脑功能成像数据处理环境设置操作手册

脑功能成像数据处理环境设置操作手册目录前言..............................................................................................................................................1传输DICOM图像.............................................................................................................................1利用eFilm进行DICOM图像传输............................................................................................1利用CTN进行DICOM图像传输.............................................................................................5脑功能成像处理软件包.................................................................................................................10AFNI.......................................................................................................................................10AFNI简介.......................................................................................................................10AFNI安装.......................................................................................................................11SPM2.......................................................................................................................................13SPM2简介......................................................................................................................13SPM2安装......................................................................................................................14FADA......................................................................................................................................16运行平台.........................................................................................................................16数据处理过程.................................................................................................................16辅助工具.........................................................................................................................18FADA安装......................................................................................................................19FADA使用......................................................................................................................20DICOM图像浏览软件...................................................................................................................27图像格式转化.................................................................................................................................28XMedCon................................................................................................................................28图形界面方式.................................................................................................................29命令行方式.....................................................................................................................31MRIConvert............................................................................................................................32Matlab中的DICOM相关工具........................................................................................................34II前言欢迎您进入脑功能成像的世界！深圳市美德医疗电子技术有限公司旨在为您提供功能成像从软硬件到培训的一流解决方案.对于磁共振脑功能成像的数据分析软件，目前我们推荐您采用德克萨斯大学成像研究中心开发的FADA统计分析软件、英国伦敦大学学院神经成像科学系功能成像实验室开发的SPM2软件包、美国国立卫生研究院科学与统计计算中心开发的AFNI..我们将介绍一下FADA软件的使用.关于AFNI和SPM2软件包，已经有大量的文档和用户邮件列表信息供您参考，这里我们仅列出了一些常见的环境配置注意事项，希望为您进行数据分析时提供方便.如您在进行数据分析时有问题，请通过email或电话反馈到我们公司，我们将尽力为您解答.祝您工作愉快！深圳市美德医疗电子技术有限公司在这个小册子中，假设您已经完成功能磁共振任务实验设计、数据采集工作.接下来的任务是进行功能图像的统计分析.目前多数图像数据分析软件包使用本身自定义的图像文件格式.虽然各大磁共振扫描系统厂家已广泛接受并在使用数字医学图像传输协议（DICOM）接口获取医学图像数据，但DICOM本身是一个很复杂的数据接口标准，各厂家的实现有很多不一致的地方.并且私有的图像格式还存在，如通用医疗系统的GE4x、GE5x、GEAdvantageWindows图像格式，西门子公司的Vision图像格式等.当把原始的采集数据从磁共振扫描系统主机通PACS、FTP、光盘、可移动硬盘等传输到数据后处理工作站上时，首先需要能够毫无困难地浏览这些图像，获取图像中的特定信息.然后进入数据分析阶段，把原始图像格式转化为图像分析软件接受的文件格式.传输DICOM图像磁共振扫描完成后，图像数据存储在主控制台计算机中。我们需要把这些图像传送到数据后处理计算机上。如果图像是DICOM图像，可以通过DICOM服务器从网络上传输图像，这是比较方便的。下面简单介绍一下进行DICOM传输的两种方法。利用eFilm进行DICOM图像传输通过eFilmWorkstation软件，从磁共振扫描系统把图像传输到用户的计算机是一件非常简单的事情。最新的eFilm版本是2.0.3。如果您已经安装了eFilm。通过下列步骤可以建立一个DICOM图像接收服务器。1．启动eFilmWorkstation。2．在“Utility”菜单下单击“ProcessManager”，出现下面的对话框：1深圳市美德医疗电子技术有限公司单击“Setting”按钮，出现下面的对话框：2深圳市美德医疗电子技术有限公司在“DICOMServer”属性页中，“AETitle”可以写为“DCM_Server”，“Port”可以写为“104”，其余不变。“Directories”属性页中，可以设置“ImageDirectory”，如“D:\DicomImags”。保存，关闭属性页。然后点击“StartAll”启动服务，确保“DICOMServer”在运行状态，见下图：3．在“Edit”菜单下单击“Properties”，切换到“ImageChannel”，在“Device”一栏内输入本机的属性，如“Description”可以写为“DICOMServer1”，“AETitle”可以写为“DICOMServer1”，“Hostname”写为“192.168.x.x”（本机的IP地址），“DICOMPort”可以写为“104”，“ICPort”写为“80”，可以设置为Default。然后点击“Add”按钮。4．在磁共振控制台主机选择“Networking”或“Send”类似的按钮发送DICOM图像，本机就可以随时接收图像。因为不同磁共振厂家的传输DICOM图像操作不同，所以您可能需要查找所用系统的用户手册，实现DICOM发送。下面以GE公司的磁共振扫描系统为例说明：在GE控制台计算机屏幕上控制面板窗口中（屏幕的右上角），选择右上角按钮，如下图。您可以浏览所有的检查列表。选中您想传输的检查或序列，单击顶部菜单栏中的“Network”按钮。在“Network”中列出了远程计算机。缺省的计算机经常设置为存放图像的计算机。如果你选中“Selectedremotehost”，它会显示其他计算机。您可以把刚才安装DICOM图像的主机加入。然后选择这台计算机。然后回到“Network”选择“Sendexamination”或“Sendseries”。这样图像便会传输到DICOM服务器了。3深圳市美德医疗电子技术有限公司传输控制5．如果您想把本机的DICOM图像传输到其他计算机，可以点击“File