诺禾致源2014产品手册

12基因组测序建库测序动植物基因组测序基因组特征评估基因组denovo测序泛基因组测序（pan-genome）动植物重测序变异检测（基于全基因组重测序）变异检测（基于简化基因组测序）单个性状定位遗传图谱（基于全基因组重测序）遗传图谱（基于简化基因组测序）群体进化（基于全基因组重测序）群体进化（基于简化基因组测序）建库测序服务目录CONTENTS08101114161719212426283006转录调控测序mRNA测序真核mRNA测序真核Singlecell转录组测序比较转录组与泛转录组（pan-transcriptome）测序原核转录组测序非编码RNA测序LncRNA测序SinglecellLncRNA测序SmallRNA测序表观遗传测序 全基因组甲基化测序ChIP-seq多组学关联分析 32333436384040424446464850微生物细菌基因组测序真菌基因组测序小基因组测序16S/18S/ITS等扩增子测序宏基因组测序52555860633诺禾致源北京诺禾致源生物信息科技有限公司于2011年3月15日在北京中关村生命科学园注册成立，以基因组学研究与应用开发为发展方向，致力于成为全球领先的基因组学研究解决方案提供者。专注于开拓生物学、计算机科学和信息技术在动植物研究以及人类健康领域的应用。诺禾致源总部位于北京市海淀区学清路金码大厦B座17、21层，总办公面积4500平米。天津分公司位于天津市武清区创业总部基地B07与B08栋，办公面积5600平米，其中实验室面积2000平米。为国家高新技术企业、双软企业、北京市科技研究开发机构、北京市博士后流动站、北京市企事业专利试点单位。诺禾致源拥有全球领先的高通量测序平台，包括4台HiSeq2000、6台HiSeq2500、4台MiSeq，并且搭建了国内首个NextSeq500、HiSeqXTen测序平台。诺禾致源高性能计算平台（HPC）采用了DELL计算节点和Isilon存储的高效组合，拥有2.3PB的存储资源，高达22.82Tflops的计算能力；总内存大小为12.33TB，能有效支撑生命科学研究、农业育种、食品安全和医疗健康等领域对数据分析的需求。目前的主营业务为向国内外高校、科研院所、医院、医药研发企业等提供研究和技术服务。现已完成多个大型研究项目，多项成果发表于Science、Nature系列等国际顶尖学术期刊。近年来，高通量基因组学技术的飞速发展极大推动了个人基因组和个体化医学时代的到来，基因组学技术在人类健康领域的应用将深刻改变现有的临床诊断、药物研发和医疗健康模式，乃至转变人们的社会生活方式。基因组学技术在人类健康领域的应用不仅将带来巨大的商业机会，也具有良好的社会效益。未来，诺禾致源将专注于开发生物科技和信息技术在人类健康，特别是优生优育和癌症个体化诊疗领域的应用，开发精准、具有明确预防措施和治疗方案的筛查和诊断产品，使最前沿的科学技术真正惠及于民。4为从源头保证数据准确可靠，公司配备了高通量测序所需的全套分子生物学设备，从样品检测到建库都采取最严格的质控标准。迄今为止，诺禾致源硬件总投资已达1.5亿，建立了目前国内最先进、通量最高的测序平台以及高存储、高性能的计算平台。1、测序平台全球领先的高通量测序平台，包括4台HiSeq2000、6台HiSeq2500、4台MiSeq，并且搭建了国内首个NextSeq500、HiSeqXTen测序平台。硬件平台5诺禾致源是illumina公司的CSPro认证测序服务商。同时，诺禾致源也是illumina中国大陆地区唯一指定的人重测序业务服务商。诺禾致源计算平台采用DELL计算节点和Isilon存储的高效组合，总内存大小为12.33TB，计算能力高达22.82Tflops，高性能储存容量2.3PB。随着公司的发展，计算平台还将不断扩容，以保证高效的数据处理和安全的数据存储。2、计算平台DELL大型服务器：用于数据处理及存储6[1]ZhiXY,YaoJC,TangSK,etal.Thefutalosinepathwayplayedanimportantroleinmenaquinonebiosynthesisduringearlyprokaryoteevolution[J].Genomebiologyandevolution,2014,6(1):149-160.[2]ZhiXY,YaoJC,LiHW,etal.Genome-wideidentification,domainarchitecturesandphylogeneticanalysisprovidenewinsightsintotheearlyevolutionofshikimatepathwayinprokaryotes[J].Molecularphylogeneticsandevolution,2014,75:154-164.[3]CaoS,HanJ,WuJ,etal.Specificgene-regulationnetworksduringthepre-implantationdevelopmentofthepigembryoasrevealedbydeepsequencing[J].BMCgenomics,2014,15(1):4.[4]LiM,TianS,JinL,etal.GenomicanalysesidentifydistinctpatternsofselectionindomesticatedpigsandTibetanwildboars[J].Naturegenetics,2013,45(12):1431-1438.[5]YanL,YangM,GuoH,etal.Single-cellRNA-Seqprofilingofhumanpreimplantationembryosandembryonicstemcells[J].Naturestructural&molecularbiology,2013.