您好,欢迎访问三七文档
如何用MS建模陶小马在第一原理计算中有个POSCAR文件,那里面有晶体结构的一些信息,主要包括基矢以及原子的位子,那么一般来说简单的BCC、FCC、HCP以及Diamond结构都比较简单,可以直接输入就可以了,但是一般涉及比较复杂的结构如D019、D022等结构则可以用MSmodeling来建模。在建立模型之前,我们要找到该化合物的结构方面的信息,这个主要可以通过Pearson手册来找寻,也可以用ICSD软件找。在有了结构方面的信息后,我们就可以利用MSModeling来进行建模。首先打开MSModeling软件:建立一个新的文件名example点击File出来一个菜单,点击New…后出现以下画面双击第一个3DAtomistic,出现以下界面这时你可以把鼠标指在3DAtomistic上点击右键进行重新命名。后缀名为.xsd就可以了。下边就点击Build—Crystals—BuildCrystal…出现以下界面在EnterGroup:中输入晶体结构的空间群的数字;点击LatticeParameters中输入晶格常数后点击下面的Build:例如我们要建立AlFe3的结构,它的结构信息如下:也就是在EnterGroup中输入225,在LatticeParameters中输入5.789A就可以了,点击Build得到以下界面:现在就是加原子了,点击Build,下拉框中有AddAtoms,另外界面上也有就是一个原子左上角有个+号的就是。点击AddAtoms,可以看见以下的界面在Element中输入原子符号,右边的a,b,c就对应于上面我们找到的晶体结构信息中的x,y,z。也即,在Element中输入Al时,a,b,c中输入000,点击Add,再在Element中输入Fe,在a,b,c中输入0.50.50.5点击Add,还是Element为Fe,a,b,c中输入0.250.250.25.点击Add。这样就把AlFe3的所有的信息输入进去了。可以关闭AddAtoms的对话框。得到以下界面:下面点击Modules—CASTEP—Calculation出现以下对话框:在对话框中的最下面有三个按钮,中间那个主要是可以把原子的一些位子信息存下来的,所以点击Files…,以后会出现一个对话框,点击SaveFiles就可以了。如果你所建立的晶体结构不是原胞的话,会出现一个选项让你选择,一般来说yes是保存最小的原胞的基矢和原子位子,而No呢就是当前的晶胞的基矢和原子位子。下面就是去看看,保存下来的晶体结构的一些信息的文件。在MS的文件夹中找到example这个文件夹,点击其中的Documents文件夹,找到你所建立的晶体结构信息的文件名的那个文件夹(如AlFe3CASTEPEnergy)进入该文件夹。由于包含原子位子的那个文件是一个隐藏文件,你必须设置隐藏文件可以显示(具体设置方法是工具—文件夹选项—查看—显示所有文件和文件夹。)。这样就可以看见一个cell文件(AlFe3.cell)。打开就可以看见:%BLOCKLATTICE_CART-0.0000000000000012.8944999999999992.8945000000000002.8944999999999990.0000000000000002.8945000000000002.8945000000000002.8945000000000000.000000000000000%ENDBLOCKLATTICE_CART%BLOCKPOSITIONS_FRACAl0.00000000000000000.00000000000000000.0000000000000000Fe0.49999999999999990.49999999999999990.5000000000000001Fe0.25000000000000000.25000000000000000.2500000000000001Fe-0.2500000000000000-0.25000000000000000.7500000000000000%ENDBLOCKPOSITIONS_FRAC………………………….这是前面几行的信息,第二行到第四行就是基矢坐标。第八行到地十一行就是Al和Fe的位子坐标。这样就可以把这些信息放在POSCAR中,从而进行VASP等第一原理计算了。祝各位好运!
本文标题:如何用MS建模
链接地址:https://www.777doc.com/doc-7052699 .html