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生命经纬中文使用说明书编者：宋晨一、EditSeq......................................................................................................................................2三、MapDraw................................................................................................................................23四、MegAlign................................................................................................................................32五、PrimerSelect............................................................................................................................42六、Protean....................................................................................................................................54七、SeqManII开始.......................................................................................................................641生命经纬一、EditSeq打开已有序列我们从用苹果计算机打开“TETHIS21MA”和用Windows打开“tethis21.seq”开始。假设序列的末尾有载体序列污染。我们在用EditSeq打开序列的同时，用SetEnds命令去除5’和3’污染序列。从文件菜单（FILEMENU），选择Open。打开文件夹“DemoSequences”单击选定单击位于对话框右下角的序列“TETHIS21”。SetEnds按，点钮。SetEnds被打开（如右）。在5’框和3’框中键入50和850击OK。单击Open打开序列。当EditSeq窗口打开时，序列长度显示在右上角。通过“settingends,”现在你只有最初序列中的801bp的片段。SetEnds选择在全部Lasergene应用程序中都可以使用。2生命经纬寻找开放读框在这入门的一部分中，我们将确定序列中最大的ORF，并翻译它。从SEARCHMENU找到ORF，点击打开会出现右边的对话框。单击FindNext寻找第一个ORF的位置。继续点击FindNext直到你把ORF的位置选定在位置183-455。ORF的坐标会出现在EditSeq窗口的顶端附近。DNA序列翻译这一节中我们介绍如何翻译我们的ORF，不过任何序列中的读框内部分翻译。如果你的选择是在三联码的读框内，三联码指示棒显示为实心黑线（如左图）。如果都可以用下面的方法进行3生命经纬你的选择是不在三联码的读框内，左边的箭头和右面的箭头显示向左或向右移动一个bp，以使所选序列成为三的倍数。选定ORF，从GOODIESMENUranslate）。翻译的蛋白菜单中选择翻译（T质序列出现在一个新的未命名窗口中（如右图）。它是使用标准的遗传密码翻译的。4生命经纬使用其它遗传密码根据你的序列的来源，你可以选择使用非标准的遗传密码进行翻译等操作。在这节中，我们将标准的遗传密码转换成CiliateMacronuclear密码。从GOODIESMENU菜单选择GeneticCodes打开，子菜单显示如左。单击“CiliateMacronuclear”就实现了遗传密码的转换，EditSeq现在使用的就是CiliateMacronuclear的遗传密码。同样可以将遗传密码转换为其它类型。遗传密码的编辑这一节中我们修改CiliateMacronuclea从GOODIESMENU菜单选r的遗传密码。择Edit点击DNA单击任何要编辑的密码，密码子，单击SetStarts按钮。第二的遗传密码SelectedCode。这将打开右面的窗口，窗口显示遗传密码是怎样翻译DNA和RNA序列的。如以DNA形式展示密码，按钮。编辑时，从其目前的位置拖到新氨基酸对应的位置则可。如使用不同的启始窗就会被打开，可以进行起始密码子选择。5生命经纬就会变成绿色，而且列的反向互补及反向转换单击任何氨基酸（或者codon位置），该密码子旁边出现一个箭头，它就被设定为起始密码子了。如要去除，只需单击它即可。如不保存，则单击取消；如要保存，单击保存为。序列的正确输入。ENU菜单，选反向互补序列（ReverseComplement），AST检索下面的步骤可以用于反向测定的序选定序列。从GOODIESM或者把序列颠倒过来（ReverseSequence）命令，则被选定的序列就被翻转互补或翻转过来了。BLNCBI的BLAST服务器上对TETHIS21序列进行相似性比数据库默下面我们将在较。注意为了进行BLAST查找必须保证因特网的连接。如果你没有连接因特网，跳过这部分，继续下一部分。选定序，或者从EDIT菜单中选择SelectAll。从网络检索菜单（NETSEARCHMENU），选择BLAST查找。