捕获测序-V20131121

1LOGOEasysequencecapture,easygenomics!GenCapTM全基因捕获技术•AtechnologyinventedfromJohnsHopkinsUniversity2LOGOEasysequencecapture,easygenomics!—2—目录页CONTENTSPAGE01捕获技术简介02技术比较03应用实例04附录3LOGOEasysequencecapture,easygenomics!••BertVogelstein，美国科学院院士；•霍普金斯大学SidneyKimmel癌症研究中心教授•世界界最著名的肿瘤基因专家，TP53抑癌基因发现者，•肿瘤中唯一一个演发模型VogelGram的发明人，•为肿瘤的基因学研究做出了重要的贡献。•伍建博士•2000-2004年在北京大学获学士学位；•2004-2008年在美国哥伦比亚大学获得博士学位；•2008-2011年在美国约翰霍普金斯大学完成博士后训练，•并在美国霍普金斯大学SidneyKimmel癌症研究中心做兼职助理教授。全基因捕获技术发明人4LOGOEasysequencecapture,easygenomics!伍建教授在美国约翰霍普金斯大学研究出的专利技术GenCapTM专利授权证书GenCapTM专利捕获技术5LOGOEasysequencecapture,easygenomics!捕获测序能够降低2/3的肿瘤研究测序费用方法外显子组725个肿瘤相关基因捕获测序费用100*1.8W=180W100*0.6W=60W6LOGOEasysequencecapture,easygenomics!捕获测序能够降低1/2的测序费用•直接用全外显子测序•100*1.8W=180W1、先用捕获测序•100*0.5W=50W•2、假设有80个样品发现都是已知突变，再对剩下的20个样做全外显子组测序。•20*1.8W=36W•50+36=86W检测100个多基因遗传病样本？7LOGOEasysequencecapture,easygenomics!我们设计好的基因捕获探针与客户的DNA文库混合，目标区域基因片段被杂交到探针上，进而通过生物素和streptavidin的磁珠结合被吸附到磁珠上；通过洗脱处理就能将非目标区域的DNA片段洗掉，得到我们所需要的目的基因,利用新一代高通量测序技术对目标去域基因组进行测序、分析，从而找出研究或临床上所需要的生物信息。基因捕获技术原理8LOGOEasysequencecapture,easygenomics!和传统测序（Sanger）比较传统测序新一代测序样本处理技术PCR扩增基因捕获突变检测限15%0.5%成功率90%98%通量/仪器2M/周300G/周100个基因测序价格10-20万5000-10000元图形展示9LOGOEasysequencecapture,easygenomics!和全基因组，外显子组测序比较全基因组测序外显子组测序GenCapTM捕获测序占全基因组的比例100%52Mb感兴趣的所有区域目标区域覆盖度98%98%98%一般测序深度30x30x-50x200x-300x突变检测限3%2-3%0.5%价格50,00018,0005，000-6，00010LOGOEasysequencecapture,easygenomics!几种捕获技术的比较罗氏NimbleGenAgilentIlluminaMyGenostics探针类型生物素化寡DNA核酸探针生物素化RNA探针DNA探针单链DNA探针基因捕获覆盖度一般好一般好基因捕获效率差一般一般好成熟Panel少少少25个个性化定制周期3个月2个月3个月30天捕获试剂盒定制价格（50个以上）(¥2000-3000)*n(¥1000-2000)*n(¥1000-2000*n3-5W（无论多少样本）11LOGOEasysequencecapture,easygenomics!1.专业：除了能够运用自主专利技术满足客户的个性化定制方案，而且我们还开发了25个成熟的panel，覆盖了大多数遗传疾病。2.特色：我们还有拥有线粒体捕获测序panel（成过发表于Nature），HIV、HBV、EBV等病毒整合位点检测panel。3.快速：30天。4.价格：检测几百个基因只要5000元左右，而同样的价格，别的公司只能检测几个基因。5.无附加条款：不分享客户文章署名。我们的优势12LOGOEasysequencecapture,easygenomics!成熟Panel基因数新生儿代谢疾病筛查Panel(筛查版)：苯丙酮尿，丙酸血症，同行半胱氨酸血症等153新生儿代谢疾病筛查Panel（全面版）：糖原累积病，尿素循环障碍等392自闭症筛查Panel：2013/7月以前所有报道过与自闭症相关的基因905耳聋基因Panel：2012年以前报道过与耳聋相关的基因102+线粒体700种新生儿遗传疾病基因Panel：(包括发病率较高的各个方面，但每科不是最全的)505遗传性肿瘤相关基因Panel：家族性乳腺癌，大肠癌，前列腺癌，胃癌等91肿瘤个体化用药Panel：(42个药物代谢+118个高频突变肿瘤基因）160肿瘤高频突变基因Panel：Cosmic中肿瘤突变频率最高的基因725神经系统基因Panel：（ALS，CMT,LGMD,HSP）411眼科疾病基因Panel：（视网膜色素变性，青光眼，小眼球，黑朦，staugart等）371心血管疾病基因Panel：（肥厚心肌，扩张心肌，马凡等等）328癫痫疾病基因Panel：所有有癫痫症状的疾病相关基因308血液系统疾病基因Panel：（范可尼贫血，地中海贫血，血小板增多症等）290脑白质病基因Panel：脑白质症状相关基因154线粒体病基因Panel：线粒体病相关的所有核基因，包括leigh综合症1033线粒体基因全长16569bp:检测每个位点0.5%以上的杂合度DMD全基因（2.2Mbp）：包括内含子，外显子；检测突变，插入缺失，重复，能给出大片度重复缺失的断裂点序列脑血管病Panel:CADASIL等脑血管病相关的基因12软骨发育不全Panel:10成骨不全Panel:5白化病Panel:白化病相关的基因9KinomePanel:所有Kinase基因537HBV、HIV、HPV、EBV病毒整合位点检测13LOGOEasysequencecapture,easygenomics!