[6]LiY,ZhaoS,MaJ,etal.Molecularfootprintsofdomesticationandimprovementinsoybeanrevealedbywholegenomere-sequencing[J].BMCgenomics,2013,14(1).[7]QuY,ZhaoH,HanN,etal.GroundtitgenomerevealsavianadaptationtolivingathighaltitudesintheTibetanplateau[J].Naturecommunications,2013,4.[8]XuX,DongGX,HuXS,etal.Thegeneticbasisofwhitetigers[J].CurrentBiology,2013,23(11):1031-1035.[9]JiangW,LiuY,XiaE,etal.Prevalentroleofgenefeaturesindeterminingevolutionaryfatesofwhole-genomeduplicationduplicatedgenesinfloweringplants[J].Plantphysiology,2013,161(4):1844-1861.[10]ZhangG,CowledC,ShiZ,etal.Comparativeanalysisofbatgenomesprovidesinsightintotheevolutionofflightandimmunity[J].Science,2013,339(6118):456-460.[11]FanY,HuangZY,CaoCC,etal.GenomeoftheChinesetreeshrew[J].Naturecommunications,2013,4:1426.[12]WangMY,ZhaoPM,ChengHQ,etal.TheCottontranscriptionfactorTCP14functionsinauxin-mediatedepidermalcelldifferentiationandelongation[J].Plantphysiology,2013,162(3):1669-1680.[13]LuS,ZongC,FanW,etal.Probingmeioticrecombinationandaneuploidyofsinglespermcellsbywhole-genomesequencing[J].Science,2012,338(6114):1627-1630.[14]GuoS,ZhangJ,SunH,etal.Thedraftgenomeofwatermelon(Citrulluslanatus)andresequencingof20diverseaccessions[J].Naturegenetics,2013,45(1):51-58.[15]LiS,LiR,LiH,etal.SOAPindel:Efficientidentificationofindelsfromshortpairedreads[J].Genomeresearch,2013,23(1):195-200.[16]LiM,WuH,LuoZ,etal.AnatlasofDNAmethylomesinporcineadiposeandmuscletissues[J].Naturecommunications,2012,3:850.[17]FanW,LiR.Testdrivinggenomeassemblers[J].Naturebiotechnology,2012,30(4):330.[18]LiuCM,WongT,WuE,etal.SOAP3:ultra-fastGPU-basedparallelalignmenttoolforshortreads[J].Bioinformatics,2012,28(6):878-879.[19]HvilsomC,QianY,BataillonT,etal.ExtensiveX-linkedadaptiveevolutionincentralchimpanzees[J].ProceedingsoftheNationalAcademyofSciences,2012,109(6):2054-2059.[20]ZhangG,FangX,GuoX,etal.Theoystergenomerevealsstressadaptationandcomplexityofshellformation[J].Nature,2012,490(7418):49-54.团队成员发表文章7建库测序建库测序产品是对客户提供的合格样品进行建库并运用illumina测序平台测序，或者对客户提供的合格文库直接进行测序，产出高质量的测序数据提供给客户进行生物信息学分析。建库测序服务样本检测文库构建文库库检上机测序下机数据基本质控服务内容1.建库类型DNA文库：DNA小片段文库（180bp，300bp，500bp）RNA文库：普通转录组文库，链特异性文库，SmallRNA文库，DGE文库PCR产物文库：常规PCR产物文库，16SrDNAPCR扩增文库外显子捕获文库：AgilentSureselectCaptureExome文库，illuminaTruseqCaptureExome文库，illuminaNexteraRapidCaptureExome文库HiSeq2500/200010台标准通用适用于动植物基因组测序、表观组学测序、转录组测序测序策略PE150PE125PE100每台仪器数据产出160Gbdata/4Lanes1000Gbdata/16Lanes600Gbdata/16Lanes最低测序量40Gbdata(1Lane)60Gbdata(1Lane)38Gbdata(1Lane)Q30≥85%≥85%≥85%项目周期30天30天30天8建库测序资源丰富目前公司拥