化合物疏水常数预测系统CISOC-LOGP用户手册

化合物疏水常数预测系统CISOC-LOGP用户手册有机化合物疏水常数预测系统（CISOC-LOGP）是一个用于预测化合物疏水常数的软件。化合物疏水常数预测系统可以对用户提供的化合物进行疏水常数预测，为您在设计新医药、新农药和新材料过程中，提供化合物疏水常数的信息。目录一、CISOC-LOGP系统简介二、快速入门2.1CISOC-LOGP界面介绍2.2菜单介绍三、使用实例四、系统配置与系统安装4.1CISOC-LOGP的运行环境4.2CISOC-LOGP的安装4.3CISOC-LOGP的卸载中国科学院上海有机化学研究所二○○五年六月上海ShanghaiInstituteofOrganicChemistry(SIOC)ChineseAcademyofSciencesShanghai,P.R.ChinaCopyrightbySIOC.Allrightsreserved.Useofcopyrightnoticedoesnotimplypublicationordisclosure.Noportionofthissoftwaremaybereproduced,transmitted,transcribed,storedinacomputersystem,ortranslatedintoanycomputerlanguage,inanyformorbyanymeans,electronic,magnetic,optical,chemical,manual,orotherwiseexceptaspermittedinwritingbyShanghaiInstituteofOrganicChemistry.ShanghaiInstituteofOrganicChemistryreservestherighttousethetechnologyembodiedinthisprogram,inpartorinwhole.TheinformationcontainedhereinconsistsvaluableresearchsecretsofSIOC.YouarenotpermittedtodiscloseorallowtobedisclosedsuchinformationexceptaspermittedinwritingbyShanghaiInstituteofOrganicChemistry.CISOC-LOGPVersion1.0June2005版权所有，翻印必究！1一、CISOC-LOGP系统简介CISOC-LOGP是一个用于预测化合物的疏水常数的计算机辅助化合物疏水常数预测系统。当一种物质溶解在辛醇/水的混合物中时，该物质在辛醇和水中浓度的比值称为分配系数，而以10为底的对数形式(LogP)则被称为该物质的疏水常数。辛醇／水分配系数是用来预计一种物质在土壤中的吸附性、生物吸收、辛脂性储存和生物富集的重要参数。同时，在药剂学研究中，它是主要用于预计药物对在体组织的渗透或吸收难易程度。因此，我们可以说化合物的疏水常数是药物设计和农药设计中必须重视的化合物的性质之一。研究已表明，疏水常数与分子的结构直接相关，包括分子的大小，分子的柔韧性、极性，分子之间的氢键等，通常化合物的疏水常数越大，极性越小。目前，人们已认识到化合物设计早期阶段的疏水常数预测的重要性，并认为计算机辅助化合物疏水常数预测方法是降低在药物和农药开发的时间和经费开支的有效途径之一。CISOC-LOGP是基于目前能收集到具有疏水常数数据及其对应化学结构建立的相应预测模型，根据化合物的化学结构，对该化合物进行疏水常数的预测系统。本系统使用简单，方便直观。用户不但可以单个地预测化合物疏水常数，而且还可以一次预测一组化合物的疏水常数。二种预测模式得到的预测结果均可存入指定文件。二、CISOC-LOGP快速入门2.1CISOC–LOGP界面介绍图一是CISOC-LOGP系统界面，其中包括主菜单栏。使用者可通过选择主菜单及其子菜单，来完成化合物的疏水常数的预测。程序安装好后，会在桌面上生成化合物疏水常数预测系统的快捷方式。双击该快捷方式，可以启动程序。程序启动后如图一显示。2图一、程序启动后界面若干秒之后，程序便显示其主界面，如图二所示。图二、程序整体界面32.2菜单本软件的菜单如图三所示图三、CISOC-LOGP系统菜单主菜单包括File、Predict和Help菜单。2.2.1File菜单File菜单中的子菜单有：SaveAs和Exit，SaveAs又包括2个2级子菜单SDF和XLS（如图四所示）。图四、文件菜单及其子菜单1、SaveAs→SDF在“File菜单→SaveAs”中选此子菜单，程序显示如图五所示界面。在对话框中输入欲保存的文件名，确认按“保存”键，否则按“取消”键。4图五、SaveAs→SDF界面2、SaveAs→XLS在“File菜单→SaveAs”中选此子菜单，程序显示如图六所示界面。在对话框中输入欲保存的文件名，确认按“保存”键，否则按“取消”键。图六、SaveAs→XLS界面53、Exit在“文件菜单”中选此子菜单后，程序终止运行。2.2.2Predict菜单Predict菜单中包括了MOLFile和SDFFile两个子菜单（如图七所示）。图七、Predict菜单及其子菜单1、MOLFile在“Predict菜单”中选此子菜单，程序显示如图八所示界面。在对话框中选择欲打开的文件，确认按“打开”键，否则按“取消”键。2、SDFFile在“Predict菜单”中选此子菜单，程序显示如图九所示界面。在对话框中选择欲打开的文件，确认按“打开”键，否则按“取消”键。6图八、MOLFile子菜单界面图九、SDFFile子菜单界面72.2.3Help菜单Help菜单用于显示帮助信息和版权信息1、About在“Help菜单”中选此子菜单，显示版权信息（如图十所示）。图十、版权信息2、Manual在“Help菜单”中选此子菜单后，打开使用手册。三、使用实例为说明该软件的使用方法，现以实例说明如何使用该软件：计算一组化合物的疏水常数。3.1运行程序启动CISOC-LOGP后，显示如图一界面，若干秒之后，显示如图二界面。8在“Predict菜单”中选SDFFile，界面如图十一所示。图十一、打开一个数据库界面输入相应的文件名：fun-162.sdf，按“打开”键后，界面显示如图十二所示，左边的“StructureDataTable”栏中显示了化合物结构的文件名、LogP的预测值和预测可靠性信息。右面的“InformationOutput”栏中显示对应化合物的预测通过与否的信息。如果在该栏中标注为“badmolcode”，则表示本系统无法进行相应的疏水常数预测。如果在该栏中标注为“successfullyparsed”，则表示本系统可进行相应的疏水常数预测。在“StructureDataTable”栏中选取一个在“InformationOutput”栏中标注为“successfullyparsed”的化合物编号，则在“InformationOutput”栏中显示其结构及化合物中原子对疏水常数的贡献示意图，界面显示如图十三所示。9图十二、sdf文件打开后的界面图十三预测结果10四、系统配置和系统安装4.1CISOC-LOGP的运行环境奔腾3（PIII）以上CPU，128M以上内存，1G以上剩余磁盘空间。鼠标、键盘；程序要求在Window2000™、WindowsXP™，或完全兼容的系统下安装。在Windows98™或别的操作系统下安装程序可能不能正常运行。安装该系统前，请先安装MDL™公司的ISIS/Draw™2.4。用户可以去MDL公司网站下载该软件。如果要阅读本手册，请先安装AdobeAcrobatReader™5.0中文版或完全兼容的版本。4.2CISOC-LOGP的安装CISOC-LOGP提供标准的Windows安装程序。用户直接双击LOGP.exe文件即可按照提示完成安装。建议：用户在安装过程中接受提供的缺省设置。(只需按OK，YesorNext即可)4.3CISOC-LOGP的卸载CISOC-LOGP的安装程序符合Windows标准，用户可按如下步骤卸下CISOC-LOGP：从“控制面板”上选择“添加/删除程序”，选择CISOC-LOGP，既可按提示完成卸载。本手册中内容将可能被修改而不预先通知用户!Subjecttochangewithoutnotice!11