高通量测序原理和应用

高通量测序原理和应用沈峰深圳华大基因研究院Illumina/SolexagenomeanalyzerCTAGCTA5’-3’-…-5’GT合成第一个碱基Cycle1:按顺序加入反应试剂清除未反应的碱基和试剂激发碱基荧光并收集荧光信号去除阻断基团和荧光基团Cycle2-n:重复前面的步骤GTCTAGTCTGCTAGABaseCalling123789456TTTTTTTGT…TGCTACGAT…TheidentityofeachbaseofaclusterisreadofffromsequentialimagesCS负责将待测样品“种植”于检测芯片(FlowCell)中并进行扩增。GA负责对芯片内的基因片段进行边合成边测序反应(SBS)，收集碱基信息。Single-ReadSequencing单向测序Paired-EndSequencing双向测序IndexedSequencing混合样品测序Single-ReadSequencingSingle-ReadSequencing(SR,单向测序)指只检测基因片段一端的序列信息。接头接头互补接头基因序列Paired-EndSequencingPaired-EndSequencing(PE,双向测序)是指检测基因片段的两端序列信息。SingleReadPairedEndIndexedSequencing是指将多种样品混合后进行测序的技术。这是为了充分利用solexa高通量的特点，有助于降低成本。IndexedSequencing应用DNA水平–全基因组测序（denovo和Resequencing）–目标区域测序(外显子测序)–表观（bisulfite、MeDIP、ChIP-seq）RNA水平–小RNA测序–RNA-seq（DGE、转录本）全基因组测序全基因组测序在医口中的应用–单个临床细菌、真菌等微生物的基因组研究–多个同属菌株的基因组比较及群体进化–宏基因组–疾病样本的重测序–……目标区域测序目标区域测序目标区域测序目标区域测序在医口中的应用–单基因病外显子测序–复杂疾病外显子测序–某种疾病已知的相关基因深度测序以挖掘突变位点等–……表观-Bisulfite表观-Bisulfite表观-MeDIP表观-MeDIP表观-ChIP-seq表观-ChIP-seq表观在医口中的应用–组蛋白修饰及转录因子研究–全基因上的DNA甲基化图谱–高CpG区域的甲基化图谱–……SmallRNA测序Day1Day2Day3Day4SmallRNA测序SmallRNA在医口中的应用–两种差异样本之间的SmallRNA比较–MicroRNA和基因表达差异综合–生物标记–……RNA-seq–基因表达差异（DGE）–转录本DGEDGEFragmentbufferN6primermRNADNARNaseHdscDNASuperscriptIIIDNApolymeraseI转录本转录本RNA-seq在医口中的应用–用于癌驱动基因的筛选–用于融合基因的筛选–用于可变剪接的筛选–用于RNA水平的SNP分析–……Hiseq2000Hiseq2000High-seq2000SomeofourpartnersoncancerandcomplexdiseasestudiesWelcometoBGI.NewcampusinShenzhen:Beijingbranch:Hangzhoubranch:Shenzhenbranch:Thanks！