BLAST对话框就会出现。程序默认为blastn，认是nr，参数转换请参照帮助。单击OK开始查找。6寻找结果显示为两部生命经纬分（如下）。上边的部分是按可能性的顺序显示检索到的序列的名字，下面的部分显示上面部分具体结果。有关“scores网点——一般来说，更主要的score性。BLAST结果窗最上边的3钮被用来打开，或者保存检索到的序列，或者让你了解更多的有关信息。选定序列与提交序列（上边序列）比较的”和“expectation”的详细的信息在NCBI’.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST.——可以找到。和更低的expectation提示较好的相似的对话框出现。序列。如果EditSeq提示至少2序一个单独的EditSeq窗口。下面小的灰色的对话框出现。下面我们从用“CreateDocument”钮来打开评分最高的5序列开始：单击CreateDocument。一个小在左上角有一个下拉菜单显示默认（default）。单击下拉菜单框中写入5。，选顶端（Top）。并在右面的文本单击OK，EditSeq自动查对多余列是同一个，请点击OK。EditSeq将从因特网数据库下在单一的序列，并分别打开我们用“BatchSave”钮将3-10序列保存为EditSeq文件：选定从顶端起第3个序列。单击BatchSave。7生命经纬单击下拉菜单，选Next。并在右面的文本框中写入8。点击SetLocation，显示文件夹对话框。选定你要保存序列的位置。单击OK回到灰色的对话框。EditSeq少2序列是同一个，请最后我们可以使用“LaunchBrowser”钮查看序列的详细信息选择Launch单击OK保存序列，文件扩展为“.seq”。在下载过程期间，自动查对重复的序列。如果EditSeq提示至点击OK。除非你收到错误信息，否则可以认为你的序列已经成功下载。选定序列。Browser。你的网络浏览器将打开右面的窗口。序列信息查看现在我们要使用EditSeq果你倒是希望全选序列，从EDITMENU菜ctAll。菜单指令查看有关打开的TETHIS21序列的信息。选定序列的一部分。如单，选择Sele8生命经纬菜单，选DNAStatistics。就会出现右面的窗口，显示序列信息。序列校读在我们学习保存和输出序列之前，下熟悉一下EditSeq的校读功能这功能能帮助你校正测序胶中的错读。（序列窗口底部张开的嘴），或者从SPEECHMENU，选Proof-ReadSequence。声就会开始朗读所选的序列。（注：如果你听不见任何声CHMENU菜单，选择Fasteror序列选定序列。单击校对发音图标电子的音音，检查你的计算机的喇叭是否已经打开。）要改变音声read-back的速度，从SPEESlower。要停止校读，点击图标（手），或者从SPEECHMENU菜单，选择Proof-ReadSequence。的保存与输出首先创建一个用于保存的序列。从文件菜单，选New中的NewDNA，或者NewProtein。机会发出警告。后，我们将序列保存为EditSeq文件：将序列写入出现的窗口。如果你输入非法字符，计算然9生命经纬从文件菜单，选Save。式。名。序列），或者ExportAllAsOne（多ExportAllAsOne的时候，如果DNA和蛋白质文列类型与你保存的类型是一致的。列保存为FASTA格式。选定保存位置。给序列命名。单击保存则可。以GenBank或GCG格式保存序列：从文件菜单，选Export。选定保存位置。为sequence(s)选格给sequence(s)命单击保存则可。以FASTA格式保存序列：从文件菜单，选Export（1个个序列）。当使用件同时存在，激活窗口的序EditSeq仅仅将写入的序选定保存位置。选FASTA格式。给sequence(s)命名。单击保存则可。10生命经纬二、GeneQuestGeneQuest可以帮助你发现和注释DNA序列中的基因，并帮助您操作生物学所关心的DNA的其他feature：包括ORFS、拼接点连接，转录因子结合为点、重复序列、限制性内且酶酶切位点等。通过应用“methods”到序列，序列的feature可以以图形的形式展示出来。你可以在序列上注释任何你发现的feature。和其它的Lasergene应用程序一样，GeneQuest也提供整合的BLAST和Entrez寻找功能。GeneQuest能直接打开DNASTAR，ABI和GenBank文件。其他格式的序列文件也可以使用EditSeq改为DNASTAR格式。如果你知道Genbank序列的登录号或名称，你可以直接打开序列。另外，你还可以在Entrez数据库进行序列查找和输入。11生命经纬打开已有分析文件在这一节中，我们将对已有的GeneQuest文件（也叫做GeneQuest分析）“NematodeR01H10.”进行操作。从文件菜单，选择Open打开一个和右边相似的窗口。在苹果计算机上，从Show菜单中选择GeneQuestDocument文件。在Windows上，从文件类型菜单(FilesofType)的中选择GeneQuestDocuments。用文件管理系统打开名为“DemoSequences.”的文件夹。双击NematodeR01H10，就可以打开下面的窗口。12生命经纬。打开序列后，你会示在窗口内。在下一部分中，我们将学习如何把其它方法用于我们序列的分析。列。算参数。合位点数据库。Repeats-InvertedRepeats——寻找反向重复序列。Repeats-DyadRepeats——寻找Dyad重复和palindromes。Repeats-DirectRepeats——寻找正向重复序列。GeneFinding-DNAFinder——