应用实例应用实例1：DMD全基因捕获测序应用实例2：线粒体相关疾病应用实例3：NF1外显子缺失诊断应用实例4：TSC2外显子缺失诊断应用实例5：多囊肾、成骨不全、马凡综合症应用实例6：利用全外显子测序对病人进行诊断应用实例7：线粒体相关眼病家系应用实例8：血片基因筛查应用实例9：眼科疾病基因筛查应用实例10：新生儿遗传疾病确诊应用实例11：X染色体全基因捕获测序应用实例12：癫痫疾病辅助诊断应用实例13：耳聋患者基因检测实例应用实例14：ALS疾病相关基因检测实例应用实例15：CMT疾病相关基因检测实例应用实例16：新生儿疾病辅助诊断实例14LOGOEasysequencecapture,easygenomics!应用实例1：DMD全基因捕获测序•1.人类最大的基因，60%扩增，缺失，40%突变，发病率1/3500.病人DNAMLPA或者芯片CGH技术检测出扩增或缺失（~60-65%）桑格测序技术检测出碱基突变（~35-40%）病人DNA新一代捕获测序技术一次性同时检测出扩增，缺失，碱基突变（100%）传统技术和捕获测序技术流程对比A2.Wang,Z.,Cui,F.,Chen,D.,Pu,C.,Chen,Z.,Yang,F.,Wu,H.andHuang,X.(2013),Coexistenceofperipheralmyelinprotein22anddystrophinmutationsinachineseboy.MuscleNerve.doi:10.1002/mus.2391815LOGOEasysequencecapture,easygenomics!DMD基因检测结果无扩增或缺失扩增缺失AAAGCTGTTTGTTAACGGTCCAGGTTTACTTCACTCTTCTAAAGCTGTTTGTTAACGGTCCAGGTTTACTTCACCTTCTAAAGCTGTTTGTTAACGGTCCAGGTTTACTTCACTCTTCTAAAGCTGTTTGTTAACGGTCCAGGTTTACTTCACTTCTTCTAAAGCTGTTTGTTAACGGTCCAGGTTTACTTCACTTCTTCTAAAGCTGTTTGTTAACGGTCCAGGTTTACTTCACTTCTTCTAAAGCTGTTTGTTAACGGTCCAGGTTTACTTTACTTCTTCTAAAGCTGTTTGTTAACGGTCCAGGTTTACTATACTTCTTCTAAAGCTGTTTGTTAACGGTCCAGGTTTACAATACTTCTTCTAAAGCTGTTTGTTAACGGTCCAGGTTTA突变A2.Wang,Z.,Cui,F.,Chen,D.,Pu,C.,Chen,Z.,Yang,F.,Wu,H.andHuang,X.(2013),Coexistenceofperipheralmyelinprotein22anddystrophinmutationsinachineseboy.MuscleNerve.doi:10.1002/mus.2391816LOGOEasysequencecapture,easygenomics!DeletionaCGH发现D-WMXN样本在X染色体31.8~31.9Mb处，存在约110Kb的缺失片段测序结果吻合A2.Wang,Z.,Cui,F.,Chen,D.,Pu,C.,Chen,Z.,Yang,F.,Wu,H.andHuang,X.(2013),Coexistenceofperipheralmyelinprotein22anddystrophinmutationsinachineseboy.MuscleNerve.doi:10.1002/mus.2391817LOGOEasysequencecapture,easygenomics!DuplicationHuahong是Liuxiaorui的母亲，Huahong是携带者，Liuxiaorui是患儿。患儿Liuxiaorui是遗传了Huahong重复的片断。两个人的位置应该一致。测序发现的结果是两人重复的区域一致18LOGOEasysequencecapture,easygenomics!Sample:CD3Deletion:chrX:31792441-31848733TestResultforSampleCD3说明：Y轴为序列的数量，X轴为染色体位置，Y值加倍表示重复；Y值趋于0意味着缺失；本样本在chrX:31792441-31848733区间发生大片段缺失，是导致DMD疾病的致病原因。下图是正常样本的覆盖图作为对照参考。19LOGOEasysequencecapture,easygenomics!NoduplictionorlargedeletionscDNAposition:4999-5003delCAGDNAposition:chrX:32383159-32383163DMDTestResultforSampleDTJQ说明：Y轴为序列的数量，X轴为染色体位置，Y值加倍表示重复；Y值趋于0意味着缺失；本样本没有发现大片段重复或缺失，但是在chrX:32383159-32383163区间发生CTG缺失，导致cDNAposition:4999-5003delCAG缺失，Ala(A).Glu(E)-Glu(E)是导致DMD疾病的致病原因。20LOGOEasysequencecapture,easygenomics!应用实例2：线粒体相关疾病线粒体病是一大类遗传代谢病，发病频率约