task:选择Task(工作选项),这是使用CASTEP做计算时,第一个要决定要回答的问题,在不同的Task底下,含有进一步不同的调控参数,以其它所能伴随的可一并计算的性质(properties)Qualty:Qualty这是决定了要用多少平面波来富利叶展开波函数及电荷密度,越多则计算结果越精密,但代价(CPUtime及内存需求)也越高,一般coarse只能用来确定设定上没有明显的问题,也就是这样设程序能跑或是再教学时求一个快速定性可作图的解答,略为可信的趋势一般至少都要用到Medium,而发表学术期刊的话,除非已做过周延的收敛测试证明不用那么高,否则至少都会要用到fine的精密度。k-point:对于一个无限周期的晶体而言,量子的解只要是不同的K值便是一组独立的解,,而系统的总电荷密度则由所有不同K的量子态来构成,照理说,我们要取非常非常多的K-point的波函数才能正确地产生出空间中电荷密度分布,所幸根据实际经验或是K.P方法(见Marder或其它固态物理教科书)的分析,相似的K值它们的波函数形状及能量本征值几乎一模一样,因此我们得以采用一个粗糙的取样而仍可正确地重视电荷密度在空间中的分布,.值得注意的一点是,,布里渊区之内各个K点都是平等一样重要的,因此取样必须均匀。LDA与GGA:LDA的成功与缺点LDA说起来是一个相对简单且简化的近似,然而它在预测晶体材料的机械结构(如晶格常数a,b,c, , , )及能带结构上却有出乎众人意料之外的成功。后来学者专家探讨其原因,而归纳出一些理由,其中最重要的就是,虽然它是很大的近似,但它仍满足某些交换相干能在原理上就原本应该具有的重要的SumRule。6材料科学论坛flash整理制作◎感谢台湾淡江大学李明宪老师的辛勤工作!◎-flash于2006/04/14分子键能包含化学吸附的吸附能能隙GGA的想法与结果LDA这个近似的想法,假设交换相干能只受局电子云密度的影响,而此交换相干能量泛函的建立,本是在均匀电子气体状况之下。它对于GGA代表GeneralisedGradientApproximation,是泛指以增加与电荷密度梯度有关的量来对既有之LDA的缺点加以改进。也就是说,GGA的交换相干能量泛函,不再是只跟空间中局部位置点上的密度ρ之大小有关,也还要跟该位置点上的密度梯度▽ρ之大小有关。藉由此额外因素的加入,不只是密度值本身能影响交换相干能,密度的变化率也能,如此造成对键能的计算会比较精确一点。GGA版本有好几种,并不一定比LDA结果好。PW91曾经是物理学家较爱使用的,同时适用于分子与晶体,因此成为CASTEP接口上做默认值。参考数据请见:AgoodanddetailedreferenceforExcfromS.J.Clark'sGroupinDarhum:,AChemist'sGuidetoDensityFunctionalTheory,Wiley-VCHParrandYang,DensityFuctionalThoeryofAtomsandMoleculs,OxfordUniversityPressinitialspin7材料科学论坛flash整理制作◎感谢台湾淡江大学李明宪老师的辛勤工作!◎-flash于2006/04/14对于有磁矩的系统,我们必须打开spin-polarise计算功能,初始spin最好设下一点,,例如,算出系统(超晶胞)中有几个磁性原子,而每个原子的未配对自旋电子数(如d**6就是4)会加在一起,来作为spin的初始值.磁性系统对于不同的initialspin较易陷入亚稳态,这是必须注意,如(比较其间的总能是决定基态的最终手段)常用的K-point取样策略是所谓的Moakhorst-Park取样策略,只要使用者给定三个参数,q1,q2,q3,它就把布理渊区沿三个倒空间晶格向量方向分成q1,q2,q3等分,而仍能保持在倒空间连续延伸时等间隔的状态(也就是说,若每个k点到下个k的取样点之距离是∣△G∣,则第一个取样点与最后一个取样点离它们旁边在布里渊区边界的距离都是∣△G∣/2,如此保证真的任何一个取样点到下一点的间距都是∣△G∣,即使是跨越了倒空间格之向量亦然。如此之取样设定有利于当晶体都是表面具有些对称时,这些对称性可以被程序分析来简化计算。总之q1,q2,q3是取样上的重要调控参数,或是在ElectronicOptions里头用k-pointseparation来完成一个对倒空间之各方面都适用(接口会取最接近值)的数值,也是非常方便(亦常见于学术文献)的做法。Vacuum(真空)注意,若是我们要进行的模型是分子,则除了取一个较大的超晶胞之外,"一定要取一个k-point为Gamma点",这是为分子本身在空间中不是周期性的,因此任何不是Gamma的k-point值(即﹝0,0,0﹞)都不具意义,且是错误的。算分子时的真空间隔或算表面时的真空层要取多厚才是安全?一般而言,真空的间隔至少要有7或8才能避免不同的超晶包里的电子云有重迭到。而表面计算的真空层厚度长取12或以上实际需要则仍需进行收敛性测试。8材料科学论坛flash整理制作◎感谢台湾淡江大学李明宪老师的辛勤工作!◎-flash于2006/04/14MaterialsStudioHelpMaterialSt
本文标题:CASTEP实战策略
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